seq1 = pF1KE6432.tfa, 1671 bp
seq2 = pF1KE6432/gi568815584f_23972937.tfa (gi568815584f:23972937_24177727), 204791 bp

>pF1KE6432 1671
>gi568815584f:23972937_24177727 (Chr14)

1-168  (100001-100168)   99% ->
169-348  (100563-100742)   99% ->
349-423  (101115-101189)   100% ->
424-498  (101355-101429)   100% ->
499-582  (101595-101678)   100% ->
583-672  (101770-101859)   100% ->
673-777  (102236-102340)   100% ->
778-864  (102569-102655)   100% ->
865-924  (102891-102950)   100% ->
925-1058  (103213-103346)   99% ->
1059-1113  (103424-103478)   100% ->
1114-1165  (103570-103621)   100% ->
1166-1299  (103943-104076)   100% ->
1300-1536  (104218-104454)   100% ->
1537-1671  (104657-104791)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGACCCTGAGATGGGATGGGTGCCTGAGCCCCAAACCATGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100001 ATGTCGGACCCTGAGATGGGATGGGTGCCTGAGCCCCCAACCATGACGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCCTCTCGGGTGGAGCTGCGGGTGTCCTGCCATGGCCTCCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGCCTCTCGGGTGGAGCTGCGGGTGTCCTGCCATGGCCTCCTGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGACACACTCACCAAACCCCACCCCTGCGTGCTGCTCAAGCTCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGACACACTCACCAAACCCCACCCCTGCGTGCTGCTCAAGCTCTACTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGAGCAGTGGGTGGAG         GTAGAGCGCACAGAGGTGCTTCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GATGAGCAGTGGGTGGAGGTG...CAGGTAGAGCGCACAGAGGTGCTTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCTGTTCCAGCCCTGTCTTCTCCCGGGTGCTGGCCCTTGAGTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100586 CTCCTGTTCCAGCCCTGTCTTCTCCCGGGTGCTGGCCCTTGAGTATTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGAGGAGAAGCAGCCCGTGCAGTTCCACGTGTTCGATGCCGAGGACGGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100636 TTGAGGAGAAGCAGCCCCTGCAGTTCCACGTGTTCGATGCCGAGGACGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCACCAGCCCCCGAAATGATACCTTCCTCGGCTCTACGGAGTGCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100686 GCCACCAGCCCCCGAAATGATACCTTCCTCGGCTCTACGGAGTGCACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGCCAG         ATTGTGTCACAAACCAAGGTCACTAAGCCATTAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100736 GGGCCAGGTC...CAGATTGTGTCACAAACCAAGGTCACTAAGCCATTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTGAAGAATGGGAAGACTGCGGGCAAGTCCACCATCACG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101149 TGCTGAAGAATGGGAAGACTGCGGGCAAGTCCACCATCACGGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCGTGGCCGAGGAGGTATCAGGCACAAACGACTATGTGCAACTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101355 ATCGTGGCCGAGGAGGTATCAGGCACAAACGACTATGTGCAACTCACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGAGCCTACAAGCTGGACAACAAG         GATCTGTTCAGCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101405 CAGAGCCTACAAGCTGGACAACAAGGTT...CAGGATCTGTTCAGCAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGACCCTTTCATGGAAATCTATAAGACCAACGAGGACCAAAGTGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101611 CTGACCCTTTCATGGAAATCTATAAGACCAACGAGGACCAAAGTGATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGTCTGGAGAACTGAG         GTGGTGAAGAACAACCTGAACCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101661 CTGGTCTGGAGAACTGAGGTT...AAGGTGGTGAAGAACAACCTGAACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGCTGGGAGCCGTTCCGCCTGTCCCTGCATTCCCTATGCAGCTGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 CAGCTGGGAGCCGTTCCGCCTGTCCCTGCATTCCCTATGCAGCTGTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCACCGACCTCTCAAG         TTCCTGGTGTATGACTATGACTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101843 TTCACCGACCTCTCAAGGTG...CAGTTCCTGGTGTATGACTATGACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGTGGGAAGCATGACTTCATCGGCGAGTTCACCAGCACTTTCCAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102260 AGTGGGAAGCATGACTTCATCGGCGAGTTCACCAGCACTTTCCAGGAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCAGGAAGGGACGGCAAACCCTGGGCAGGAG         ATGCAGTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102310 GCAGGAAGGGACGGCAAACCCTGGGCAGGAGGTG...TAGATGCAGTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTGTATCAACCCCAAGTATCGGGACAAGAAGAAGAATTACAAGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102579 ACTGTATCAACCCCAAGTATCGGGACAAGAAGAAGAATTACAAGAGCTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGGACGGTAGTGCTGGCCCAGTGCACG         GTGGAGAAGGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102629 GGGACGGTAGTGCTGGCCCAGTGCACGGTA...CAGGTGGAGAAGGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACCTTCCTGGATTACATCATGGGTGGCTGCCAGATCAGCTTCACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102905 CACCTTCCTGGATTACATCATGGGTGGCTGCCAGATCAGCTTCACGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925      GTGGCCATTGACTTCACTGCCTCCAATGGGGACCCGAGGAGCAGC
        ..>>>||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 102955 ..CAGGTGGCCATTGACTTCACCGCCTCCAATGGGGACCCGAGGAGCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGTCCCTGCACTGCCTCAGTCCCCGACAGCCCAACCACTACCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103258 CAGTCCCTGCACTGCCTCAGTCCCCGACAGCCCAACCACTACCTGCAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTGCGTGCAGTGGGAGGCATCTGCCAGGACTATGACAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103308 CCTGCGTGCAGTGGGAGGCATCTGCCAGGACTATGACAGGTA...CAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATAAGCGGTTCCCAGCTTTTGGCTTTGGGGCTCGAATCCCCCCCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103426 ATAAGCGGTTCCCAGCTTTTGGCTTTGGGGCTCGAATCCCCCCCAACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAG         GTGTCCCATGACTTTGCTATCAACTTTGACCCGGAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103476 GAGGTA...CAGGTGTCCCATGACTTTGCTATCAACTTTGACCCGGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCCTGAATGTGAAG         AGATCTCAGGGGTCATCGCCTCCTACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103608 TCCTGAATGTGAAGGTA...CAGAGATCTCAGGGGTCATCGCCTCCTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GTCGTTGCCTGCCCCAGATCCAGCTCTACGGCCCCACCAATGTGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103970 GTCGTTGCCTGCCCCAGATCCAGCTCTACGGCCCCACCAATGTGGCCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATCATCAACCGTGTGGCTGAGCCGGCCCAGCGGGAGCAGAGCACCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104020 ATCATCAACCGTGTGGCTGAGCCGGCCCAGCGGGAGCAGAGCACCGGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGCCACG         AAGTACTCGGTGCTGCTGGTGCTCACTGACGGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104070 AGCCACGGTA...CAGAAGTACTCGGTGCTGCTGGTGCTCACTGACGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGGTGAGCGACATGGCTGAGACTCGCACTGCTATCGTGCGTGCCTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104252 TGGTGAGCGACATGGCTGAGACTCGCACTGCTATCGTGCGTGCCTCCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CTGCCCATGTCCATCATCATCGTAGGCGTGGGCAATGCTGACTTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104302 CTGCCCATGTCCATCATCATCGTAGGCGTGGGCAATGCTGACTTCTCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CATGCGGCTGCTGGATGGCGACGACGGCCCCTTGCGCTGCCCCCGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104352 CATGCGGCTGCTGGATGGCGACGACGGCCCCTTGCGCTGCCCCCGAGGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGCCTGCAGCCCGAGACATTGTCCAGTTCGTGCCCTTCCGAGACTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104402 TGCCTGCAGCCCGAGACATTGTCCAGTTCGTGCCCTTCCGAGACTTCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GAT         GCTGCCCCCTCTGCACTCGCCAAGTGTGTCCTGGCTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104452 GATGTG...TAGGCTGCCCCCTCTGCACTCGCCAAGTGTGTCCTGGCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGTGCCACGGCAGGTGGTGGAGTACTACGCCAGCCAGGGCATCAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104695 GGTGCCACGGCAGGTGGTGGAGTACTACGCCAGCCAGGGCATCAGCCCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1625 GGGCTCCCAGGCCCTGCACACTGGCTACGACTCCCAGCCCTAGCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104745 GGGCTCCCAGGCCCTGCACACTGGCTACGACTCCCAGCCCTAGCCCG