seq1 = pF1KE6464.tfa, 1623 bp
seq2 = pF1KE6464/gi568815578f_46625040.tfa (gi568815578f:46625040_46833831), 208792 bp

>pF1KE6464 1623
>gi568815578f:46625040_46833831 (Chr20)

1-1288  (99998-101285)   99% ->
1289-1411  (101825-101947)   100% ->
1412-1547  (104314-104449)   100% ->
1548-1623  (108717-108792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCACTCCCCACCTGTCCTGCCTTTGTGTGCCTCTGTGTCTTTGCT
         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TTAGGCCACTCCCCACCTGTCCTGCCTTTGTGTGCCTCTGTGTCTTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTGGCCTGACCTTTGGTTATGAACTGGCAGTCATATCAGGTGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GGGTGGCCTGACCTTTGGTTATGAACTGGCAGTCATATCAGGTGCCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCACTGCAGCTTGACTTTGGGCTAAGCTGCTTGGAGCAGGAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 TGCCACTGCAGCTTGACTTTGGGCTAAGCTGCTTGGAGCAGGAGTTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGGCAGCCTGCTCCTGGGGGCTCTCCTCGCCTCCCTGGTTGGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 GTGGGCAGCCTGCTCCTGGGGGCTCTCCTCGCCTCCCTGGTTGGTGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCATTGACTGCTATGGCAGGAAGCAAGCCATCCTCGGGAGCAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 CCTCATTGACTGCTATGGCAGGAAGCAAGCCATCCTCGGGAGCAACTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGCTGGCAGGCAGCCTGACCCTGGGCCTGGCTGGTTCCCTGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 TGCTGCTGGCAGGCAGCCTGACCCTGGGCCTGGCTGGTTCCCTGGCCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGTCCTGGGCCGCGCTGTGGTTGGCTTCGCCATTTCCCTCTCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 CTGGTCCTGGGCCGCGCTGTGGTTGGCTTCGCCATTTCCCTCTCCTCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTTGCTGTATCTACGTGTCAGAGCTGGTGGGGCCACGGCAGCGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 GGCTTGCTGTATCTACGTGTCAGAGCTGGTGGGGCCACGGCAGCGGGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTGGTGTCCCTCTATGAGGCAGGCATCACCGTGGGCATCCTGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 TGCTGGTGTCCCTCTATGAGGCAGGCATCACCGTGGGCATCCTGCTCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATGCCCTCAACTATGCACTGGCTGGTACCCCCTGGGGATGGAGGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 TATGCCCTCAACTATGCACTGGCTGGTACCCCCTGGGGATGGAGGCACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTCGGCTGGGCCACTGCACCTGCTGTCCTGCAATCCCTCAGCCTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 GTTCGGCTGGGCCACTGCACCTGCTGTCCTGCAATCCCTCAGCCTCCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTCCCTGCTGGTACAGATGAGACTGCAACACACAAGGACCTCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 TCCTCCCTGCTGGTACAGATGAGACTGCAACACACAAGGACCTCATCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCCAGGGAGGTGAGGCCCCCAAGCTGGGCCCGGGGAGGCCACGGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100598 CTCCAGGGAGGTGAGGCCCCCAAGCTGGGCCCGGGGAGGCCACGGTACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTTCTGGACCTCTTCAGGGCACGCGATAACATGCGAGGCCGGACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100648 CTTTCTGGACCTCTTCAGGGCACGCGATAACATGCGAGGCCGGACCACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGGCCTGGGGCTGGTGCTCTTCCAGCAACTAACAGGGCAGCCCAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 TGGGCCTGGGGCTGGTGCTCTTCCAGCAACTAACAGGGCAGCCCAACGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGTGCTATGCCTCCACCATCTTCAGCTCCGTTGGTTTCCATGGGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100748 CTGTGCTATGCCTCCACCATCTTCAGCTCCGTTGGTTTCCATGGGGGATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCAGCCGTGCTGGCCTCTGTGGGGCTTGGCGCAGTGAAGGTGGCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100798 CTCAGCCGTGCTGGCCTCTGTGGGGCTTGGCGCAGTGAAGGTGGCAGCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCTGACCGCCATGGGGCTGGTGGACCGTGCAGGCCGCAGGGCTCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100848 CCCTGACCGCCATGGGGCTGGTGGACCGTGCAGGCCGCAGGGCTCTGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTAGCTGGCTGTGCCCTCATGGCCCTGTCCGTCAGTGGCATAGGCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100898 CTAGCTGGCTGTGCCCTCATGGCCCTGTCCGTCAGTGGCATAGGCCTCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGCTTTGCCGTGCCCATGGACTCAGGCCCAAGCTGTCTGGCTGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100948 CAGCTTTGCCGTGCCCATGGACTCAGGCCCAAGCTGTCTGGCTGTGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGCCACCGGGCAGACAGGCCTCCCTGGAGACTCTGGCCTGCTGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100998 ATGCCACCGGGCAGACAGGCCTCCCTGGAGACTCTGGCCTGCTGCAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCCTCTCTACCTCCCATTCCAAGGACCAATGAGGACCAAAGGGAGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101048 TCCTCTCTACCTCCCATTCCAAGGACCAATGAGGACCAAAGGGAGCCAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTGTCCACTGCTAAGAAAACCAAGCCCCATCCCAGATCTGGAGACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 CTTGTCCACTGCTAAGAAAACCAAGCCCCATCCCAGATCTGGAGACCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CAGCCCCTCCTCGGCTGGCCCTGAGCTCTGCCCTCCCTGGGCCCCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101148 CAGCCCCTCCTCGGCTGGCCCTGAGCTCTGCCCTCCCTGGGCCCCCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCCGCTCGGGGGCATGCACTGCTGCGCTGGACCGCACTGCTGTGCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 CCCGCTCGGGGGCATGCACTGCTGCGCTGGACCGCACTGCTGTGCCTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGTCTTTGTCAGTGCCTTCTCCTTTGGGTTTGGGCCAG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101248 GGTCTTTGTCAGTGCCTTCTCCTTTGGGTTTGGGCCAGGTA...TAGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCTGGCTTGTCCTCAGCGAGATCTACCCTGTGGAGATACGAGGAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101828 CCTGGCTTGTCCTCAGCGAGATCTACCCTGTGGAGATACGAGGAAGAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TTCGCCTTCTGCAACAGCTTCAACTGGGCGGCCAACCTCTTCATCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101878 TTCGCCTTCTGCAACAGCTTCAACTGGGCGGCCAACCTCTTCATCAGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CTCCTTCCTCGATCTCATTG         GCACCATCGGCTTGTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101928 CTCCTTCCTCGATCTCATTGGTG...CAGGCACCATCGGCTTGTCCTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CCTTCCTGCTCTACGGACTGACCGCTGTCCTCGGCCTGGGCTTCATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104335 CCTTCCTGCTCTACGGACTGACCGCTGTCCTCGGCCTGGGCTTCATCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TTATTTGTTCCTGAAACAAAAGGCCAGTCGTTGGCAGAGATAGACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104385 TTATTTGTTCCTGAAACAAAAGGCCAGTCGTTGGCAGAGATAGACCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GTTCCAGAAGAGACG         GTTCACCCTGAGCTTTGGCCACAGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104435 GTTCCAGAAGAGACGGTA...CAGGTTCACCCTGAGCTTTGGCCACAGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 AGAACTCCACTGGCATCCCGTACAGCCGCATCGAGATCTCTGCGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108743 AGAACTCCACTGGCATCCCGTACAGCCGCATCGAGATCTCTGCGGCCTCC