seq1 = pF1KE6402.tfa, 1605 bp
seq2 = pF1KE6402/gi568815584r_73960645.tfa (gi568815584r:73960645_74184394), 223750 bp

>pF1KE6402 1605
>gi568815584r:73960645_74184394 (Chr14)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-111  (109378-109440)   100% ->
112-186  (111784-111858)   100% ->
187-348  (112031-112192)   100% ->
349-427  (112421-112499)   100% ->
428-730  (112898-113200)   100% ->
731-852  (115414-115535)   100% ->
853-1042  (116826-117015)   100% ->
1043-1224  (117509-117690)   100% ->
1225-1404  (119035-119214)   100% ->
1405-1503  (119475-119573)   100% ->
1504-1605  (123649-123750)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCTATTGGCGGCGGCGGCAGTGCGAGCCCGGATCCTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCGGCGCTATTGGCGGCGGCGGCAGTGCGAGCCCGGATCCTGCAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GTTTCTTCCAAGGTGAAATCCAGTCCCACCTGGTATTCAGCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 G...CAGGTTTCTTCCAAGGTGAAATCCAGTCCCACCTGGTATTCAGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTCCTTCTCTTCTTCAGTG         CCAACTGTAAAGCTCTTCATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109421 CTTCCTTCTCTTCTTCAGTGGTG...CAGCCAACTGTAAAGCTCTTCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGTGGGAAATTCGTTGAATCCAAAAGTGACAAATGGATCGATATCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111805 GGTGGGAAATTCGTTGAATCCAAAAGTGACAAATGGATCGATATCCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCA         GCCACCAATGAGGTCATTGGTCGGGTCCCTCAGGCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111855 CCCAGTA...CAGGCCACCAATGAGGTCATTGGTCGGGTCCCTCAGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCAAGGCAGAAATGGATGCAGCCATTGCTTCCTGCAAACGTGCTTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112068 CCAAGGCAGAAATGGATGCAGCCATTGCTTCCTGCAAACGTGCTTTTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCATGGGCAGACACTTCAGTATTAAGCCGCCAGCAGGTCTTGCTCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112118 GCATGGGCAGACACTTCAGTATTAAGCCGCCAGCAGGTCTTGCTCCGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCAACAACTTATTAAAGAAAACTTG         AAAGAAATTGCCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112168 TCAACAACTTATTAAAGAAAACTTGGTA...TAGAAAGAAATTGCCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAATCACATTGGAACAAGGGAAGACCCTAGCTGATGCTGAAGGAGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112437 TAATCACATTGGAACAAGGGAAGACCCTAGCTGATGCTGAAGGAGATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTCGAGGCCTTC         AGGTGGTTGAGCATGCCTGTAGTGTGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112487 TTTCGAGGCCTTCGTA...CAGAGGTGGTTGAGCATGCCTGTAGTGTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATCCCTCATGATGGGAGAGACCATGCCATCCATCACCAAAGACATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112926 ATCCCTCATGATGGGAGAGACCATGCCATCCATCACCAAAGACATGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTTATTCCTACCGTCTGCCTCTGGGAGTGTGTGCAGGCATTGCTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112976 TTTATTCCTACCGTCTGCCTCTGGGAGTGTGTGCAGGCATTGCTCCATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATTTTCCTGCCATGATCCCCCTTTGGATGTTTCCCATGGCCATGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113026 AATTTTCCTGCCATGATCCCCCTTTGGATGTTTCCCATGGCCATGGTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAAATACCTTCCTAATGAAACCATCTGAGCGAGTCCCTGGAGCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113076 TGGAAATACCTTCCTAATGAAACCATCTGAGCGAGTCCCTGGAGCAACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTTCTTGCTAAGTTGCTCCAGGATTCTGGTGCCCCTGATGGAACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113126 TGCTTCTTGCTAAGTTGCTCCAGGATTCTGGTGCCCCTGATGGAACATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACATCATCCATGGACAGCATGAAG         CTGTAAATTTTATTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113176 AACATCATCCATGGACAGCATGAAGGTA...AAGCTGTAAATTTTATTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGATCATCCGGACATCAAAGCAATCAGCTTTGTGGGATCCAACAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115430 CGATCATCCGGACATCAAAGCAATCAGCTTTGTGGGATCCAACAAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAGAGTATATCTTCGAGAGAGGATCAAGACATGGCAAGAGGGTTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115480 GAGAGTATATCTTCGAGAGAGGATCAAGACATGGCAAGAGGGTTCAAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATATG         GGAGCCAAGAACCATGGGGTAGTCATGCCAGATGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115530 AATATGGTG...TAGGGAGCCAAGAACCATGGGGTAGTCATGCCAGATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAATAAGGAAAATACCCTGAACCAGCTGGTTGGGGCAGCATTTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116861 CAATAAGGAAAATACCCTGAACCAGCTGGTTGGGGCAGCATTTGGAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGGTCAGCGCTGCATGGCTCTTTCAACAGCAGTCCTTGTGGGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116911 CTGGTCAGCGCTGCATGGCTCTTTCAACAGCAGTCCTTGTGGGAGAAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGAAGTGGCTGCCAGAGCTGGTGGAGCATGCCAAAAACCTGAGAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116961 AAGAAGTGGCTGCCAGAGCTGGTGGAGCATGCCAAAAACCTGAGAGTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGCAG         GAGATCAGCCTGGAGCTGATCTTGGCCCTCTGATCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117011 TGCAGGTA...CAGGAGATCAGCCTGGAGCTGATCTTGGCCCTCTGATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTCCCCAGGCCAAAGAGCGAGTCTGTAATCTGATTGATAGTGGAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117545 CTCCCCAGGCCAAAGAGCGAGTCTGTAATCTGATTGATAGTGGAACAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGGGAGCTTCCATCCTTCTTGATGGACGAAAAATTAAAGTGAAAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117595 GAGGGAGCTTCCATCCTTCTTGATGGACGAAAAATTAAAGTGAAAGGCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGAAAATGGCAACTTTGTTGGACCAACCATCATCTCGAATGTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117645 TGAAAATGGCAACTTTGTTGGACCAACCATCATCTCGAATGTCAAGGTG.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225      CCAAATATGACCTGTTACAAAGAGGAGATTTTTGGTCCAGTTCTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117695 ..CAGCCAAATATGACCTGTTACAAAGAGGAGATTTTTGGTCCAGTTCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGGTTCTGGAGACAGAAACATTGGATGAAGCCATCCAGATTGTAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119080 GTGGTTCTGGAGACAGAAACATTGGATGAAGCCATCCAGATTGTAAATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAACCCATATGGAAATGGAACTGCCATCTTCACCACCAATGGAGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119130 CAACCCATATGGAAATGGAACTGCCATCTTCACCACCAATGGAGCCACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTCGGAAATATGCCCACTTGGTGGATGTTGGACAG         GTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119180 CTCGGAAATATGCCCACTTGGTGGATGTTGGACAGGTT...TAGGTGGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGAATGTCCCCATTCCAGTGCCTTTGCCAATGTTCTCATTCACCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119481 GTGAATGTCCCCATTCCAGTGCCTTTGCCAATGTTCTCATTCACCGGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TCGATCCTCCTTCAGGGGAGACACCAATTTCTATGGCAAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 119531 TCGATCCTCCTTCAGGGGAGACACCAATTTCTATGGCAAACAGGTA...T

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1504   GGCATCCAATTCTACACTCAGTTAAAGACCATTACTTCTCAGTGGAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123647 AGGGCATCCAATTCTACACTCAGTTAAAGACCATTACTTCTCAGTGGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAAGAAGATGCTACTCTTTCCTCACCTGCTGTTGTCATGCCTACCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123697 GAAGAAGATGCTACTCTTTCCTCACCTGCTGTTGTCATGCCTACCATGGG

   1700 
   1602 CCGT
        ||||
 123747 CCGT