seq1 = pF1KE6444.tfa, 1530 bp
seq2 = pF1KE6444/gi568815597r_160972664.tfa (gi568815597r:160972664_161189296), 216633 bp

>pF1KE6444 1530
>gi568815597r:160972664_161189296 (Chr1)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-439  (109348-109707)   100% ->
440-730  (111554-111844)   100% ->
731-851  (112822-112942)   100% ->
852-1000  (114538-114686)   100% ->
1001-1157  (114924-115080)   100% ->
1158-1233  (115502-115577)   100% ->
1234-1308  (115998-116072)   100% ->
1309-1530  (116412-116633)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCTGTCCCTGGGAGCCGAGATGTGGGGGCCTGAGGCCTGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCTGTCCCTGGGAGCCGAGATGTGGGGGCCTGAGGCCTGGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTACTGCTGGCATCATTTACAG         GCCGGTGCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTACTGCTGGCATCATTTACAGGTA...CAGGCCGGTGCCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGGTGAGCTGGAGACCTCAGACGTGGTAACTGTGGTGCTGGGCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109360 CGGGTGAGCTGGAGACCTCAGACGTGGTAACTGTGGTGCTGGGCCAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAAAACTGCCCTGCTTCTACCGAGGGGACTCCGGCGAGCAAGTGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109410 GCAAAACTGCCCTGCTTCTACCGAGGGGACTCCGGCGAGCAAGTGGGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGGCATGGGCTCGGGTGGACGCGGGCGAAGGCGCCCAGGAACTAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109460 AGTGGCATGGGCTCGGGTGGACGCGGGCGAAGGCGCCCAGGAACTAGCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TACTGCACTCCAAATACGGGCTTCATGTGAGCCCGGCTTACGAGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109510 TACTGCACTCCAAATACGGGCTTCATGTGAGCCCGGCTTACGAGGGCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGAGCAGCCGCCGCCCCCACGCAACCCCCTGGACGGCTCAGTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109560 GTGGAGCAGCCGCCGCCCCCACGCAACCCCCTGGACGGCTCAGTGCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGCAACGCAGTGCAGGCGGATGAGGGCGAGTACGAGTGCCGGGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109610 GCGCAACGCAGTGCAGGCGGATGAGGGCGAGTACGAGTGCCGGGTCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTTCCCCGCCGGCAGCTTCCAGGCGCGGCTGCGGCTCCGAGTGCTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109660 CCTTCCCCGCCGGCAGCTTCCAGGCGCGGCTGCGGCTCCGAGTGCTGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440        TGCCTCCCCTGCCCTCACTGAATCCTGGTCCAGCACTAGAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109710 A...CAGTGCCTCCCCTGCCCTCACTGAATCCTGGTCCAGCACTAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGCCAGGGCCTGACCCTGGCAGCCTCCTGCACAGCTGAGGGCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111597 GGGCCAGGGCCTGACCCTGGCAGCCTCCTGCACAGCTGAGGGCAGCCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCCCAGCGTGACCTGGGACACGGAGGTCAAAGGCACAACGTCCAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111647 CCCCCAGCGTGACCTGGGACACGGAGGTCAAAGGCACAACGTCCAGCCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCTTCAAGCACTCCCGCTCTGCTGCCGTCACCTCAGAGTTCCACTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111697 TCCTTCAAGCACTCCCGCTCTGCTGCCGTCACCTCAGAGTTCCACTTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCCTAGCCGCAGCATGAATGGGCAGCCACTGACTTGTGTGGTGTCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111747 GCCTAGCCGCAGCATGAATGGGCAGCCACTGACTTGTGTGGTGTCCCATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGGCCTGCTCCAGGACCAAAGGATCACCCACATCCTCCACGTGTCCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111797 CTGGCCTGCTCCAGGACCAAAGGATCACCCACATCCTCCACGTGTCCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731        TCCTTGCTGAGGCCTCTGTGAGGGGCCTTGAAGACCAAAATCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111847 A...CAGTCCTTGCTGAGGCCTCTGTGAGGGGCCTTGAAGACCAAAATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTGGCACATTGGCAGAGAAGGAGCTATGCTCAAGTGCCTGAGTGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112865 GTGGCACATTGGCAGAGAAGGAGCTATGCTCAAGTGCCTGAGTGAAGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGCCCCCTCCCTCATACAACTGGACACG         GCTGGATGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112915 AGCCCCCTCCCTCATACAACTGGACACGGTA...CAGGCTGGATGGGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGCCCAGTGGGGTACGAGTGGATGGGGACACTTTGGGCTTTCCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114551 CTGCCCAGTGGGGTACGAGTGGATGGGGACACTTTGGGCTTTCCCCCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GACCACTGAGCACAGCGGCATCTACGTCTGCCATGTCAGCAATGAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114601 GACCACTGAGCACAGCGGCATCTACGTCTGCCATGTCAGCAATGAGTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCTCAAGGGATTCTCAGGTCACTGTGGATGTTCTTG         ACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114651 CCTCAAGGGATTCTCAGGTCACTGTGGATGTTCTTGGTA...CAGACCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGGAAGACTCTGGGAAGCAGGTGGACCTAGTGTCAGCCTCGGTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114929 CAGGAAGACTCTGGGAAGCAGGTGGACCTAGTGTCAGCCTCGGTGGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGTGGGTGTGATCGCCGCACTCTTGTTCTGCCTTCTGGTGGTGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114979 GGTGGGTGTGATCGCCGCACTCTTGTTCTGCCTTCTGGTGGTGGTGGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGCTCATGTCCCGATACCATCGGCGCAAGGCCCAGCAGATGACCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115029 TGCTCATGTCCCGATACCATCGGCGCAAGGCCCAGCAGATGACCCAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TA         TGAGGAGGAGCTGACCCTGACCAGGGAGAACTCCATCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115079 TAGTG...CAGTGAGGAGGAGCTGACCCTGACCAGGGAGAACTCCATCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAGGCTGCATTCCCATCACACGGACCCCAGGAGCCAG         CCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115541 GAGGCTGCATTCCCATCACACGGACCCCAGGAGCCAGGTG...CAGCCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGGAGAGTGTAGGGCTGAGAGCCGAGGGCCACCCTGATAGTCTCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116002 AGGAGAGTGTAGGGCTGAGAGCCGAGGGCCACCCTGATAGTCTCAAGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AACAGTAGCTGCTCTGTGATG         AGTGAAGAGCCCGAGGGCCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116052 AACAGTAGCTGCTCTGTGATGGTG...CAGAGTGAAGAGCCCGAGGGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CAGTTACTCCACGCTGACCACGGTGAGGGAGATAGAAACACAGACTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116432 CAGTTACTCCACGCTGACCACGGTGAGGGAGATAGAAACACAGACTGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGCTGTCTCCAGGCTCTGGGCGGGCCGAGGAGGAGGAAGATCAGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116482 TGCTGTCTCCAGGCTCTGGGCGGGCCGAGGAGGAGGAAGATCAGGATGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGCATCAAACAGGCCATGAACCATTTTGTTCAGGAGAATGGGACCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116532 GGCATCAAACAGGCCATGAACCATTTTGTTCAGGAGAATGGGACCCTACG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGCCAAGCCCACGGGCAATGGCATCTACATCAATGGGCGGGGACACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116582 GGCCAAGCCCACGGGCAATGGCATCTACATCAATGGGCGGGGACACCTGG

   1600 
   1529 TC
        ||
 116632 TC