seq1 = pF1KE6442.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE6442/gi568815594r_2830841.tfa (gi568815594r:2830841_3033923), 203083 bp

>pF1KE6442 1365
>gi568815594r:2830841_3033923 (Chr4)

(complement)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-268  (100261-100357)   100% ->
269-372  (100715-100818)   100% ->
373-531  (101166-101324)   100% ->
532-693  (101412-101573)   100% ->
694-802  (101771-101879)   100% ->
803-914  (101988-102099)   100% ->
915-1023  (102261-102369)   100% ->
1024-1114  (102459-102549)   100% ->
1115-1162  (102650-102697)   100% ->
1163-1252  (102774-102863)   100% ->
1253-1365  (102971-103083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATGGGGAGGGGGTGGAGGCTGCACCCCGCGCCCACCCATCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATGGGGAGGGGGTGGAGGCTGCACCCCGCGCCCACCCATCCACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCGCCGGAGCGCCGCGTGGTCACCGTTGTCTTTCTCGGCCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCCGCCGGAGCGCCGCGTGGTCACCGTTGTCTTTCTCGGCCTCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACCTCCTGGCCTTCACGCTGCTGCTGCCCCTGCTGCCCGGGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGACCTCCTGGCCTTCACGCTGCTGCTGCCCCTGCTGCCCGGGCTGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGAGCCACGGCCGTGCCCAC         GACCCCCTCTATGGCTCCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 GAGAGCCACGGCCGTGCCCACGTG...TAGGACCCCCTCTATGGCTCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGGGCGGGGTGGACTGGTTTGCCACCGCCATCGGGATGCCAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100281 GCAGGGCGGGGTGGACTGGTTTGCCACCGCCATCGGGATGCCAGTGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGGTACAACAGTGTCCTGTTCGGAG         GTCTCATTGGCTCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100331 AGAGGTACAACAGTGTCCTGTTCGGAGGTA...CAGGTCTCATTGGCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCATTCTCTGTCCTGCAGTTTCTGTGTGCGCCACTCACTGGGGCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100729 GCATTCTCTGTCCTGCAGTTTCTGTGTGCGCCACTCACTGGGGCCACCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACTGCTTGGGGAGGCGCCCGGTGATGCTGCTGTGCCTG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100779 TGACTGCTTGGGGAGGCGCCCGGTGATGCTGCTGTGCCTGGTA...CAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGTGTGGCCACCTCATATGCAGTCTGGGCCACCTCTCGGAGCTTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101167 TGGGTGTGGCCACCTCATATGCAGTCTGGGCCACCTCTCGGAGCTTTGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCTTCCTGGCCTCCAGGCTGATTGGGGGCATCAGCAAAGGGAACGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101217 GCCTTCCTGGCCTCCAGGCTGATTGGGGGCATCAGCAAAGGGAACGTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCTCCACGGCCATCGTTGCTGACCTGGGCTCGCCTCTGGCCCGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101267 CCTCTCCACGGCCATCGTTGCTGACCTGGGCTCGCCTCTGGCCCGCAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGGCATG         GCGGTCATTGGGGTGGCCTTCTCACTGGGCTTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101317 AAGGCATGGTA...TAGGCGGTCATTGGGGTGGCCTTCTCACTGGGCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCCTGGGCCCTATGCTCGGAGCCTCCCTGCCCCTGGAAATGGCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101445 ACCCTGGGCCCTATGCTCGGAGCCTCCCTGCCCCTGGAAATGGCACCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTTTGCCCTGCTCTTCGCAGCCTCCGACCTGCTGTTCATCTTCTGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101495 GTTTGCCCTGCTCTTCGCAGCCTCCGACCTGCTGTTCATCTTCTGCTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCCAGAGACGCTGCCCCTGGAGAAACGG         GCGCCCTCTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101545 TGCCAGAGACGCTGCCCCTGGAGAAACGGGTA...CAGGCGCCCTCTATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCCTGGGGTTCCGTGATGCGGCTGATCTGCTCAGCCCCCTGGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101783 GCCCTGGGGTTCCGTGATGCGGCTGATCTGCTCAGCCCCCTGGCCCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCGCTTCTCGGCTGTCGCTCGTGGCCAGGACCCACCCTCTGGAGACA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101833 GCGCTTCTCGGCTGTCGCTCGTGGCCAGGACCCACCCTCTGGAGACAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803       GGCTCAGCAGCCTGCGCCGCCTGGGCCTAGTCTACTTCCTCTAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101883 ...CAGGGCTCAGCAGCCTGCGCCGCCTGGGCCTAGTCTACTTCCTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCTTCCTGTTCTCGGGCCTGGAGTACACGCTGAGCTTCCTCACACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102032 CTCTTCCTGTTCTCGGGCCTGGAGTACACGCTGAGCTTCCTCACACACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCGCTTCCAGTTCAGTAG         CCTACAGCAGGGGAAGATGTTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102082 GCGCTTCCAGTTCAGTAGGTG...CAGCCTACAGCAGGGGAAGATGTTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCTCATCGGCCTCACCATGGCCACCATCCAGGGTGCCTATGCCCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102284 TCCTCATCGGCCTCACCATGGCCACCATCCAGGGTGCCTATGCCCGGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCCACCCTGGCGGGGAAGTTGCTGCCGTGAAGCGG         GCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102334 ATCCACCCTGGCGGGGAAGTTGCTGCCGTGAAGCGGGTA...CAGGCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGCTGCTGGTGCCCGCCTTCCTCCTCATCGGCTGGGGACGTTCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102464 CCTGCTGCTGGTGCCCGCCTTCCTCCTCATCGGCTGGGGACGTTCTCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCGTGCTGGGCCTGGGGCTGCTGCTCTACTCCTTTG         CCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102514 CCGTGCTGGGCCTGGGGCTGCTGCTCTACTCCTTTGGTG...CAGCCGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCCGTTGTGGTGCCCTGCCTGTCCTCCGTGGTCGCTGGCTATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102655 GCCGTTGTGGTGCCCTGCCTGTCCTCCGTGGTCGCTGGCTATGGTG...C

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1163   GCTCACCAGGGCAGAAGGGCACGGTCATGGGTACACTGCGCAGCCTAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102772 AGGCTCACCAGGGCAGAAGGGCACGGTCATGGGTACACTGCGCAGCCTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTGCTCTGGCCAGGGCCGCGGGGCCCCTGGTGGCCGCTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102822 GTGCTCTGGCCAGGGCCGCGGGGCCCCTGGTGGCCGCTTCAGGTG...CA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1253  TGTACTGGCTGGCCGGGGCCCAGGCCTGCTTCACCACGTGGTCCGGGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 GTGTACTGGCTGGCCGGGGCCCAGGCCTGCTTCACCACGTGGTCCGGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTTTTTGCTCCCCTTCTTCCTCCTGCAGAAGCTGAGTTACCCGGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103020 CTTTTTGCTCCCCTTCTTCCTCCTGCAGAAGCTGAGTTACCCGGCACAGA

   1450     .    :
   1352 CGCTCAAGGCTGAG
        ||||||||||||||
 103070 CGCTCAAGGCTGAG