seq1 = pF1KE6460.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KE6460/gi568815578r_661029.tfa (gi568815578r:661029_865774), 204746 bp

>pF1KE6460 1407
>gi568815578r:661029_865774 (Chr20)

(complement)

1-567  (100001-100567)   99% ->
568-1073  (101772-102277)   99% ->
1074-1197  (103951-104074)   100% ->
1198-1407  (104537-104746)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTCCTGATGCACCTGCTGGTCTGCGTCTTCGGAATGGGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTCCTGATGCACCTGCTGGTCTGCGTCTTCGGAATGGGCTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGACCATCAATGGGCTCTGGGTAGAGCTGCCCCTGCTGGTGATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGACCATCAATGGGCTCTGGGTAGAGCTGCCCCTGCTGGTGATGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCGAGGGCTGGTACCTGCCCTCCTACCTCACGGTGGTCATCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCGAGGGCTGGTACCTGCCCTCCTACCTCACGGTGGTCATCCAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAACATCGGGCCCCTCCTGGTCACCCTGCTCCATCACTTCCGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAACATCGGGCCCCTCCTGGTCACCCTGCTCCATCACTTCCGGCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCCTTTCCGAAGTGCCCATCATCTTCACCCTGCTGGGCGTGGGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCCTTTCCGAAGTGCCCATCATCTTCACCCTGCTGGGCGTGGGAACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACCTGCATCATCTTTGCCTTCCTCTGGAATATGACCTCCTGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACCTGCATCATCTTTGCCTTCCTCTGGAATATGACCTCCTGGGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACGGCCACCACAGCATCGCTTTCTTGGTCCTCACCTTCTTCCTGGCCCT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACGGCCACCACAGCATCGCCTTCTTGGTCCTCACCTTCTTCCTGGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGACTGCACCTCTTCAGTGACCTTCCTGCCGTTCATGAGCCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGACTGCACCTCTTCAGTGACCTTCCTGCCGTTCATGAGCCGGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCACCTACTACCTCACCACCTTCTTTGTGGGTGAAGGACTCAGCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCACCTACTACCTCACCACCTTCTTTGTGGGTGAAGGACTCAGCGGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGCCCGCCCTGGTGGCTCTTGCCCAGGGCTCCGGTCTCACTACCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGCCCGCCCTGGTGGCTCTTGCCCAGGGCTCCGGTCTCACTACCTGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAATGTCACTGAGATATCAGACAGCGTACCAAGCCCTGTACCCACGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAATGTCACTGAGATATCAGACAGCGTACCAAGCCCTGTACCCACGAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGACTGACATCGCACAG         GGAGTTCCCAGAGCTTTGGTGTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100551 AGACTGACATCGCACAGGTA...CAGGGAGTTCCCAGAGCTTTGGTGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCCTCCCCGGAATGGAAGCACCCTTGTCCCACCTGGAGAGCCGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101796 GCCCTCCCCGGAATGGAAGCACCCTTGTCCCACCTGGAGAGCCGCTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCCCGCCCACTTCTCACCCCTGGTCTTCTTCCTCCTCCTATCCATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101846 TCCCGCCCACTTCTCACCCCTGGTCTTCTTCCTCCTCCTATCCATCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGCCTGCTGCCTCGTGGCGTTCTTTGTCCTCCAGCGTCAACCCAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101896 TGGCCTGCTGCCTCGTGGCGTTCTTTGTCCTCCAGCGTCAACCCAGGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGGAGGCTTCCGTGGAAGACCTCCTCAATGACCAGGTCACCCTCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101946 TGGGAGGCTTCCGTGGAAGACCTCCTCAATGACCAGGTCACCCTCCACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATCCGGCTGCGGGAAGAGAATGACTTGGGCCCTGCAGGCATGGTGGACA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 101996 CATCCGGCCGCGGGAAGAGAATGACTTGGGCCCTGCAGGCACGGTGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCAGCCAGGGCCAGGGGTATCTAGAGGAGAAAGCAGCCCCCTGCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102046 GCAGCCAGGGCCAGGGGTATCTAGAGGAGAAAGCAGCCCCCTGCTGCCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCGCACCTGGCCTTCGTCTATACCCTGGTGGCCTTCGTCAACGCGCTCAC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102096 GCGCACCTGGCCTTCATCTATACCCTGGTGGCCTTCGTCAACGCGCTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAACGGCATGCTGCCCTCTGTGCAGACCTACTCCTGCCTGTCCTATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102146 CAACGGCATGCTGCCCTCTGTGCAGACCTACTCCTGCCTGTCCTATGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CAGTTGCCTACCACCTGGCTGCCACCCTCAGCATTGTGGCCAACCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102196 CAGTTGCCTACCACCTGGCTGCCACCCTCAGCATTGTGGCCAACCCTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCCTCGTTGGTCTCCATGTTCCTGCCTAACAG         GTCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102246 GCCTCGTTGGTCTCCATGTTCCTGCCTAACAGGTG...TAGGTCTCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GTTCCTGGGGGTCCTCTCCGTGCTTGGGACCTGCTTTGGGGGCTACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103960 GTTCCTGGGGGTCCTCTCCGTGCTTGGGACCTGCTTTGGGGGCTACAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGGCCATGGCGGTGATGAGCCCCTGCCCCCTCTTGCAGGGCCACTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104010 TGGCCATGGCGGTGATGAGCCCCTGCCCCCTCTTGCAGGGCCACTGGGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GGGGAAGTCCTCATT         GTGGCCTCGTGGGTGCTTTTCAGCGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104060 GGGGAAGTCCTCATTGTG...CAGGTGGCCTCGTGGGTGCTTTTCAGCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CTGCCTCAGCTACGTCAAGGTGATGCTGGGCGTGGTCCTGCGCGACCTCA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104563 CTGCCTCAGTTACGTCAAGGTGATGCTGGGCGTGGTCCTGCGCGACCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GCCGCAGCGCCCTCTTGTGGTGCGGGGCGGCGGTGCAGCTGGGCTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104613 GCCGCAGCGCCCTCTTGTGGTGCGGGGCGGCGGTGCAGCTGGGCTCGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CTCGGAGCGCTGCTCATGTTCCCTCTGGTCAACGTGCTGCGGCTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104663 CTCGGAGCGCTGCTCATGTTCCCTCTGGTCAACGTGCTGCGGCTCTTCTC

   1400     .    :    .    :    .    :
   1374 GTCCGCGGACTTCTGCAATCTGCACTGTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104713 GTCCGCGGACTTCTGCAATCTGCACTGTCCAGCC