seq1 = pF1KE6408.tfa, 1599 bp
seq2 = pF1KE6408/gi568815593r_132093013.tfa (gi568815593r:132093013_132318626), 225614 bp

>pF1KE6408 1599
>gi568815593r:132093013_132318626 (Chr5)

(complement)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-179  (100779-100875)   100% ->
180-331  (101279-101430)   100% ->
332-469  (104574-104711)   100% ->
470-709  (108104-108343)   100% ->
710-903  (109296-109489)   100% ->
904-1080  (110743-110919)   100% ->
1081-1151  (114475-114545)   100% ->
1152-1251  (114780-114879)   100% ->
1252-1305  (119695-119748)   100% ->
1306-1365  (120247-120306)   100% ->
1366-1434  (123147-123215)   100% ->
1435-1531  (123605-123701)   100% ->
1532-1599  (125547-125614)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACTCTGGGTGTCTGCATTGCTGATGGCCTGGTTTGGTGTCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACTCTGGGTGTCTGCATTGCTGATGGCCTGGTTTGGTGTCCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTGTGCAGGCCGAATTCTTCACCTCTATTG         GGCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 CTGTGTGCAGGCCGAATTCTTCACCTCTATTGGTA...CAGGGCACATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGACCTGATTTATGCAGAGAAAGAGCTGGTGCAGTCTCTGAAAGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100788 CTGACCTGATTTATGCAGAGAAAGAGCTGGTGCAGTCTCTGAAAGAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCTTGTGGAGGAAGCCAAGCTTTCCAAGATTAAGAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100838 ATCCTTGTGGAGGAAGCCAAGCTTTCCAAGATTAAGAGGTG...CAGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCCAACAAAATGGAAGCCTTGACTAGCAAGTCAGCTGCTGATGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101282 GGCCAACAAAATGGAAGCCTTGACTAGCAAGTCAGCTGCTGATGCTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTACCTGGCTCACCCTGTGAATGCCTACAAACTGGTGAAGCGGCTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101332 GCTACCTGGCTCACCCTGTGAATGCCTACAAACTGGTGAAGCGGCTAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGACTGGCCTGCGCTGGAGGACCTTGTCCTGCAGGACTCAGCTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101382 ACAGACTGGCCTGCGCTGGAGGACCTTGTCCTGCAGGACTCAGCTGCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         GTTTTATCGCCAACCTCTCTGTGCAGCGGCAGTTCTTCCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101432 TG...AAGGTTTTATCGCCAACCTCTCTGTGCAGCGGCAGTTCTTCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGATGAGGACGAGATAGGAGCTGCCAAAGCCCTGATGAGACTTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104616 CTGATGAGGACGAGATAGGAGCTGCCAAAGCCCTGATGAGACTTCAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACATACAGGCTGGACCCAGGCACAATTTCCAGAGGGGAACTTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104666 ACATACAGGCTGGACCCAGGCACAATTTCCAGAGGGGAACTTCCAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470      GAACCAAGTACCAGGCAATGCTGAGTGTGGATGACTGCTTTGGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104716 ..TAGGAACCAAGTACCAGGCAATGCTGAGTGTGGATGACTGCTTTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGGCCGCTCGGCCTACAATGAAGGGGACTATTATCATACGGTGTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108149 TGGGCCGCTCGGCCTACAATGAAGGGGACTATTATCATACGGTGTTGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGGAGCAGGTGCTAAAGCAGCTTGATGCCGGGGAGGAGGCCACCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108199 ATGGAGCAGGTGCTAAAGCAGCTTGATGCCGGGGAGGAGGCCACCACAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGTCACAGGTGCTGGACTACCTCAGCTATGCTGTCTTCCAGTTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108249 CAAGTCACAGGTGCTGGACTACCTCAGCTATGCTGTCTTCCAGTTGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATCTGCACCGTGCCCTGGAGCTCACCCGCCGCCTGCTCTCCCTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108299 ATCTGCACCGTGCCCTGGAGCTCACCCGCCGCCTGCTCTCCCTTGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710     ACCCAAGCCACGAACGAGCTGGAGGGAATCTGCGGTACTTTGAGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108349 .TAGACCCAAGCCACGAACGAGCTGGAGGGAATCTGCGGTACTTTGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTATTGGAGGAAGAGAGAGAAAAAACGTTAACAAATCAGACAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109342 GTTATTGGAGGAAGAGAGAGAAAAAACGTTAACAAATCAGACAGAAGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCTAGCAACCCCAGAAGGCATCTATGAGAGGCCTGTGGACTACCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109392 AGCTAGCAACCCCAGAAGGCATCTATGAGAGGCCTGTGGACTACCTGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGAGGGATGTTTACGAGAGCCTCTGTCGTGGGGAGGGTGTCAAACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109442 GAGAGGGATGTTTACGAGAGCCTCTGTCGTGGGGAGGGTGTCAAACTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904        ACACCCCGTAGACAGAAGAGGCTTTTCTGTAGGTACCACCATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109492 G...CAGACACCCCGTAGACAGAAGAGGCTTTTCTGTAGGTACCACCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCAACAGGGCCCCACAGCTGCTCATTGCCCCCTTCAAAGAGGAGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110786 GCAACAGGGCCCCACAGCTGCTCATTGCCCCCTTCAAAGAGGAGGACGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TGGGACAGCCCGCACATCGTCAGGTACTACGATGTCATGTCTGATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110836 TGGGACAGCCCGCACATCGTCAGGTACTACGATGTCATGTCTGATGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AATCGAGAGGATCAAGGAGATCGCAAAACCTAAA         CTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110886 AATCGAGAGGATCAAGGAGATCGCAAAACCTAAAGTA...TAGCTTGCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GAGCCACCGTTCGTGATCCCAAGACAGGAGTCCTCACTGTCGCCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114482 GAGCCACCGTTCGTGATCCCAAGACAGGAGTCCTCACTGTCGCCAGCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CGGGTTTCCAAAAG         CTCCTGGCTAGAGGAAGATGATGACCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114532 CGGGTTTCCAAAAGGTA...CAGCTCCTGGCTAGAGGAAGATGATGACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGTTGTGGCCCGAGTAAATCGTCGGATGCAGCATATCACAGGGTTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114807 TGTTGTGGCCCGAGTAAATCGTCGGATGCAGCATATCACAGGGTTAACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TAAAGACTGCAGAATTGTTACAG         GTTGCAAATTATGGAGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114857 TAAAGACTGCAGAATTGTTACAGGTA...CAGGTTGCAAATTATGGAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGAGGACAGTATGAACCGCACTTCGACTTCTCTAGG         CGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119713 GGAGGACAGTATGAACCGCACTTCGACTTCTCTAGGGTA...CAGCGACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTTTGACAGCGGCCTCAAAACAGAGGGGAATAGGTTAGCGACGTTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120252 TTTTGACAGCGGCCTCAAAACAGAGGGGAATAGGTTAGCGACGTTTCTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTAC         ATGAGTGATGTAGAAGCTGGTGGTGCCACCGTCTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120302 ACTACGTA...CAGATGAGTGATGTAGAAGCTGGTGGTGCCACCGTCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCTGATCTGGGGGCTGCAATTTGGCCTAAGAAG         GGTACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123183 CCTGATCTGGGGGCTGCAATTTGGCCTAAGAAGGTA...CAGGGTACAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGTGTTCTGGTACAACCTCTTGCGGAGCGGGGAAGGTGACTACCGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123613 TGTGTTCTGGTACAACCTCTTGCGGAGCGGGGAAGGTGACTACCGAACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GACATGCTGCCTGCCCTGTGCTTGTGGGCTGCAAGTGGG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 123663 GACATGCTGCCTGCCCTGTGCTTGTGGGCTGCAAGTGGGGTG...CAGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCAATAAGTGGTTCCATGAACGAGGACAGGAGTTCTTGAGACCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125549 TCCAATAAGTGGTTCCATGAACGAGGACAGGAGTTCTTGAGACCTTGTGG

   1700     .    :    .
   1584 ATCAACAGAAGTTGAC
        ||||||||||||||||
 125599 ATCAACAGAAGTTGAC