seq1 = pF1KE6447.tfa, 1518 bp
seq2 = pF1KE6447/gi568815593f_140591649.tfa (gi568815593f:140591649_140798549), 206901 bp

>pF1KE6447 1518
>gi568815593f:140591649_140798549 (Chr5)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-183  (101943-102017)   100% ->
184-303  (102287-102406)   100% ->
304-399  (102537-102632)   100% ->
400-525  (103860-103985)   100% ->
526-633  (104090-104197)   100% ->
634-732  (104455-104553)   100% ->
733-826  (104873-104966)   100% ->
827-954  (105295-105422)   100% ->
955-1197  (105516-105758)   100% ->
1198-1314  (105921-106037)   100% ->
1315-1461  (106284-106430)   100% ->
1462-1518  (106845-106901)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCTGCTCGGACTTCTTCCCAGGAGGGCCTGGGCTTCGCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCTGCTCGGACTTCTTCCCAGGAGGGCCTGGGCTTCGCTGCTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCTCCTGCGACCGCCCTGCGCTTCGTGCACCGGGGCGGTCCGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCTCCTGCGACCGCCCTGCGCTTCGTGCACCGGGGCGGTCCGTTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAGCCAG         GTTGCAGAGGCAGTGTTAACATCCCAACTGAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAGCCAGGTG...CAGGTTGCAGAGGCAGTGTTAACATCCCAACTGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACATCAAGAGAAACCAAATTTTATTATCAAGACCCCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101976 GCACATCAAGAGAAACCAAATTTTATTATCAAGACCCCAAAGGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  GGTACCAGGGATCTTAGTCCTCAGCATATGGTTGTGAGGGAGAAAATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102286 GGGTACCAGGGATCTTAGTCCTCAGCATATGGTTGTGAGGGAGAAAATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGATTTGGTTATCAGCTGCTTTAAACGTCATGGAGCAAAGGGGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102336 TTGATTTGGTTATCAGCTGCTTTAAACGTCATGGAGCAAAGGGGATGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCCCAGCATTTGAGCTGAAG         GAAACCCTGACTGAGAAGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102386 ACCCCAGCATTTGAGCTGAAGGTA...TAGGAAACCCTGACTGAGAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGAGAGGACTCTGGGCTCATGTATGATCTGAAGGATCAAGGTGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102557 TGGAGAGGACTCTGGGCTCATGTATGATCTGAAGGATCAAGGTGGAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTTGTCCCTCCGCTATGACCTTACT         GTTCCCTTTGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102607 TGTTGTCCCTCCGCTATGACCTTACTGTA...GAGGTTCCCTTTGCTCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATCTGGCCATGAATAAGGTGAAGAAGATGAAACGTTATCATGTTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103875 TATCTGGCCATGAATAAGGTGAAGAAGATGAAACGTTATCATGTTGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGTGTGGCGGCGAGAGAGCCCAACCATAGTCCAAGGCCGTTATAGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103925 GGTGTGGCGGCGAGAGAGCCCAACCATAGTCCAAGGCCGTTATAGGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTGCCAGTGT         GATTTTGACATTGCTGGTCAGTTTGACCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103975 TCTGCCAGTGTGTA...TAGGATTTTGACATTGCTGGTCAGTTTGACCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGATCCCCGATGCAGAGTGTTTGAAGATCATGTGTGAAATCCTAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104120 ATGATCCCCGATGCAGAGTGTTTGAAGATCATGTGTGAAATCCTAAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATTGCAGTTGGGAGACTTTCTCATTAAG         GTAAATGACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104170 ATTGCAGTTGGGAGACTTTCTCATTAAGGTG...CAGGTAAATGACCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGATTGTGGATGGGATGTTTGCTGTCTGTGGTGTTCCTGAAAGCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104468 GGATTGTGGATGGGATGTTTGCTGTCTGTGGTGTTCCTGAAAGCAAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGTGCCATCTGCTCCTCCATAGATAAACTAGACAAG         ATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104518 CGTGCCATCTGCTCCTCCATAGATAAACTAGACAAGGTA...CAGATGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTGGAAAGATGTGAGACATGAGATGGTGGTGAAGAAAGGCCTGGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104878 TTGGAAAGATGTGAGACATGAGATGGTGGTGAAGAAAGGCCTGGCTCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGTGGCTGATCGAATTGGGGACTATGTCCAGTGTCATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104928 AGGTGGCTGATCGAATTGGGGACTATGTCCAGTGTCATGGTA...CAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGGGTATCCCTAGTAGAGCAAATGTTTCAGGATCCCAGACTATCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105297 GGGGTATCCCTAGTAGAGCAAATGTTTCAGGATCCCAGACTATCCCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAGCAGGCCCTGGAGGGCCTGGGAGACCTAAAGCTGCTATTTGAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105347 CAAGCAGGCCCTGGAGGGCCTGGGAGACCTAAAGCTGCTATTTGAATACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGACTTTATTTGGAATTGCTGATAAG         ATCTCCTTTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105397 TGACTTTATTTGGAATTGCTGATAAGGTA...CAGATCTCCTTTGACCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCCTGGCTCGGGGCCTAGACTACTATACAGGAGTGATCTATGAAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105531 AGCCTGGCTCGGGGCCTAGACTACTATACAGGAGTGATCTATGAAGCAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTGCTGCAGACCCCAACTCAGGCTGGGGAGGAGCCCCTGAATGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105581 GCTGCTGCAGACCCCAACTCAGGCTGGGGAGGAGCCCCTGAATGTGGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTGTGGCTGCTGGTGGGCGCTATGATGGGCTGGTGGGCATGTTTGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105631 GTGTGGCTGCTGGTGGGCGCTATGATGGGCTGGTGGGCATGTTTGACCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGGGCCACAAGGTGCCATGTGTGGGACTCAGCATTGGGGTTGAGCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105681 AAGGGCCACAAGGTGCCATGTGTGGGACTCAGCATTGGGGTTGAGCGAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTCTACATTGTGGAGCAGAGGATGAAG         ACCAAAGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105731 CTTCTACATTGTGGAGCAGAGGATGAAGGTA...TAGACCAAAGGTGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGGTGCGGACTACAGAGACTCAAGTGTTTGTGGCCACACCACAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105934 AGGTGCGGACTACAGAGACTCAAGTGTTTGTGGCCACACCACAGAAGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTTCTCCAAGAACGGTTGAAGCTTATTGCAGAGCTTTGGGATTCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105984 TTTCTCCAAGAACGGTTGAAGCTTATTGCAGAGCTTTGGGATTCTGGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAAG         GCAGAGATGCTATACAAGAACAACCCCAAACTATTAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106034 CAAGGTA...CAGGCAGAGATGCTATACAAGAACAACCCCAAACTATTAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCCAGCTGCACTATTGTGAGAGCACAGGCATTCCACTGGTGGTCATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106321 CCCAGCTGCACTATTGTGAGAGCACAGGCATTCCACTGGTGGTCATTATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGTGAGCAAGAACTGAAAGAAGGGGTCATCAAGATCCGTTCAGTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106371 GGTGAGCAAGAACTGAAAGAAGGGGTCATCAAGATCCGTTCAGTGGCCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAGAGAGGAG         GTGGCCATTAAACGGGAAAATTTTGTGGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106421 CAGAGAGGAGGTG...CAGGTGGCCATTAAACGGGAAAATTTTGTGGCTG

   1600     .    :    .    :    .
   1493 AAATTCAGAAGCGACTGTCTGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||
 106876 AAATTCAGAAGCGACTGTCTGAGTCT