seq1 = pF1KE6429.tfa, 1785 bp
seq2 = pF1KE6429/gi568815575r_85182182.tfa (gi568815575r:85182182_85479454), 297273 bp

>pF1KE6429 1785
>gi568815575r:85182182_85479454 (ChrX)

(complement)

1-282  (100001-100282)   100% ->
283-357  (111689-111763)   100% ->
358-438  (119825-119905)   100% ->
439-540  (128004-128105)   100% ->
541-723  (133413-133595)   100% ->
724-854  (148376-148506)   100% ->
855-882  (163721-163748)   100% ->
883-957  (164949-165023)   100% ->
958-1050  (171239-171331)   98% ->
1051-1164  (172179-172292)   100% ->
1165-1317  (173122-173274)   100% ->
1318-1437  (173545-173664)   100% ->
1438-1566  (174984-175112)   100% ->
1567-1649  (175967-176049)   100% ->
1650-1785  (197138-197273)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCGAGCTATTGGAGTGAGACGAGCAGCAGCAGCTGTGGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTCGAGCTATTGGAGTGAGACGAGCAGCAGCAGCTGTGGAACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCTCCCAGAGGTGCTGCAGTGCCAGCCCCAGCATTACCACTGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCTCCCAGAGGTGCTGCAGTGCCAGCCCCAGCATTACCACTGCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCAGTCAAGCCAAGCCCAGCAGCCTCCAGAAAAAAATGTAGTGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCAGTCAAGCCAAGCCCAGCAGCCTCCAGAAAAAAATGTAGTGTATGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGAGTGAGGACCTACAGTGGGCCCATGAACAAGGTGGTGCAGGCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGAGTGAGGACCTACAGTGGGCCCATGAACAAGGTGGTGCAGGCCTTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCTTCAACTCACGGGAAGTGCTCTCCCCTCTCAAAACCACCTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCTTCAACTCACGGGAAGTGCTCTCCCCTCTCAAAACCACCTCCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCAAAATTTGGTTTGGAGCGACCATTCTCAG         GAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100251 ACCAAAATTTGGTTTGGAGCGACCATTCTCAGGTA...CAGGAACTCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTCCAACTTTAAAAATATCTACATGTGCCCCAAGTACTCTACATATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111698 TCTCCAACTTTAAAAATATCTACATGTGCCCCAAGTACTCTACATATAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAAAATACTGAACAG         GAACTTCATTCTCCAACAGTGAAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111748 CCAAAATACTGAACAGGTA...CAGGAACTTCATTCTCCAACAGTGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTACTACATATCCACAGACCACTATTAGGAAATATGTAGTACAAAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119850 TTACTACATATCCACAGACCACTATTAGGAAATATGTAGTACAAAATCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAACAG         GAACCACTGTCTCAATTCCTAAGAGGAAGCCATTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119900 GAACAGGTA...TAGGAACCACTGTCTCAATTCCTAAGAGGAAGCCATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCCAGGAAACAATGTTATTTATGAAAAAACAATAAGAAAAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128039 CTTCCCAGGAAACAATGTTATTTATGAAAAAACAATAAGAAAAGTGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTAAATACTGATCAG         GGGTGCCATCCTCAGGCTCAATGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 128089 AGCTAAATACTGATCAGGTA...TAGGGGTGCCATCCTCAGGCTCAATGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATCATCACATTATCCAACAGCCCCAGGTCATCCACTCTGCACACTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133437 CATCATCACATTATCCAACAGCCCCAGGTCATCCACTCTGCACACTGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACAACCTGATTCTAGCCAGCAAATCCAAGCCATCACAGGAAATAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133487 ACAACCTGATTCTAGCCAGCAAATCCAAGCCATCACAGGAAATAATCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTCTACACATATTGGAAATGAACTGTGCCATAGTGGATCAAGCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133537 TTTCTACACATATTGGAAATGAACTGTGCCATAGTGGATCAAGCCAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTGAGCAG         GTGATAATTCAGGATGATGGCCCTGAAAAATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 133587 TGTGAGCAGGTA...CAGGTGATAATTCAGGATGATGGCCCTGAAAAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGACCCCAGATATTTTGGAGAGTTGCTTGCTGATCTGAGCCGTAAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148408 GGACCCCAGATATTTTGGAGAGTTGCTTGCTGATCTGAGCCGTAAGAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGGATCTATATCACTGCTTATTAGAACATTTGCAGAGAATTGGAGGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 148458 CGGATCTATATCACTGCTTATTAGAACATTTGCAGAGAATTGGAGGAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855         CAAACAGGACTTTGAGTCTACAGATGAG         TCGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 148508 TA...CAGCAAACAGGACTTTGAGTCTACAGATGAGGTA...CAGTCGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGACATTGAATCATTGATTCCTAAAGGATTATCAGAGTTTACAAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164954 AGACATTGAATCATTGATTCCTAAAGGATTATCAGAGTTTACAAAACAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAATACGCTACATTCTGCAG         ATGAGGGGTATGTCTGATAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 165004 AAATACGCTACATTCTGCAGGTG...CAGATGAGGGGTATGTCTGATAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCACTCCGACTAGTGCTGTCCACATTTAGCAACATACGGGAGGAGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171260 TCACTCCGACTAGTGCTGTCCACATTTAGCAACATACGGGAGGAGCTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACATCTTCAAAATGATTTGACA         TCACTGGAAAATGACAAGA
        |||||||||||||||| |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 171310 ACATCTTCAAAATGATATGACAGTA...TAGTCACTGGAAAATGACAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGAGACTTGAGAAAGATTTATCATTCAAAGACACTCAATTAAAAGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172198 TGAGACTTGAGAAAGATTTATCATTCAAAGACACTCAATTAAAAGAGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAGAACTCTTGGCATCAGTGAGAGCAAATAATCACCAGCAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 172248 GAAGAACTCTTGGCATCAGTGAGAGCAAATAATCACCAGCAGCAGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165     CAAGGACTTCAAGACTCAAGTTCAAAATGCCAGGCATTGGAAGAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172298 .CAGCAAGGACTTCAAGACTCAAGTTCAAAATGCCAGGCATTGGAAGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACAATCTCTCTCTTCGACATACACTATCAGACATGGAATACAGACTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173168 ACAATCTCTCTCTTCGACATACACTATCAGACATGGAATACAGACTAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAACTGGAATATTGTAAACGTAATTTAGAGCAAGAGAATCAAAACCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173218 GAACTGGAATATTGTAAACGTAATTTAGAGCAAGAGAATCAAAACCTTAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AATGCAG         GTTTCTGAGACTTGCACAGGCCCAATGTTGCAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173268 AATGCAGGTA...TAGGTTTCTGAGACTTGCACAGGCCCAATGTTGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTAAAATGGATGAGATTGGCAACCACTACACGGAGATGGTAAAAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173579 CTAAAATGGATGAGATTGGCAACCACTACACGGAGATGGTAAAAAACTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AGAATGGAGAAAGATAGAGAGATCTGCAGACTGAGG         TCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 173629 AGAATGGAGAAAGATAGAGAGATCTGCAGACTGAGGGTA...TAGTCCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ATTAAACCAGTACCATAAAGATGTTTCAAAGAGAGAAGGAAGTTGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174989 ATTAAACCAGTACCATAAAGATGTTTCAAAGAGAGAAGGAAGTTGTAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACTTCCAATTTAAGCTTCATGAACTGACAAGCTTGCTGGAAGAGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175039 ACTTCCAATTTAAGCTTCATGAACTGACAAGCTTGCTGGAAGAGAAGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TCCCTCATAAAGCGTCAGTCAGAG         GAACTCTCCAAGTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 175089 TCCCTCATAAAGCGTCAGTCAGAGGTA...AAGGAACTCTCCAAGTTGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCAAGAAATATATTCCTCTCATAACCAACCCTCCACTGGTGGAAGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175984 GCAAGAAATATATTCCTCTCATAACCAACCCTCCACTGGTGGAAGGACTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CTATTACCACTAAAAA         GTACAGGACACAATATCCAATCCTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 176034 CTATTACCACTAAAAAGTA...CAGGTACAGGACACAATATCCAATCCTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GGCCTCCTATATGATGACTACGAATATATACCACCAGGTAGTGAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197163 GGCCTCCTATATGATGACTACGAATATATACCACCAGGTAGTGAAACACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GACTATTGTGATTGAGAAAACAGAAGACAAATACACTTGTGTAAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197213 GACTATTGTGATTGAGAAAACAGAAGACAAATACACTTGTGTAAGTTCAC

   1900     .    :
   1775 TTGGGCATTTT
        |||||||||||
 197263 TTGGGCATTTT