seq1 = pF1KE6407.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KE6407/gi568815596r_227587400.tfa (gi568815596r:227587400_227802318), 214919 bp

>pF1KE6407 1488
>gi568815596r:227587400_227802318 (Chr2)

(complement)

1-150  (100001-100150)   99% ->
151-979  (102755-103583)   100% ->
980-1172  (106238-106430)   100% ->
1173-1314  (114012-114153)   100% ->
1315-1488  (114746-114919)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTGTTACAGAACTTCACTAAGCAGTTCCTGGATTTACCCCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTGTTACAGAACTTCACTAAGCAGTTCCTGGATTTACCCCACTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCTCTGCTTATTTGGTTTTTTCTCCATGATGAGACCCTCAGAACCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100051 GATCCTCTGCTTATTTGGTTTTTTCTCCATGATGAGACCCTCAGAACCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTTATCCCATATTTATCTGGACCAGATAAAAACCTGACCAGTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTTATCCCATATTTATCTGGACCAGATAAAAACCTGACCAGTGCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          ATAACAAATGAGATCTTCCCCGTTTGGACATACTCCTACCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTA...CAGATAACAAATGAGATCTTCCCCGTTTGGACATACTCCTACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGCTGCTGCTGCCTGTGTTTGTCCTCACCGATTATGTCCGCTACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102796 GGTGCTGCTGCTGCCTGTGTTTGTCCTCACCGATTATGTCCGCTACAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGTCATCATCTTGCAAGGTATCAGTTTCATCATTACCTGGCTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102846 CAGTCATCATCTTGCAAGGTATCAGTTTCATCATTACCTGGCTGCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGTTTGGCCAAGGAGTGAAGACCATGCAGGTTGTAGAGTTCTTCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102896 TTGTTTGGCCAAGGAGTGAAGACCATGCAGGTTGTAGAGTTCTTCTATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATGGTCACCGCCGCCGAGGTGGCCTACTACGCCTACATATACAGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102946 GATGGTCACCGCCGCCGAGGTGGCCTACTACGCCTACATATACAGCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAGCCCCGAGCACTACCAGAGAGTGAGCGGCTACTGCAGGAGCGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102996 TCAGCCCCGAGCACTACCAGAGAGTGAGCGGCTACTGCAGGAGCGTCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGCCGCCTACACAGCAGGGTCGGTGCTGGCTCAACTCTTGGTATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103046 CTGGCCGCCTACACAGCAGGGTCGGTGCTGGCTCAACTCTTGGTATCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCGAACATGTCGTACTTTTACCTCAACGTCATATCCTTGGCCTCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103096 GGCGAACATGTCGTACTTTTACCTCAACGTCATATCCTTGGCCTCTGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGTGGCTTTCCTTTTCTCACTTTTCCTACCAATGCCCAAGAAAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103146 CCGTGGCTTTCCTTTTCTCACTTTTCCTACCAATGCCCAAGAAAAGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTTTTTCATGCAAAACCCAGCAGAGAAATAAAGAAGTCATCAAGCGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103196 TTTTTTCATGCAAAACCCAGCAGAGAAATAAAGAAGTCATCAAGCGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCCAGTATTAGAGGAAACTCACGAAGGTGAAGCACCAGGCTGTGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103246 TCCAGTATTAGAGGAAACTCACGAAGGTGAAGCACCAGGCTGTGAAGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGAAACCCACATCAGAAATACTCAGCACTTCAGGGAAGCTGAATAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103296 AGAAACCCACATCAGAAATACTCAGCACTTCAGGGAAGCTGAATAAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGCTGAACAGCCTGAAACCAAGCAATGTGACTGTGGACGTTTTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103346 CAGCTGAACAGCCTGAAACCAAGCAATGTGACTGTGGACGTTTTTGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTGGTTCCAAGATTTGAAGGAGTGCTACTCCTCAAAACGTCTTTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103396 GTGGTTCCAAGATTTGAAGGAGTGCTACTCCTCAAAACGTCTTTTCTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGTCTCTATGGTGGGCTTTCGCCACAGCAGGTTTTAACCAGGTTTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103446 GGTCTCTATGGTGGGCTTTCGCCACAGCAGGTTTTAACCAGGTTTTGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TATGTTCAAATCCTGTGGGATTACAAGGCGCCATCCCAAGATTCTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103496 TATGTTCAAATCCTGTGGGATTACAAGGCGCCATCCCAAGATTCTTCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTATAATGGGGCCGTAGAAGCTATTGCAACCTTTGGAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103546 CTATAATGGGGCCGTAGAAGCTATTGCAACCTTTGGAGGTA...CAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTGTGGCTGCCTTTGCAGTGGGTTATGTGAAAGTCAACTGGGACCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106241 CTGTGGCTGCCTTTGCAGTGGGTTATGTGAAAGTCAACTGGGACCTTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGAGAGCTGGCTCTGGTGGTCTTCTCAGTTGTCAATGCCGGTTCTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106291 GGAGAGCTGGCTCTGGTGGTCTTCTCAGTTGTCAATGCCGGTTCTTTATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCTCATGCATTACACAGCCAATATCTGGGCGTGCTATGCTGGCTATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106341 TCTCATGCATTACACAGCCAATATCTGGGCGTGCTATGCTGGCTATTTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TATTCAAGTCCAGCTATATGCTTCTTATAACCATAGCAGT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106391 TATTCAAGTCCAGCTATATGCTTCTTATAACCATAGCAGTGTA...TAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TTTCAGATTGCAGTTAATCTGAATGTGGAACGCTATGCCTTGGTATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114013 TTTCAGATTGCAGTTAATCTGAATGTGGAACGCTATGCCTTGGTATTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AATCAACACCTTTATTGCCTTGGTGATTCAGACCATCATGACTGTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114063 AATCAACACCTTTATTGCCTTGGTGATTCAGACCATCATGACTGTGATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TAGTAGATCAGAGAGGGCTCAACTTGCCAGTCAGCATTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114113 TAGTAGATCAGAGAGGGCTCAACTTGCCAGTCAGCATTCAGGTA...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TTTTTAGTTTATGGGAGCTATTTTGCAGTAATTGCTGGAATTTTCCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114746 TTTTTAGTTTATGGGAGCTATTTTGCAGTAATTGCTGGAATTTTCCTAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GAGAAGCATGTATATTACCTACTCAACCAAATCCCAGAAGGATGTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114796 GAGAAGCATGTATATTACCTACTCAACCAAATCCCAGAAGGATGTACAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCCCTGCTCCAAGTGAGAATCCAGATGTGTCTCACCCAGAGGAAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114846 GCCCTGCTCCAAGTGAGAATCCAGATGTGTCTCACCCAGAGGAAGAGAGT

   1500     .    :    .    :
   1465 AATATCATCATGTCAACAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||
 114896 AATATCATCATGTCAACAAAACTC