seq1 = pF1KE6422.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KE6422/gi568815592r_44180184.tfa (gi568815592r:44180184_44387825), 207642 bp

>pF1KE6422 1503
>gi568815592r:44180184_44387825 (Chr6)

(complement)

1-277  (100001-100277)   99% ->
278-846  (101294-101862)   99% ->
847-1296  (105267-105716)   99% ->
1297-1503  (107436-107642)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGATACCGTAACGACATCAGCATTGTTGGACCCCAGCCACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGATACCGTAACGACATCAGCATTGTTGGACCCCAGCCACTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCTCCACCCAGGACAATTCCTCCACTGGAGGACACACTTCAAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCTCCACCCAGGACAATTCCTCCACTGGAGGACACACTTCAAGCACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTACAGCTCTCAAAGCCTTCAATCACACCAGTCCCTGCAAAGTCCAGG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCACAGCTCTCAAAGCCTTCAATCACACCAGTCCCTGCAAAGTCCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCCACGTCCCAGGGCCAATATCCGTCGGATGCGCCGGATCATTGCTGA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCCACATCCCAGGGCCAATATCCGTCGGATGCGCCGGATCATTGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATCCTGAGTGGTCACTGGCCATCGTGCCCCTCCTCACAGAGCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGATCCTGAGTGGTCACTGGCCATCGTGCCCCTCCTCACAGAGCTCTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCAGCACATTATCAGGAACTTCCAGA         AAAACCCTATCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100251 TTCAGCACATTATCAGGAACTTCCAGAGTG...AAGAAAACCCTATCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCAGATGCTCCCGGAACACCAGCAGAAGGTCCTGAACCACCTGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101308 AAGCAGATGCTCCCGGAACACCAGCAGAAGGTCCTGAACCACCTGTCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGACCTACCACTGGCTGTGACCGCCAACCTGATAGACAGTGAGAACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101358 TGACCTACCACTGGCTGTGACCGCCAACCTGATAGACAGTGAGAACTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGCTCCGCTGCTGCATGCATCGCTGGCCCGTGTGCCACGTGGCCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101408 GGCTCCGCTGCTGCATGCATCGCTGGCCCGTGTGCCACGTGGCCCACCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCGGCAGCTGGAAACGCATGTTCTTCGAGCGGCACCTGGAGAACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101458 GGCGGCAGCTGGAAACGCATGTTCTTCGAGCGGCACCTGGAGAACCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAAGCACTTTATCCCAGGCACCACAGACCCTGCGGTGATCCTCGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101508 AAAGCACTTTATCCCAGGCACCACAGACCCTGCGGTGATCCTCGACCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCCGCTCTGCCGGAATTACGTGCGCAGGGTCCACGTCGATCAGTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101558 TGCCGCTCTGCCGGAATTACGTGCGCAGGGTCCACGTCGATCAGTTCCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCGCCGGTGCAGCTCCCGGCCCAGCTCCGGCCGGGCGACCAGTCCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 CCGCCGGTGCAGCTCCCGGCCCAGCTCCGGCCGGGCGACCAGTCCGACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGGCAGCGAGGGAGAGATGGAGGAGCCCACCGTTGACCACTACCAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101658 AGGCAGCGAGGGAGAGATGGAGGAGCCCACCGTTGACCACTACCAACTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCGATCTGGTAGCTGGCCTGAGCCACCTGGAGGAGCTGGACCTGGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101708 GCGATCTGGTAGCTGGCCTGAGCCACCTGGAGGAGCTGGACCTGGTGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GATGTCAAGGACTGCGGCATGAATTTCGAGTGGAATCTCTTCCTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101758 GATGTCAAGGACTGCGGCATGAATTTCGAGTGGAATCTCTTCCTCTTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTACCGCGACTGCCTCTCCTTGGCAGCCGCCATCAAGGCATGCCACACCC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101808 CTACCGTGACTGCCTCTCCTTGGCAGCCGCCATCAAGGCATGCCACACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCAAG         ATCTTCAAGCTGACCCGAAGCAAGGTGGATGATGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101858 TCAAGGTA...CAGATCTTCAAGCTGACCCGAAGCAAGGTGGATGATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAGGCACGCATCATAATTCGAAGCCTTCTGGACCACCCAGTCCTCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 AAGGCACGCATCATAATTCGAAGCCTTCTGGACCACCCAGTCCTCGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCTGGACTTGTCACAAAACCTCATTGGAGACCGTGGTGCACGAGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 105353 GCTGGACTTGTCACAAAACCTCATTGGAGACCGTGGTGCACGAGGTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCAAGCTGCTGAGCCACAGCCGCCTGCGTGTGCTCAACCTGGCTAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105403 CCAAGCTGCTGAGCCACAGCCGCCTGCGTGTGCTCAACCTGGCTAACAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CAGGTGCGTGCACCCGGTGCCCAGTCCCTGGCTCACGCTCTGGCACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105453 CAGGTGCGTGCACCCGGTGCCCAGTCCCTGGCTCACGCTCTGGCACACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CACCAACCTCATTTCCCTCAACCTACGTCTCAACTGCATCGAGGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105503 CACCAACCTCATTTCCCTCAACCTACGTCTCAACTGCATCGAGGATGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGGCCAGGCTCTTGCCCATGCCTTGCAGACCAACAAGTGCCTCACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105553 GTGGCCAGGCTCTTGCCCATGCCTTGCAGACCAACAAGTGCCTCACCACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CTGCACCTCGGTGGCAATGAGCTGTCTGAGCCCACCGCCACACTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105603 CTGCACCTCGGTGGCAATGAGCTGTCTGAGCCCACCGCCACACTCCTGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 ACAGGTGCTCGCCATCAACACCACACTCACCAGCATCAACCTGTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105653 ACAGGTGCTCGCCATCAACACCACACTCACCAGCATCAACCTGTCCTGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACCACATCGGGCTG         GACGGTGGGAAGCAGCTCCTGGAAGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105703 ACCACATCGGGCTGGTG...CAGGACGGTGGGAAGCAGCTCCTGGAAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 ATGTCAGACAACAAGACCCTCCTGGAATTTGACTTGCGCCTGTCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107463 ATGTCAGACAACAAGACCCTCCTGGAATTTGACTTGCGCCTGTCAGATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GGCCCAGGAAAGCGAGTACCTCATTGGCCAGGCCCTCTACGCAAACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107513 GGCCCAGGAAAGCGAGTACCTCATTGGCCAGGCCCTCTACGCAAACCGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AAGCAGCCCGCCAGCGGGCCCTGAATCCCAGCCACTTCATGTCAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 107563 AAGCAGCCCGCCAGCGGGCCCTGAATCCCAGCCACTTCATGTCAACCATA

   1500     .    :    .    :    .    :
   1474 ACTGCCAATGGCCCTGAGAACTCTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 ACTGCCAATGGCCCTGAGAACTCTGTGGGA