seq1 = pF1KE6409.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KE6409/gi568815597f_171085714.tfa (gi568815597f:171085714_171308950), 223237 bp

>pF1KE6409 1413
>gi568815597f:171085714_171308950 (Chr1)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-321  (107622-107810)   100% ->
322-484  (110936-111098)   100% ->
485-627  (113633-113775)   100% ->
628-827  (118152-118351)   100% ->
828-1183  (119566-119921)   100% ->
1184-1256  (122005-122077)   100% ->
1257-1413  (123081-123237)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAAGAAGGTAGCTGTGATTGGAGCTGGGGTCAGTGGCCTAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAAGAAGGTAGCTGTGATTGGAGCTGGGGTCAGTGGCCTAATTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGAAGTGCTGTGTGGATGAGGGACTTGAGCCCACTTGCTTTGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGAAGTGCTGTGTGGATGAGGGACTTGAGCCCACTTGCTTTGAGAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAAGATATTGGAGGAGTGTGGAGGTTCAAA         GAGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 CTGAAGATATTGGAGGAGTGTGGAGGTTCAAAGTA...CAGGAGAATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGATGGCCGAGCAAGTATCTATCAATCTGTCGTTACCAACACCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107631 GAAGATGGCCGAGCAAGTATCTATCAATCTGTCGTTACCAACACCAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAATGTCCTGTTTCAGTGACTTTCCAATGCCTGAAGATTTTCCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107681 AGAAATGTCCTGTTTCAGTGACTTTCCAATGCCTGAAGATTTTCCAAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTGCATAATTCTAAACTTCTGGAATATTTCAGGATTTTTGCTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107731 TCCTGCATAATTCTAAACTTCTGGAATATTTCAGGATTTTTGCTAAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGATCTGCTAAAATATATTCAGTTCCAG         ACAACTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107781 TTTGATCTGCTAAAATATATTCAGTTCCAGGTA...AAGACAACTGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGTGTGAGAAAATGTCCAGATTTCTCATCCTCTGGCCAATGGAAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110947 TAGTGTGAGAAAATGTCCAGATTTCTCATCCTCTGGCCAATGGAAGGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCACTCAGAGCAACGGCAAGGAGCAGAGTGCTGTCTTTGACGCAGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110997 TCACTCAGAGCAACGGCAAGGAGCAGAGTGCTGTCTTTGACGCAGTTATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTTGCAGTGGCCACCACATTCTACCTCATATCCCACTGAAGTCATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111047 GTTTGCAGTGGCCACCACATTCTACCTCATATCCCACTGAAGTCATTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AG         GTATGGAGAGGTTCAAAGGCCAATATTTCCATAGCCGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111097 AGGTG...AAGGTATGGAGAGGTTCAAAGGCCAATATTTCCATAGCCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATACAAGCATCCAGATGGATTTGAGGGAAAACGCATCCTGGTGATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113672 AATACAAGCATCCAGATGGATTTGAGGGAAAACGCATCCTGGTGATTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGGGAAACTCAGGCTCAGATATTGCTGTTGAGCTGAGTAAGAATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113722 ATGGGAAACTCAGGCTCAGATATTGCTGTTGAGCTGAGTAAGAATGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAG         GTTTTTATCAGCACCAGGCATGGCACCTGGGTCATGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113772 TCAGGTG...CAGGTTTTTATCAGCACCAGGCATGGCACCTGGGTCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCGTATCTCTGAAGATGGCTATCCTTGGGACTCAGTGTTCCACACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118189 GCCGTATCTCTGAAGATGGCTATCCTTGGGACTCAGTGTTCCACACCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTCGTTCTATGCTCCGCAATGTACTGCCACGAACAGCTGTAAAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118239 TTTCGTTCTATGCTCCGCAATGTACTGCCACGAACAGCTGTAAAATGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATAGAACAACAGATGAATCGGTGGTTCAACCATGAAAATTATGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118289 GATAGAACAACAGATGAATCGGTGGTTCAACCATGAAAATTATGGCCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCCTCAAAACAA         ATACATTATGAAGGAACCTGTACTAAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118339 AGCCTCAAAACAAGTA...CAGATACATTATGAAGGAACCTGTACTAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGATGTCCCAAGTCGTCTACTCTGTGGAGCCATCAAGGTGAAATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119594 GATGATGTCCCAAGTCGTCTACTCTGTGGAGCCATCAAGGTGAAATCTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGTGAAAGAGCTCACAGAAACTTCTGCCATCTTTGAGGATGGAACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119644 AGTGAAAGAGCTCACAGAAACTTCTGCCATCTTTGAGGATGGAACAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGAGAACATTGATGTCATCATTTTTGCAACAGGATATAGTTTCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119694 AGGAGAACATTGATGTCATCATTTTTGCAACAGGATATAGTTTCTCTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCTTCCTTGAAGATTCACTCGTTAAAGTAGAGAATAATATGGTCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119744 CCCTTCCTTGAAGATTCACTCGTTAAAGTAGAGAATAATATGGTCTCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTATAAATACATATTCCCCGCTCACCTGGACAAGTCAACCCTCGCGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119794 GTATAAATACATATTCCCCGCTCACCTGGACAAGTCAACCCTCGCGTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGGTCTCATCCAGCCCCTAGGTTCCATTTTCCCAACTGCTGAACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119844 TTGGTCTCATCCAGCCCCTAGGTTCCATTTTCCCAACTGCTGAACTTCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCTCGTTGGGTGACAAGAGTTTTCAAAG         GCTTGTGTAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119894 GCTCGTTGGGTGACAAGAGTTTTCAAAGGTA...TAGGCTTGTGTAGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCCCTCAGAGAGAACTATGATGATGGACATTATCAAAAGGAATGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122018 GCCCTCAGAGAGAACTATGATGATGGACATTATCAAAAGGAATGAAAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GAATTGACCT         GTTTGGAGAAAGCCAGAGCCAGACGTTGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122068 GAATTGACCTGTA...AAGGTTTGGAGAAAGCCAGAGCCAGACGTTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ACCAATTATGTTGACTACTTGGACGAGCTCGCCTTAGAGATAGGTGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123112 ACCAATTATGTTGACTACTTGGACGAGCTCGCCTTAGAGATAGGTGCGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GCCAGATTTCTGCTCTCTCTTGTTCAAAGATCCTAAACTGGCTGTGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123162 GCCAGATTTCTGCTCTCTCTTGTTCAAAGATCCTAAACTGGCTGTGAGAC

   1450     .    :    .    :    .
   1388 TCTATTTCGGACCCTGCAACTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 123212 TCTATTTCGGACCCTGCAACTCCTAT