seq1 = pF1KE6420.tfa, 1521 bp
seq2 = pF1KE6420/gi568815589r_133372024.tfa (gi568815589r:133372024_133579059), 207036 bp

>pF1KE6420 1521
>gi568815589r:133372024_133579059 (Chr9)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-255  (100644-100806)   100% ->
256-462  (101819-102025)   100% ->
463-562  (102724-102823)   100% ->
563-774  (103449-103660)   100% ->
775-927  (103947-104099)   99% ->
928-1036  (104972-105080)   100% ->
1037-1222  (105460-105645)   100% ->
1223-1368  (105810-105955)   100% ->
1369-1521  (106884-107036)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGAGCCGCTGCTGGGAGCCGAGGGCCCGGACTACGACACCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGAGCCGCTGCTGGGAGCCGAGGGCCCGGACTACGACACCTTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAAGCCGCCCCCGTCGCCAGGGGACAGGGCGCGGGTCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CGAGAAGCCGCCCCCGTCGCCAGGGGACAGGGCGCGGGTCGGGTG...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GACCCTGCAGAACAAAAGGGTGTTCCTGGCCACCTTCGCCGCAGTGCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100643 GGACCCTGCAGAACAAAAGGGTGTTCCTGGCCACCTTCGCCGCAGTGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCAATTTCAGCTTTGGGTATGCCCTGGTCTACACATCCCCTGTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100693 GGCAATTTCAGCTTTGGGTATGCCCTGGTCTACACATCCCCTGTCATCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCCTGGAGCGCTCCTTGGATCCTGACCTGCATCTGACCAAATCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100743 AGCCCTGGAGCGCTCCTTGGATCCTGACCTGCATCTGACCAAATCCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATCCTGGTTTGGG         TCCGTGTTCACCCTGGGAGCAGCGGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100793 CATCCTGGTTTGGGGTA...CAGTCCGTGTTCACCCTGGGAGCAGCGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAGGCCTGAGTGCCATGATCCTCAACGACCTCCTGGGCCGGAAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101846 GGAGGCCTGAGTGCCATGATCCTCAACGACCTCCTGGGCCGGAAGCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCATGTTCTCAGCTGTGCCGTCGGCGGCCGGCTATGCGCTCATGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101896 CATCATGTTCTCAGCTGTGCCGTCGGCGGCCGGCTATGCGCTCATGGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGCGCACGGCCTCTGGATGCTGCTGCTCGGAAGGACGCTGACGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101946 GTGCGCACGGCCTCTGGATGCTGCTGCTCGGAAGGACGCTGACGGGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCGGGGGGCTCACAGCTGCCTGCATCCCG         GTGTACGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101996 GCCGGGGGGCTCACAGCTGCCTGCATCCCGGTA...CAGGTGTACGTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGATTGCTCCCCCAGGCGTTCGTGGGGCTCTGGGGGCCACACCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102735 TGAGATTGCTCCCCCAGGCGTTCGTGGGGCTCTGGGGGCCACACCCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATGGCAGTGTTCGGATCCCTGTCCCTCTACGCCCTTG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102785 TCATGGCAGTGTTCGGATCCCTGTCCCTCTACGCCCTTGGCA...CAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCCTGCTGCCGTGGCGCTGGCTGGCTGTGGCCGGGGAGGCGCCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103451 CTCCTGCTGCCGTGGCGCTGGCTGGCTGTGGCCGGGGAGGCGCCTGTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATCATGATCCTGCTGCTCAGCTTCATGCCCAACTCGCCGCGCTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103501 CATCATGATCCTGCTGCTCAGCTTCATGCCCAACTCGCCGCGCTTCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTCTCGGGGCAGGGACGAAGAGGCCCTGCGGGCGCTGGCCTGGCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103551 TCTCTCGGGGCAGGGACGAAGAGGCCCTGCGGGCGCTGGCCTGGCTGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGACGGACGTCGATGTCCACTGGGAGTTCGAGCAGATCCAGGACAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103601 GGGACGGACGTCGATGTCCACTGGGAGTTCGAGCAGATCCAGGACAACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCGGAGACAG         AGCAGCCGAGTATCGTGGGCTGAGGCACGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103651 CCGGAGACAGGTG...CAGAGCAGCCGAGTATCGTGGGCTGAGGCACGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCCCCACGTGTGCCGGCCCATCACCGTGGCCTTGCTGATGCGCCTCCTG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103978 CCCCACACGTGTGCCGGCCCATCACCGTGGCCTTGCTGATGCGCCTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGCAGCTGACGGGCATCACGCCCATCCTGGTCTACCTGCAGTCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104028 CAGCAGCTGACGGGCATCACGCCCATCCTGGTCTACCTGCAGTCCATCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGACAGCACCGCTGTCCTGCTG         CCCCCCAAGGACGACGCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104078 CGACAGCACCGCTGTCCTGCTGGTG...TAGCCCCCCAAGGACGACGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCATCGTTGGGGCCGTGCGGCTCCTGTCCGTGCTGATCGCCGCCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104991 CCATCGTTGGGGCCGTGCGGCTCCTGTCCGTGCTGATCGCCGCCCTCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATGGACCTCGCAGGCCGCAAGGTGCTGCTCTTCGTCTCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105041 ATGGACCTCGCAGGCCGCAAGGTGCTGCTCTTCGTCTCAGGTA...CAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCCATCATGTTTGCTGCCAACCTGACTCTGGGGCTGTACATCCACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105461 GGCCATCATGTTTGCTGCCAACCTGACTCTGGGGCTGTACATCCACTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCCCCAGGCCTCTGAGCCCCAACAGCACTGCGGGCCTGGAAAGCGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105511 GCCCCAGGCCTCTGAGCCCCAACAGCACTGCGGGCCTGGAAAGCGAGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGGGGGGACTTGGCGCAGCCCCTGGCAGCACCCGCTGGCTACCTCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105561 TGGGGGGACTTGGCGCAGCCCCTGGCAGCACCCGCTGGCTACCTCACCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGTGCCCCTGCTGGCCACCATGCTCTTCATCATGG         GCTACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105611 GGTGCCCCTGCTGGCCACCATGCTCTTCATCATGGGTA...CAGGCTACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCGTGGGCTGGGGTCCCATCACCTGGCTGCTCATGTCTGAGGTCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105816 CCGTGGGCTGGGGTCCCATCACCTGGCTGCTCATGTCTGAGGTCCTGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGCGTGCCCGTGGCGTGGCCTCAGGGCTCTGCGTGCTGGCCAGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105866 CTGCGTGCCCGTGGCGTGGCCTCAGGGCTCTGCGTGCTGGCCAGCTGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CACCGCCTTCGTCCTCACCAAGTCCTTCCTGCCAGTGGTG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105916 CACCGCCTTCGTCCTCACCAAGTCCTTCCTGCCAGTGGTGGTG...CAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCACCTTCGGCCTCCAGGTGCCTTTCTTCTTCTTCGCGGCCATCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106885 GCACCTTCGGCCTCCAGGTGCCTTTCTTCTTCTTCGCGGCCATCTGCTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTGAGCCTGGTGTTCACAGGCTGCTGTGTGCCCGAGACCAAGGGACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106935 GTGAGCCTGGTGTTCACAGGCTGCTGTGTGCCCGAGACCAAGGGACGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTGGAGCAGATCGAGTCCTTCTTCCGCACGGGGAGAAGGTCCTTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106985 CCTGGAGCAGATCGAGTCCTTCTTCCGCACGGGGAGAAGGTCCTTCTTGC

   1600 
   1520 GC
        ||
 107035 GC