seq1 = pF1KE6392.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KE6392/gi568815594r_67811345.tfa (gi568815594r:67811345_68046572), 235228 bp

>pF1KE6392 1254
>gi568815594r:67811345_68046572 (Chr4)

(complement)

11-133  (100001-100123)   99% ->
134-252  (101936-102054)   100% ->
253-320  (114513-114580)   100% ->
321-481  (116533-116693)   100% ->
482-520  (122407-122445)   100% ->
521-692  (123647-123818)   100% ->
693-952  (127341-127600)   99% ->
953-1095  (131843-131985)   99% ->
1096-1254  (135070-135228)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 GGACAGTAGGATTTGGCACCCGAAGCAGAAATCTGAAGCCATGGATGATT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GGACAGTGGGATTTGGCACCCGAAGCAGAAATCTGAAGCCATGGATGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 GCCGTTCTCATTGTGTTGTCCCTGACAGTGGTGGCAGTGACCATAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGTTCTCATTGTGTTGTCCCTGACAGTGGTGGCAGTGACCATAGGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 CCTGGTTCACTTCCTAGTATTTG         ACCAAAAAAAGGAGTACT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 CCTGGTTCACTTCCTAGTATTTGGTA...CAGACCAAAAAAAGGAGTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 ATCATGGCTCCTTTAAAATTTTAGATCCACAAATCAATAACAATTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101954 ATCATGGCTCCTTTAAAATTTTAGATCCACAAATCAATAACAATTTCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 CAAAGCAACACATATCAACTTAAGGACTTACGAGAGACGACCGAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102004 CAAAGCAACACATATCAACTTAAGGACTTACGAGAGACGACCGAAAATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 G         GTGGATGAGATATTTATAGATTCAGCCTGGAAGAAAAATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102054 GGTG...CAGGTGGATGAGATATTTATAGATTCAGCCTGGAAGAAAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 ATATCAAGAACCAAGTAGTCAGACTGAC         TCCAGAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114553 ATATCAAGAACCAAGTAGTCAGACTGACGTA...CAGTCCAGAGGAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334 GGTGTGAAAGTAGATGTCATTATGGTGTTCCAGTTCCCCTCTACTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116546 GGTGTGAAAGTAGATGTCATTATGGTGTTCCAGTTCCCCTCTACTGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 AAGGGCAGTAAGAGAGAAGAAAATCCAAAGCATCTTAAATCAGAAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116596 AAGGGCAGTAAGAGAGAAGAAAATCCAAAGCATCTTAAATCAGAAGATAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434 GGAATTTAAGAGCCTTGCCAATAAATGCCTCATCAGTTCAAGTTAATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116646 GGAATTTAAGAGCCTTGCCAATAAATGCCTCATCAGTTCAAGTTAATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482        CAATGAGCTCATCAACAGGGGAGTTAACTGTCCAAGCAA    
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116696 A...CAGCAATGAGCTCATCAACAGGGGAGTTAACTGTCCAAGCAAGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521      GTTGTGGTAAACGAGTTGTTCCATTAAACGTCAACAGAATAGCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122450 ..CAGGTTGTGGTAAACGAGTTGTTCCATTAAACGTCAACAGAATAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    566 CTGGAGTCATTGCACCCAAGGCGGCCTGGCCTTGGCAAGCTTCCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123692 CTGGAGTCATTGCACCCAAGGCGGCCTGGCCTTGGCAAGCTTCCCTTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616 TATGATAACATCCATCAGTGTGGGGCCACCTTGATTAGTAACACATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123742 TATGATAACATCCATCAGTGTGGGGCCACCTTGATTAGTAACACATGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    666 TGTCACTGCAGCACACTGCTTCCAGAA         GTATAAAAATCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 123792 TGTCACTGCAGCACACTGCTTCCAGAAGTA...CAGGTATAAAAATCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707 ATCAATGGACTGTTAGTTTTGGAACAAAAATCAACCCTCCCTTAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127355 ATCAATGGACTGTTAGTTTTGGAACAAAAATCAACCCTCCCTTAATGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757 AGAAATGTCAGAAGATTTATTATCCATGAGAAGTACCGCTCTGCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127405 AGAAATGTCAGAAGATTTATTATCCATGAGAAGTACCGCTCTGCAGCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807 AGAGTACGACATTGCTGTTGTGCAGGTCTCTTCCAGAGTCACCTTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127455 AGAGTACGACATTGCTGTTGTGCAGGTCTCTTCCAGAGTCACCTTTTCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857 ATGACATACGCCGGATTTGTTTGCCAGAAGCCTCTGCATCCTTCCAACCA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127505 ATGACATACGCCAGATTTGTTTGCCAGAAGCCTCTGCATCCTTCCAACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    907 AATTTGACTGTCCACATCACAGGATTTGGAGCACTTTACTATGGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 127555 AATTTGACTGTCCACATCACAGGATTTGGAGCACTTTACTATGGTGGTG.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953      GGGAATCCCAAAATGATCTCCGAGAAGCCAGAGTGAAAATCATAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127605 ..AAGGGGAATCCCAAAATGATCTCCGAGAAGCCAGAGTGAAAATCATAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    998 GTGACGATGTCTGCAAGCAACCACAGGTGTATGGCAATGATATAAAACCT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131888 GTGATGATGTCTGCAAGCAACCACAGGTGTATGGCAATGATATAAAACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1048 GGAATGTTCTGTGCCGGATATATGGAAGGAATTTATGATGCCTGCAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 131938 GGAATGTTCTGTGCCGGATATATGGAAGGAATTTATGATGCCTGCAGGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096        GGTGATTCTGGGGGACCTTTAGTCACAAGGGATCTGAAAGATA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131988 A...TAGGGTGATTCTGGGGGACCTTTAGTCACAAGGGATCTGAAAGATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1139 CGTGGTATCTCATTGGAATTGTAAGCTGGGGAGATAACTGTGGTCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135113 CGTGGTATCTCATTGGAATTGTAAGCTGGGGAGATAACTGTGGTCAAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1189 GACAAGCCTGGAGTCTACACACAAGTGACTTATTACCGAAACTGGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135163 GACAAGCCTGGAGTCTACACACAAGTGACTTATTACCGAAACTGGATTGC

   1300     .    :    .
   1239 TTCAAAAACAGGCATC
        ||||||||||||||||
 135213 TTCAAAAACAGGCATC