seq1 = pF1KE6410.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KE6410/gi568815584f_73850333.tfa (gi568815584f:73850333_74061904), 211572 bp

>pF1KE6410 1404
>gi568815584f:73850333_74061904 (Chr14)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-298  (103103-103237)   100% ->
299-357  (105119-105177)   100% ->
358-481  (105473-105596)   100% ->
482-612  (107815-107945)   100% ->
613-720  (108639-108746)   100% ->
721-783  (108830-108892)   100% ->
784-891  (109083-109190)   100% ->
892-1094  (110841-111043)   100% ->
1095-1210  (111123-111238)   100% ->
1211-1377  (111405-111571)   100% ->
1378-1404  (112638-112664)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCCGGCTTGTCAGCCGATGCGGGGCTGTGCGTGCAGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCCGGCTTGTCAGCCGATGCGGGGCTGTGCGTGCAGCTCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGGCCCGCTGGTGTCCTGGCGCAGGTGGTCCGGCGCCTCAACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCGGCCCGCTGGTGTCCTGGCGCAGGTGGTCCGGCGCCTCAACAGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGTATGACGTGGTGGTGTCGGGTGGAGGCCTGGTGGGCGCTGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTGTATGACGTGGTGGTGTCGGGTGGAGGCCTGGTGGGCGCTGCCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTGTGCCTTGG         GATATGATATTCACTTTCATGACAAGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTGTGCCTTGGGTA...AAGGATATGATATTCACTTTCATGACAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCCTGTTGCTCGAAGCAGGTCCAAAGAAAGTACTGGAGAAATTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 AATCCTGTTGCTCGAAGCAGGTCCAAAGAAAGTACTGGAGAAATTGTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAACTTACAGCAACAGGGTCAGCTCCATTTCCCCTGGCTCTGCAACGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103181 AAACTTACAGCAACAGGGTCAGCTCCATTTCCCCTGGCTCTGCAACGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCAGTA         GTTTTGGTGCCTGGGACCATATCTGCAACATGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103231 CTCAGTAGTG...TAGGTTTTGGTGCCTGGGACCATATCTGCAACATGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATACAGAGCCTTTCGGCGAATGCAG         GTGTGGGACGCCTGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105153 ATACAGAGCCTTTCGGCGAATGCAGGTG...CAGGTGTGGGACGCCTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGAGGCCCTGATAATGTTTGATAAGGATAATTTAGATGACATGGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105489 CAGAGGCCCTGATAATGTTTGATAAGGATAATTTAGATGACATGGGCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCGTGGAGAATGATGTCATCATGCATGCTCTCACTAAGCAGTTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105539 ATCGTGGAGAATGATGTCATCATGCATGCTCTCACTAAGCAGTTGGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTGTCTG         ACCGAGTGACGGTTCTCTACAGGAGCAAAGCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105589 TGTGTCTGGTG...CAGACCGAGTGACGGTTCTCTACAGGAGCAAAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTCGCTATACCTGGCCTTGTCCATTTCCTATGGCCGACTCCAGCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107848 TTCGCTATACCTGGCCTTGTCCATTTCCTATGGCCGACTCCAGCCCTTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTCATATTACCCTAGGTGATGGCAGCACCTTCCAGACCAAATTGTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107898 GTTCATATTACCCTAGGTGATGGCAGCACCTTCCAGACCAAATTGTTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613        ATAGGTGCAGATGGTCACAACTCCGGAGTACGGCAGGCTGTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107948 A...CAGATAGGTGCAGATGGTCACAACTCCGGAGTACGGCAGGCTGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAATCCAGAATGTGAGCTGGAACTATGACCAGTCTGCTGTTGTGGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108682 GAATCCAGAATGTGAGCTGGAACTATGACCAGTCTGCTGTTGTGGCTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCATTTATCAGAG         GCCACAGAAAACAACGTAGCCTGGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108732 CTGCATTTATCAGAGGTA...CAGGCCACAGAAAACAACGTAGCCTGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAGATTTCTTCCCTCTGGGCCTATTGCTCTGCTCCCG         CTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108856 GAGATTTCTTCCCTCTGGGCCTATTGCTCTGCTCCCGGTA...CAGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGACACCTTGAGTTCCTTGGTTTGGTCCACGTCCCATGAACATGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109087 CAGACACCTTGAGTTCCTTGGTTTGGTCCACGTCCCATGAACATGCAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGCTAGTTAGCATGGATGAGGAAAAATTTGTGGATGCCGTTAACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109137 GAGCTAGTTAGCATGGATGAGGAAAAATTTGTGGATGCCGTTAACTCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTT         TGGAGTGATGCTGACCACACGGACTTCATCGACACAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109187 CTTTGTG...CAGTGGAGTGATGCTGACCACACGGACTTCATCGACACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGGTGCCATGCTGCAGTATGCTGTCAGCCTTCTGAAGCCCACTAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110878 CTGGTGCCATGCTGCAGTATGCTGTCAGCCTTCTGAAGCCCACTAAGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCGGCTCGCCAGCTGCCCCCAAGCGTAGCCAGGGTGGATGCCAAAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110928 TCGGCTCGCCAGCTGCCCCCAAGCGTAGCCAGGGTGGATGCCAAAAGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGTTCTGTTTCCTCTTGGGTTGGGACATGCTGCTGAGTACGTCAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110978 AGTTCTGTTTCCTCTTGGGTTGGGACATGCTGCTGAGTACGTCAGGCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGGTGGCGCTCATTGG         GGATGCAGCCCACAGAGTCCATCCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111028 GGGTGGCGCTCATTGGGTA...TAGGGATGCAGCCCACAGAGTCCATCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTTGCAGGACAGGGTGTCAACATGGGCTTTGGGGATATCTCCAGCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111148 CTTGCAGGACAGGGTGTCAACATGGGCTTTGGGGATATCTCCAGCTTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCATCACCTCAGTACGGCAGCCTTCAATGGGAAGGACTTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111198 CCATCACCTCAGTACGGCAGCCTTCAATGGGAAGGACTTAGGTA...CAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTTCCGTGAGCCACCTCACAGGTTATGAAACAGAAAGACAGCGTCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111405 GTTCCGTGAGCCACCTCACAGGTTATGAAACAGAAAGACAGCGTCACAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACTGCTCTTCTGGCTGCTACAGACTTACTAAAAAGGCTCTATTCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111455 ACTGCTCTTCTGGCTGCTACAGACTTACTAAAAAGGCTCTATTCTACCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGCCTCCCCGCTTGTGTTGCTCAGGACGTGGGGCTTGCAGGCCACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111505 TGCCTCCCCGCTTGTGTTGCTCAGGACGTGGGGCTTGCAGGCCACAAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAGTGTCTCCACTCAAA         GAACAGATTATGGCCTTTGCAAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111555 CAGTGTCTCCACTCAAAGTA...CAGGAACAGATTATGGCCTTTGCAAGC

   1500 
   1402 AAA
        |||
 112662 AAA