seq1 = pF1KE6391.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KE6391/gi568815585f_113395582.tfa (gi568815585f:113395582_113610425), 214844 bp

>pF1KE6391 1242
>gi568815585f:113395582_113610425 (Chr13)

1-444  (100001-100444)   100% ->
445-624  (102761-102940)   100% ->
625-816  (104377-104568)   100% ->
817-945  (106171-106299)   100% ->
946-1038  (107915-108007)   100% ->
1039-1232  (114657-114847)   97% ->
1233-1242  (154060-154069)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTGTTGGGAAGAAGCTTCTTCTGGGTGCTGTTTCCCGTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGTGTTGGGAAGAAGCTTCTTCTGGGTGCTGTTTCCCGTCCTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGCGGTGCAGGCTGTGGAGCACGAGGAGGTGGCGCAGCGTGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGCGGTGCAGGCTGTGGAGCACGAGGAGGTGGCGCAGCGTGTGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTGCACCGCGGGCGAGGGGTGGCTGCCATGCAGAGCCGGCAGTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTGCACCGCGGGCGAGGGGTGGCTGCCATGCAGAGCCGGCAGTGGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGACAGCTGCAGGAAGCTCTCAGGGCTTCTCCGCCAGAAGAATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGACAGCTGCAGGAAGCTCTCAGGGCTTCTCCGCCAGAAGAATGCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTGAACAAACTGAAAACTGCAATTGGAGCAGTGGAGAAAGACGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTGAACAAACTGAAAACTGCAATTGGAGCAGTGGAGAAAGACGTGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCGGATGAAGAGAAACTGTTTCAGGTGCACACGTTTGAAATTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCGGATGAAGAGAAACTGTTTCAGGTGCACACGTTTGAAATTTTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAGAGCTGAATGAAAGTGAAAATTCCGTTTTCCAAGCTGTCTACGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAGAGCTGAATGAAAGTGAAAATTCCGTTTTCCAAGCTGTCTACGGACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGAGAGCCCTGCAGGGGGATTACAAAGATGTCGTGAACATGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGAGAGCCCTGCAGGGGGATTACAAAGATGTCGTGAACATGAAGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCAGCCGGCAGCGCCTGGAGGCCCTGAGAGAGGCTGCAATAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100401 GCAGCCGGCAGCGCCTGGAGGCCCTGAGAGAGGCTGCAATAAAGGTC...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445    GAAGAAACAGAATATATGGAACTTCTGGCAGCAGAAAAACATCAAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102758 TAGGAAGAAACAGAATATATGGAACTTCTGGCAGCAGAAAAACATCAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAAGCCCTTAAAAATATGCAACATCAAAACCAAAGTTTATCCATGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102808 TGAAGCCCTTAAAAATATGCAACATCAAAACCAAAGTTTATCCATGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACGAGATTCTTGAAGATGTAAGAAAGGCAGCGGATCGTCTGGAGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102858 ACGAGATTCTTGAAGATGTAAGAAAGGCAGCGGATCGTCTGGAGGAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATAGAGGAACATGCTTTTGACGACAATAAATCA         GTCAAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102908 ATAGAGGAACATGCTTTTGACGACAATAAATCAGTA...CAGGTCAAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGTCAATTTTGAGGCAGTTCTGAGGGTGGAGGAAGAAGAGGCCAATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104385 GGTCAATTTTGAGGCAGTTCTGAGGGTGGAGGAAGAAGAGGCCAATTCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGCAAAATATAACAAAACGAGAAGTGGAGGATGACTTGGGTCTTAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104435 AGCAAAATATAACAAAACGAGAAGTGGAGGATGACTTGGGTCTTAGCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGATTGACTCCCAGAACAACCAGTATATTTTGACCAAGCCCAGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104485 CTGATTGACTCCCAGAACAACCAGTATATTTTGACCAAGCCCAGAGATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AACCATCCCACGTGCAGATCACCACTTTATAAAG         GACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104535 AACCATCCCACGTGCAGATCACCACTTTATAAAGGTA...CAGGACATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTACCATAGGAATGCTGTCCTTGCCTTGTGGCTGGCTATGTACAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106178 TTACCATAGGAATGCTGTCCTTGCCTTGTGGCTGGCTATGTACAGCCATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGATTGCCTACAATGTTTGGTTATATTATTTGTGGTGTACTTCTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106228 GGATTGCCTACAATGTTTGGTTATATTATTTGTGGTGTACTTCTGGGACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TTCAGGACTAAATAGTATTAAG         TCTATTGTGCAAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106278 TTCAGGACTAAATAGTATTAAGGTA...CAGTCTATTGTGCAAGTGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CATTAGGAGAATTTGGGGTGTTTTTTACTCTTTTTCTTGTTGGCTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107934 CATTAGGAGAATTTGGGGTGTTTTTTACTCTTTTTCTTGTTGGCTTAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTTTCTCCAGAAAAGCTAAGAAAG         GTGTGGAAGATTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107984 TTTTCTCCAGAAAAGCTAAGAAAGGTA...AAGGTGTGGAAGATTTCCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ACAAGGGCCGTGTTACATGACACTGTTAATGATTGCATTTGGCTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114674 ACAAGGGCCGTGTTACATGACACTGTTAATGATTGCATTTGGCTTGCTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGGGGCATCTCTTGCGGATCAAACCCACGCAGAGCGTCTTCATTTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114724 GGGGGCATCTCTTGCGGATCAAACCCACGCAGAGCGTCTTCATTTCCACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGTCTGTCCTTGTCAAGCACACCCCTCGTGTCCAGGTTCCTCATGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114774 TGTCTGTCCTTGTCAAGCACACCCCTCGTGTCCAGGTTCCTCATGGGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1206 TGCTCGGGGTGACAAAGAAGGCAACAG         AACAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||| |---|>>>...>>>||||||||||
 114824 TGCTCGGGGTGACAAAGAAGGTA   GGTG...CAGAACAGCCCTC