seq1 = pF1KE6385.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KE6385/gi568815596r_72845025.tfa (gi568815596r:72845025_73171705), 326681 bp

>pF1KE6385 1020
>gi568815596r:72845025_73171705 (Chr2)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-171  (113110-113178)   100% ->
172-249  (130775-130852)   100% ->
250-276  (148492-148518)   100% ->
277-331  (149130-149184)   100% ->
332-357  (151442-151467)   100% ->
358-411  (170128-170181)   100% ->
412-468  (171219-171275)   100% ->
469-534  (172692-172757)   100% ->
535-625  (183358-183448)   100% ->
626-741  (200021-200136)   100% ->
742-827  (203173-203258)   100% ->
828-945  (210458-210575)   100% ->
946-1020  (226607-226681)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATACAGCGACTACAGCATCGGCGGCGGCGGCTAGTGCCGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGATACAGCGACTACAGCATCGGCGGCGGCGGCTAGTGCCGCTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCTCGAGCGATGCACCTCCTTTCCAACTGGGCAAACCCCGCTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCTCGAGCGATGCACCTCCTTTCCAACTGGGCAAACCCCGCTTCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         ACGTCCTTCTATGGCCGCTTCAGGCACTTCTTGGATATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...CAGACGTCCTTCTATGGCCGCTTCAGGCACTTCTTGGATATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCGACCCTCGCACACTCTTTGTCACTGAG         AGACGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113149 ATCGACCCTCGCACACTCTTTGTCACTGAGGTA...CAGAGACGTCTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGGCTGTGCAGCTGCTGGAGGACTATAAGCATGGGACCCTGCGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130786 AGAGGCTGTGCAGCTGCTGGAGGACTATAAGCATGGGACCCTGCGCCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGTCACCAATGAACAG         CTCTGGAGTGCACAGAAAATCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 130836 GGGTCACCAATGAACAGGTA...CAGCTCTGGAGTGCACAGAAAATCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAG         GCTATTCTACATCCGGACACCAATGAGAAGATCTTCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148516 CAGGTA...CAGGCTATTCTACATCCGGACACCAATGAGAAGATCTTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCCATTTAGAATGTCAG         GTTATATTCCTTTTGGGACGCCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 149168 GCCATTTAGAATGTCAGGTA...CAGGTTATATTCCTTTTGGGACGCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TT         GTAGTCGGTCTTCTCTTGCCCAACCAGACACTGGCATCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151466 TTGTA...TAGGTAGTCGGTCTTCTCTTGCCCAACCAGACACTGGCATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 ACTGTCTTCTGGCAG         TGGCTGAACCAGAGCCACAATGCCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 170167 ACTGTCTTCTGGCAGGTA...CAGTGGCTGAACCAGAGCCACAATGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 TGTCAACTATGCAAACCGCAATGCGACCAAG         CCTTCACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 171245 TGTCAACTATGCAAACCGCAATGCGACCAAGGTG...CAGCCTTCACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 CATCCAAGTTCATCCAGGGATACCTGGGAGCTGTCATCAGCGCCGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172702 CATCCAAGTTCATCCAGGGATACCTGGGAGCTGTCATCAGCGCCGTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 ATTGCT         GTGGGCCTTAATGTCCTGGTTCAGAAAGCCAACAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172752 ATTGCTGTG...AAGGTGGGCCTTAATGTCCTGGTTCAGAAAGCCAACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 GTTCACCCCAGCCACCCGCCTTCTCATCCAGAGGTTTGTGCCGTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183393 GTTCACCCCAGCCACCCGCCTTCTCATCCAGAGGTTTGTGCCGTTCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 CTGTAG         CCAGTGCCAATATCTGCAATGTGGTCCTGATGCGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183443 CTGTAGGTA...CAGCCAGTGCCAATATCTGCAATGTGGTCCTGATGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 TACGGGGAGCTGGAGGAAGGGATTGATGTCCTGGACAGCGATGGCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200056 TACGGGGAGCTGGAGGAAGGGATTGATGTCCTGGACAGCGATGGCAACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 CGTGGGCTCCTCCAAGATCGCAGCCCGACAC         GCCCTGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 200106 CGTGGGCTCCTCCAAGATCGCAGCCCGACACGTG...CAGGCCCTGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 AGACGGCGCTGACGCGAGTGGTCCTGCCCATGCCCATCCTGGTGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203183 AGACGGCGCTGACGCGAGTGGTCCTGCCCATGCCCATCCTGGTGCTACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 CCGATCGTCATGTCCATGCTGGAGAA         GACGGCTCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 203233 CCGATCGTCATGTCCATGCTGGAGAAGTG...CAGGACGGCTCTCCTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 GGCACGCCCCCGGCTGCTCCTCCCTGTGCAAAGCCTCGTGTGCCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210473 GGCACGCCCCCGGCTGCTCCTCCCTGTGCAAAGCCTCGTGTGCCTGGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 CCTTCGGCCTGGCCCTGCCGCTGGCCATCAGCCTCTTCCCGCAAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210523 CCTTCGGCCTGGCCCTGCCGCTGGCCATCAGCCTCTTCCCGCAAATGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 GAG         ATTGAAACATCCCAATTAGAGCCGGAGATAGCCCAGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210573 GAGGTC...CAGATTGAAACATCCCAATTAGAGCCGGAGATAGCCCAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .
    984 CACGAGCAGCCGGACAGTGGTGTACAACAAGGGGTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226645 CACGAGCAGCCGGACAGTGGTGTACAACAAGGGGTTG