seq1 = pF1KE6393.tfa, 1314 bp
seq2 = pF1KE6393/gi568815582f_576102.tfa (gi568815582f:576102_778049), 201948 bp

>pF1KE6393 1314
>gi568815582f:576102_778049 (Chr16)

1-396  (100001-100396)   100% ->
397-621  (100571-100795)   100% ->
622-770  (100870-101018)   100% ->
771-883  (101175-101287)   100% ->
884-984  (101358-101458)   100% ->
985-1045  (101538-101598)   100% ->
1046-1314  (101680-101948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTAGGGTGGAAGACGGGGGAACAACTGAGGAGCTGGAGGACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTAGGGTGGAAGACGGGGGAACAACTGAGGAGCTGGAGGACTGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGGCACCAGTGCCCTGCCAGCTCCTGGGATCAAGCAGGGTCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGGCACCAGTGCCCTGCCAGCTCCTGGGATCAAGCAGGGTCCCAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACAGACAGGCACGGGGCCCCTGTCCCAAAAGTGCTGGGAGCCTGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACAGACAGGCACGGGGCCCCTGTCCCAAAAGTGCTGGGAGCCTGAGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGCTCCCAGCCAGCCTGGCCCAGCCCTTTGGTCCAGGGGTCGGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGCTCCCAGCCAGCCTGGCCCAGCCCTTTGGTCCAGGGGTCGGGCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACTCAGGCCTTGGCTGGCGGCTCCTCACTGCAGCAGCTGGACCCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACTCAGGCCTTGGCTGGCGGCTCCTCACTGCAGCAGCTGGACCCCGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACACAGGCTTCATCGGTGCGGACACCTTCACTGGCCTGGTGCACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACACAGGCTTCATCGGTGCGGACACCTTCACTGGCCTGGTGCACAGCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCTGCCCCTGGACCCGGCCAAGCTGGACATGCTGGTGGCCCTGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCTGCCCCTGGACCCGGCCAAGCTGGACATGCTGGTGGCCCTGGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGCAACGAGCAGGGCCAGGTCTGCTACCAGGAGCTGGTGGACCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100351 GAGCAACGAGCAGGGCCAGGTCTGCTACCAGGAGCTGGTGGACCTGGTC.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397      ATCAGCAGCAAGCGCTCCAGCAGTTTCAAGCGGGCCATTGCTAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ..CAGATCAGCAGCAAGCGCTCCAGCAGTTTCAAGCGGGCCATTGCTAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGACAGCGGGCACTGCCCCGGGACGGGCCGCTGGATGAGCCAGGCCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100616 GGACAGCGGGCACTGCCCCGGGACGGGCCGCTGGATGAGCCAGGCCTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTCTACAAGCGGTTTGTGCGTTACGTGGCCTACGAGATCCTGCCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 TGTCTACAAGCGGTTTGTGCGTTACGTGGCCTACGAGATCCTGCCTTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGTGGACCGCCGCTGGTACTTCTACCGTCACCGCAGCTGCCCACCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 AGGTGGACCGCCGCTGGTACTTCTACCGTCACCGCAGCTGCCCACCCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGTTCATGGCCTCGGTCACTCTTGCCCAG         ATCATCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100766 GTGTTCATGGCCTCGGTCACTCTTGCCCAGGTG...CAGATCATCGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTGTGTTACGGGGCCCGCCTCAACAAGTGGGTGCTGCAGACCTACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100881 CCTGTGTTACGGGGCCCGCCTCAACAAGTGGGTGCTGCAGACCTACCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCGAGTACATGAAGAGCCCCCTTGTGTACCACCCCGGGCACCGTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100931 CCGAGTACATGAAGAGCCCCCTTGTGTACCACCCCGGGCACCGTGCCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCCTGGCGCTTCCTCACCTACATGTTCATGCACGTTGG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100981 GCCTGGCGCTTCCTCACCTACATGTTCATGCACGTTGGGTG...CAGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAGCAGCTGGGGTTCAACGCCCTCCTGCAGCTGATGATCGGGGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101178 GGAGCAGCTGGGGTTCAACGCCCTCCTGCAGCTGATGATCGGGGTGCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGGAGATGGTGCACGGCCTGCTCCGCATCAGCCTGCTCTACCTGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 TGGAGATGGTGCACGGCCTGCTCCGCATCAGCCTGCTCTACCTGGCAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTGCTGGCAG         GCTCCCTAACCGTCTCCATCACCGACATGCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101278 GTGCTGGCAGGTG...CAGGCTCCCTAACCGTCTCCATCACCGACATGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGCCCCGGTGGTGGGAGGCTCCGGCGGGGTCTACGCCCTGTGCTCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101389 GGCCCCGGTGGTGGGAGGCTCCGGCGGGGTCTACGCCCTGTGCTCGGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACCTGGCCAACGTTGTCATG         AACTGGGCTGGGATGAGATGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101439 ACCTGGCCAACGTTGTCATGGTA...TAGAACTGGGCTGGGATGAGATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCTACAAGTTGCTGAGGATGGTGCTGGCCTTGGTGTGCA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101559 CCCTACAAGTTGCTGAGGATGGTGCTGGCCTTGGTGTGCAGTG...CAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAGCTCCGAGGTGGGCCGGGCCGTGTGGCTGCGCTTCTCCCCGCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101681 GAGCTCCGAGGTGGGCCGGGCCGTGTGGCTGCGCTTCTCCCCGCCGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCGCCTCGGGCCCACAGCCCAGCTTCATGGCGCACCTGGCAGGCGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101731 CCGCCTCGGGCCCACAGCCCAGCTTCATGGCGCACCTGGCAGGCGCGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTGGGGGTGAGCATGGGCCTGACCATCCTGCGGAGCTACGAGGAGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101781 GTGGGGGTGAGCATGGGCCTGACCATCCTGCGGAGCTACGAGGAGCGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCGGGACCAGTGCGGCTGGTGGGTGGTGCTGCTGGCCTACGGCACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101831 GCGGGACCAGTGCGGCTGGTGGGTGGTGCTGCTGGCCTACGGCACCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGCTCTTCGCCGTCTTCTGGAACGTCTTCGCCTACGACCTGCTGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101881 TGCTCTTCGCCGTCTTCTGGAACGTCTTCGCCTACGACCTGCTGGGCGCC

   1350     .    :    .
   1297 CACATCCCCCCACCGCCC
        ||||||||||||||||||
 101931 CACATCCCCCCACCGCCC