seq1 = pF1KE6412.tfa, 1806 bp
seq2 = pF1KE6412/gi568815586r_120951.tfa (gi568815586r:120951_360052), 239102 bp

>pF1KE6412 1806
>gi568815586r:120951_360052 (Chr12)

(complement)

1-202  (100001-100202)   100% ->
203-337  (116240-116374)   100% ->
338-478  (117299-117439)   100% ->
479-563  (122043-122127)   100% ->
564-696  (122763-122895)   100% ->
697-831  (124829-124963)   100% ->
832-935  (132385-132488)   100% ->
936-1060  (133539-133663)   100% ->
1061-1173  (135540-135652)   100% ->
1174-1311  (135924-136061)   100% ->
1312-1414  (136819-136921)   100% ->
1415-1515  (137421-137521)   100% ->
1516-1686  (138507-138677)   100% ->
1687-1806  (138983-139102)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAGCAGGGTCTCAGGCACAACCAGTAATGGAGAGACAAAACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAGCAGGGTCTCAGGCACAACCAGTAATGGAGAGACAAAACCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTATCCAGTCATGGAAAAGAAGGAGGAAGATGGCACCCTGGAGCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTATCCAGTCATGGAAAAGAAGGAGGAAGATGGCACCCTGGAGCGGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTGGAACAACAAGATGGAGTTTGTGCTGTCAGTGGCTGGGGAGATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTGGAACAACAAGATGGAGTTTGTGCTGTCAGTGGCTGGGGAGATCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTTAGGCAACGTCTGGAGGTTTCCCTATCTCTGCTACAAAAATGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTTAGGCAACGTCTGGAGGTTTCCCTATCTCTGCTACAAAAATGGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AG         GTGCCTTCTTCATCCCCTACCTCGTCTTCCTCTTTACCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTG...CAGGTGCCTTCTTCATCCCCTACCTCGTCTTCCTCTTTACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGGCATTCCTGTCTTCCTTCTGGAGACAGCACTAGGCCAGTACACTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116279 GTGGCATTCCTGTCTTCCTTCTGGAGACAGCACTAGGCCAGTACACTAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGGAGGCGTCACAGCCTGGAGGAAGATCTGCCCCATCTTTGAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116329 CAGGGAGGCGTCACAGCCTGGAGGAAGATCTGCCCCATCTTTGAGGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      GCATTGGCTATGCCTCCCAGATGATCGTCATCCTCCTCAACGTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116379 ..CAGGCATTGGCTATGCCTCCCAGATGATCGTCATCCTCCTCAACGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTACATCATTGTGTTGGCCTGGGCCCTGTTCTACCTCTTCAGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117344 ACTACATCATTGTGTTGGCCTGGGCCCTGTTCTACCTCTTCAGCAGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCATCGACCTGCCCTGGGGCGGCTGCTACCATGAGTGGAACACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117394 ACCATCGACCTGCCCTGGGGCGGCTGCTACCATGAGTGGAACACAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479      AACACTGTATGGAGTTCCAGAAGACCAACGGCTCCCTGAATGGTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117444 ..TAGAACACTGTATGGAGTTCCAGAAGACCAACGGCTCCCTGAATGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTCTGAGAATGCCACCTCTCCTGTCATCGAGTTCTGGGA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122088 CCTCTGAGAATGCCACCTCTCCTGTCATCGAGTTCTGGGAGTA...CAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGCGGGTCTTGAAGATCTCTGATGGGATCCAGCACCTGGGGGCCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122764 CGGCGGGTCTTGAAGATCTCTGATGGGATCCAGCACCTGGGGGCCCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGGGAGCTGGCTCTGTGCCTCCTGCTGGCCTGGGTCATCTGCTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122814 CTGGGAGCTGGCTCTGTGCCTCCTGCTGGCCTGGGTCATCTGCTACTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCATCTGGAAGGGGGTGAAGTCCACAGGCAAG         GTGGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122864 GCATCTGGAAGGGGGTGAAGTCCACAGGCAAGGTT...CAGGTGGTGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCACGGCCACATTTCCTTACCTCATGCTGGTGGTCCTGTTAATTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124838 TTCACGGCCACATTTCCTTACCTCATGCTGGTGGTCCTGTTAATTCGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTGACGTTGCCTGGGGCAGCCCAAGGAATTCAGTTTTACCTGTACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124888 GGTGACGTTGCCTGGGGCAGCCCAAGGAATTCAGTTTTACCTGTACCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCTCACGCGTCTGTGGGATCCCCAG         GTGTGGATGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124938 ACCTCACGCGTCTGTGGGATCCCCAGGTA...TAGGTGTGGATGGATGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCACCCAGATATTCTTCTCCTTCGCCATCTGTCTTGGGTGCCTGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132400 GGCACCCAGATATTCTTCTCCTTCGCCATCTGTCTTGGGTGCCTGACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGGGCAGCTACAACAAGTACCACAACAACTGCTACAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 132450 CCTGGGCAGCTACAACAAGTACCACAACAACTGCTACAGGTG...CAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACTGCATCGCCCTCTGCTTCCTCAACAGCGGCACCAGCTTTGTGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133541 ACTGCATCGCCCTCTGCTTCCTCAACAGCGGCACCAGCTTTGTGGCCGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTGCCATCTTCTCCATCCTGGGCTTCATGTCTCAGGAGCAGGGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133591 TTTGCCATCTTCTCCATCCTGGGCTTCATGTCTCAGGAGCAGGGGGTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATTTCTGAGGTGGCCGAGTCAG         GCCCTGGCCTGGCTTTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133641 CATTTCTGAGGTGGCCGAGTCAGGTG...TAGGCCCTGGCCTGGCTTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCGCTTACCCGCGGGCTGTGGTGATGCTGCCCTTCTCTCCTCTCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135558 TCGCTTACCCGCGGGCTGTGGTGATGCTGCCCTTCTCTCCTCTCTGGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGCTGTTTCTTCTTCATGGTCGTTCTCCTGGGACTGGATAGCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135608 TGCTGTTTCTTCTTCATGGTCGTTCTCCTGGGACTGGATAGCCAGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174     TTTGTGTGTGTAGAAAGCCTGGTGACAGCGCTGGTGGACATGTACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135658 .CAGTTTGTGTGTGTAGAAAGCCTGGTGACAGCGCTGGTGGACATGTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTCACGTGTTCCGCAAGAAGAACCGGAGGGAAGTCCTCATCCTTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135970 CTCACGTGTTCCGCAAGAAGAACCGGAGGGAAGTCCTCATCCTTGGAGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTGTCGTCTCCTTCCTTGTGGGGCTGATCATGCTCACAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 136020 TCTGTCGTCTCCTTCCTTGTGGGGCTGATCATGCTCACAGAGGTG...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312  GGCGGAATGTACGTGTTCCAGCTCTTTGACTACTATGCGGCCAGTGGCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136818 GGGCGGAATGTACGTGTTCCAGCTCTTTGACTACTATGCGGCCAGTGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGTGCCTCCTGTTCGTGGCCATCTTCGAGTCCCTCTGTGTGGCTTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136868 TGTGCCTCCTGTTCGTGGCCATCTTCGAGTCCCTCTGTGTGGCTTGGGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TACG         GAGCCAAGCGCTTCTACGACAACATCGAAGACATGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136918 TACGGTG...TAGGAGCCAAGCGCTTCTACGACAACATCGAAGACATGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGGGTACAGGCCATGGCCTCTTATCAAATACTGTTGGCTCTTCCTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137458 TGGGTACAGGCCATGGCCTCTTATCAAATACTGTTGGCTCTTCCTCACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAGCTGTGTGCACA         GCCACCTTTCTCTTCTCCCTGATAAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 137508 CAGCTGTGTGCACAGTA...CAGGCCACCTTTCTCTTCTCCCTGATAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TACACTCCGCTGACCTACAACAAGAAGTACACGTACCCGTGGTGGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138534 TACACTCCGCTGACCTACAACAAGAAGTACACGTACCCGTGGTGGGGCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGCCCTGGGCTGGCTCCTGGCTCTGTCCTCCATGGTCTGCATTCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138584 TGCCCTGGGCTGGCTCCTGGCTCTGTCCTCCATGGTCTGCATTCCTGCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GGAGCCTCTACAGACTCGGAACCCTCAAGGGCCCCTTCAGAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 138634 GGAGCCTCTACAGACTCGGAACCCTCAAGGGCCCCTTCAGAGAGGTA...

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1687    AGAATCCGTCAGCTCATGTGCCCAGCCGAGGACTTGCCCCAGCGGAA
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 138980 CAGAGAATCCGTCAGCTCATGTGCCCAGCCGAGGACCTGCCCCAGCGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCCAGCAGGACCCTCGGCTCCCGCCACCCCCAGGACCTCACTGCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139030 CCCAGCAGGACCCTCGGCTCCCGCCACCCCCAGGACCTCACTGCTCAGAC

   1900     .    :    .    :
   1784 TCACAGAGCTAGAGTCTCACTGC
        |||||||||||||||||||||||
 139080 TCACAGAGCTAGAGTCTCACTGC