seq1 = pF1KE6459.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KE6459/gi568815591f_100001715.tfa (gi568815591f:100001715_100206879), 205165 bp

>pF1KE6459 1359
>gi568815591f:100001715_100206879 (Chr7)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-147  (100166-100254)   100% ->
148-254  (100961-101067)   100% ->
255-351  (101150-101246)   100% ->
352-462  (101695-101805)   100% ->
463-543  (101898-101978)   100% ->
544-606  (102378-102440)   100% ->
607-673  (103160-103226)   100% ->
674-727  (103331-103384)   100% ->
728-834  (103526-103632)   100% ->
835-929  (103731-103825)   100% ->
930-974  (104245-104289)   100% ->
975-1025  (104527-104577)   100% ->
1026-1137  (104689-104800)   100% ->
1138-1359  (104944-105165)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTTCCCAATTCTTCATTCTGTCCTCCAAGGGGGACCCGCTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTTCCCAATTCTTCATTCTGTCCTCCAAGGGGGACCCGCTCATCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGACT         TCCGCGGGGACAGTGGCGGCCGGGATGTGGCCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAGACTGTA...CAGTCCGCGGGGACAGTGGCGGCCGGGATGTGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTCTTCTACCGGAAGCTGACGGGACTGCCAGGAGACGAGTCCCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 AGCTCTTCTACCGGAAGCTGACGGGACTGCCAGGAGACGAGTCCCCGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCATG         CATCACCATGGCCGTCATTTCATTCACATCAGACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 GTCATGGTA...CAGCATCACCATGGCCGTCATTTCATTCACATCAGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGCGGCCTCTATTTGGTGGTCACAACTTCAGAAAACGTTTCTCCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100996 CAGCGGCCTCTATTTGGTGGTCACAACTTCAGAAAACGTTTCTCCCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCTCCTAGAACTGCTCTCCAG         GTTGGCCACCCTTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101046 GCCTCCTAGAACTGCTCTCCAGGTG...CAGGTTGGCCACCCTTCTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATTACTGTGGCTCCCTGGGCGAGGGGACCATCTCCCGCAATGTGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101169 GATTACTGTGGCTCCCTGGGCGAGGGGACCATCTCCCGCAATGTGGCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTATACGAACTCCTGGATGAAGTGCTG         GACTATGGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101219 GGTATACGAACTCCTGGATGAAGTGCTGGTG...TAGGACTATGGCTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TACAGACCACATCCACGGAGATGCTGAGGAATTTCATCCAGACGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101708 TACAGACCACATCCACGGAGATGCTGAGGAATTTCATCCAGACGGAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGGTCAGCAAGCCCTTCAGCCTCTTTGACCTCAGCAGCGTTGGCTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101758 GTGGTCAGCAAGCCCTTCAGCCTCTTTGACCTCAGCAGCGTTGGCTTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        TTTGGGGCTGAGACACAACAGAGCAAAGTGGCCCCCAGCAGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101808 C...CAGTTTGGGGCTGAGACACAACAGAGCAAAGTGGCCCCCAGCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGCCAGCCGCCCCGTCCTGTCCAGTCGCTCTGACCAG         AGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101941 CAGCCAGCCGCCCCGTCCTGTCCAGTCGCTCTGACCAGGTG...CAGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAAAAGAATGAAGTTTTTTTGGATGTGGTCGAGAGATTGTCTGTACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102381 CAAAAGAATGAAGTTTTTTTGGATGTGGTCGAGAGATTGTCTGTACTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCATCTAAT         GGATCCCTGCTGAAGGTGGATGTGCAGGGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102431 AGCATCTAATGTA...CAGGGATCCCTGCTGAAGGTGGATGTGCAGGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGATTCGGCTCAAGAGCTTCCTTCCTAGCGGCTCTG         AGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103191 AGATTCGGCTCAAGAGCTTCCTTCCTAGCGGCTCTGGTG...CAGAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CGCATTGGCTTGACGGAAGAGTTTTGTGTGGGGAAGTCAGAGCTGAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103336 CGCATTGGCTTGACGGAAGAGTTTTGTGTGGGGAAGTCAGAGCTGAGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728         GTTATGGGCCAGGAATCCGGGTCGATGAAGTCTCGTTTCACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103386 TG...CAGGTTATGGGCCAGGAATCCGGGTCGATGAAGTCTCGTTTCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GCTCTGTGAATCTGGACGAATTTGAGTCTCATCGAATCCTCCGCTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103568 GCTCTGTGAATCTGGACGAATTTGAGTCTCATCGAATCCTCCGCTTGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CCACCTCAGGGCGAG         CTGACTGTGATGCGGTACCAACTCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103618 CCACCTCAGGGCGAGGTC...CAGCTGACTGTGATGCGGTACCAACTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGATGACCTCCCCTCACCGCTCCCCTTCCGGCTCTTCCCCTCTGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103757 CGATGACCTCCCCTCACCGCTCCCCTTCCGGCTCTTCCCCTCTGTGCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GGGACCGAGGCTCAGGCCG         GCTCCAGGTTTATCTAAAGTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103807 GGGACCGAGGCTCAGGCCGGTG...CAGGCTCCAGGTTTATCTAAAGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CGATGTGACCTGCTCTCAAAGAG         CCAAGCCCTCAATGTCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104267 CGATGTGACCTGCTCTCAAAGAGGTA...TAGCCAAGCCCTCAATGTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 GCTGCACCTCCCCCTGCCTCGAGGGGTGGTCAG         CCTGTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104545 GCTGCACCTCCCCCTGCCTCGAGGGGTGGTCAGGTG...CAGCCTGTCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AGGAGCTGAGCAGCCCAGAGCAGAAGGCTGAGCTGGCAGAGGGAGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104697 AGGAGCTGAGCAGCCCAGAGCAGAAGGCTGAGCTGGCAGAGGGAGCCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 CGCTGGGACCTGCCTCGGGTGCAAGGAGGCTCTCAACTCTCAGGCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104747 CGCTGGGACCTGCCTCGGGTGCAAGGAGGCTCTCAACTCTCAGGCCTTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CCAG         ATGGACGTCCCAGGGCCCCCAGGACCTCCCAGCCATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104797 CCAGGTA...CAGATGGACGTCCCAGGGCCCCCAGGACCTCCCAGCCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 GGCTCTCCACCTCGGCCTCTCCTCTGGGGCTGGGCCCTGCCAGTCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104981 GGCTCTCCACCTCGGCCTCTCCTCTGGGGCTGGGCCCTGCCAGTCTCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 TTCGAGCTTCCCCGGCACACGTGCTCTGGCCTCCAGGTCCGATTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105031 TTCGAGCTTCCCCGGCACACGTGCTCTGGCCTCCAGGTCCGATTCCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GCTGGCCTTCAGGCCATGCGGCAATGCCAACCCCCACAAGTGGGTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105081 GCTGGCCTTCAGGCCATGCGGCAATGCCAACCCCCACAAGTGGGTGCGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1325 ACCTAAGCCACAGCGACGCCTATGTCATTCGGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105131 ACCTAAGCCACAGCGACGCCTATGTCATTCGGATC