seq1 = pF1KE6386.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE6386/gi568815596f_226764694.tfa (gi568815596f:226764694_227095519), 330826 bp

>pF1KE6386 945
>gi568815596f:226764694_227095519 (Chr2)

1-433  (100001-100433)   100% ->
434-566  (102493-102625)   100% ->
567-655  (142100-142188)   100% ->
656-712  (144129-144185)   100% ->
713-856  (149515-149658)   100% ->
857-945  (230738-230826)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAACGGAGATCAAGAGGGATAAATACTGGACTTATTCTACTCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAACGGAGATCAAGAGGGATAAATACTGGACTTATTCTACTCCTTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAATCTTCCATGTTGGGATCAACAATATTCCACCTGTCACCCTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAAATCTTCCATGTTGGGATCAACAATATTCCACCTGTCACCCTAGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTTGGCCCTCAACATCTGGTTCTTCTTGAACCCTCAGAAGCCACTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTTGGCCCTCAACATCTGGTTCTTCTTGAACCCTCAGAAGCCACTGTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCTCCTGCCTTAGTGTGGAGAAGTGTTACCAGCAAAAAGACTGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCTCCTGCCTTAGTGTGGAGAAGTGTTACCAGCAAAAAGACTGGCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTACTGCTCTCTCCCCTTCACCATGCTGATGATTGGCATTTGTATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTACTGCTCTCTCCCCTTCACCATGCTGATGATTGGCATTTGTATTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATATGGCATCCATGCTCTGGAAAGGAATAAATCTAGAAAGAAGACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATATGGCATCCATGCTCTGGAAAGGAATAAATCTAGAAAGAAGACTGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTAGATGGTTTGCCTATGTTATCACCGCATTTTCTGTACTTACTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTAGATGGTTTGCCTATGTTATCACCGCATTTTCTGTACTTACTGGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTATACCTGCTCTTGCAATTTGCTGTTGCCGAATTTATGGATGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTATACCTGCTCTTGCAATTTGCTGTTGCCGAATTTATGGATGAACCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTTCAAAAGGAGCTGTGCTGTAGGTTTCTCAG         GAGTTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100401 ACTTCAAAAGGAGCTGTGCTGTAGGTTTCTCAGGTA...TAGGAGTTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTTGCTTTGAAAGTTCTTAACAACCATTATTGCCCTGGAGGCTTTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 TTTGCTTTGAAAGTTCTTAACAACCATTATTGCCCTGGAGGCTTTGTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATTTTGGGCTTTCCTGTACCGAACAGATTTGCTTGTTGGGTCGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 CATTTTGGGCTTTCCTGTACCGAACAGATTTGCTTGTTGGGTCGAACTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGCTATTCATTTATTCTCACCAGG         GACTTCCTTCGCTGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102601 TGGCTATTCATTTATTCTCACCAGGGTA...TAGGACTTCCTTCGCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CATCTGGCTGGGATTCTTGTTGGACTAATGTACACTCAAGGGCCTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142116 CATCTGGCTGGGATTCTTGTTGGACTAATGTACACTCAAGGGCCTCTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAAAATCATGGAAGCATGTGCAG         GCGGTTTTTCCTCCAGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 142166 GAAAATCATGGAAGCATGTGCAGGTA...TAGGCGGTTTTTCCTCCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGGTTACCCAGGACGGCAATACTACTTTAATAGTTCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 144147 TTGGTTACCCAGGACGGCAATACTACTTTAATAGTTCAGGTA...TAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCTCTGGATATCAGGATTATTATCCGCATGGCAGGCCAGATCACTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149517 AGCTCTGGATATCAGGATTATTATCCGCATGGCAGGCCAGATCACTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGAAGCACCCAGGAACTATGACACGTACACAGCAGGACTGAGTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149567 AGAAGCACCCAGGAACTATGACACGTACACAGCAGGACTGAGTGAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AACAGCTCGAGAGAGCATTACAAGCCAGCCTCTGGGACCGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 149617 AACAGCTCGAGAGAGCATTACAAGCCAGCCTCTGGGACCGAGGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857  GAAATACCAGAAATAGCCCACCACCCTACGGGTTTCATCTCTCACCAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230737 GGAAATACCAGAAATAGCCCACCACCCTACGGGTTTCATCTCTCACCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAAATGAGGAGACAGCGGCTTCACAGATTCGATAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230787 AGAAATGAGGAGACAGCGGCTTCACAGATTCGATAGCCAG