seq1 = pF1KE6383.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE6383/gi568815595r_183729601.tfa (gi568815595r:183729601_183984846), 255246 bp

>pF1KE6383 987
>gi568815595r:183729601_183984846 (Chr3)

(complement)

1-125  (100001-100125)   100% ->
126-321  (116787-116982)   100% ->
322-462  (118082-118222)   100% ->
463-511  (122046-122094)   100% ->
512-607  (140521-140616)   100% ->
608-678  (144207-144277)   100% ->
679-780  (151022-151123)   100% ->
781-878  (151258-151355)   100% ->
879-987  (155138-155246)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTGGCGAGGCTGGGCGCAGAGAGGCTGGGGCTGCGGCCAGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTGGCGAGGCTGGGCGCAGAGAGGCTGGGGCTGCGGCCAGGCGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTGCGTCGGTGGGCGGCCGCAGCTGCGAGGAGCTCACTGCGGTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTGCGTCGGTGGGCGGCCGCAGCTGCGAGGAGCTCACTGCGGTCCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCGCCGCAGCTCCTCGGACGCAG         GTTTAACTTCTTTATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 CCCCGCCGCAGCTCCTCGGACGCAGGTA...TAGGTTTAACTTCTTTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAACAAAAATGCGGATTCAGAAAAGCACCCAGGAAGGTTGAACCTCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116803 CAACAAAAATGCGGATTCAGAAAAGCACCCAGGAAGGTTGAACCTCGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCAGACCCAGGGACAAGTGGTGAAGCATACAAGAGAAGTGCTTTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116853 ATCAGACCCAGGGACAAGTGGTGAAGCATACAAGAGAAGTGCTTTGATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCTGTGGAAGAAACAGTCTTTTATCCTTCTCCCTATCCTATAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116903 CTCCTGTGGAAGAAACAGTCTTTTATCCTTCTCCCTATCCTATAAGGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCATAAAACCTTTATTTTTTACTGTTGGG         TTTACAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116953 CTCATAAAACCTTTATTTTTTACTGTTGGGGTA...TAGTTTACAGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCATTTGGATCAGCTGCTATTTGGCAATATGAATCACTGAAATCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118093 TGCATTTGGATCAGCTGCTATTTGGCAATATGAATCACTGAAATCCAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCAGAGTTATTTTGATGGTATAAAAGCTGATTGGTTGGATAGCATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118143 TCCAGAGTTATTTTGATGGTATAAAAGCTGATTGGTTGGATAGCATAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCACAAAAAGAAGGAGACTTCAGAAAGGAG         ATTAACAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118193 CCACAAAAAGAAGGAGACTTCAGAAAGGAGGTA...TAGATTAACAAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTGGAATAACCTAAGTGATGGCCAGCGGACTGTGACAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122057 GTGGAATAACCTAAGTGATGGCCAGCGGACTGTGACAGGTT...TAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTATAGCTGCAAATGTCCTTGTATTCTGTTTATGGAGAGTACCTTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140524 TTATAGCTGCAAATGTCCTTGTATTCTGTTTATGGAGAGTACCTTCTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGCGGACAATGATCAGATATTTCACATCGAATCCAGCCTCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 140574 CAGCGGACAATGATCAGATATTTCACATCGAATCCAGCCTCAAGTA...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608   GTGTTATTTCCAATTTTGTCAGTTACGTGGGTAAAGTTGCCACAGGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144205 AGGTGTTATTTCCAATTTTGTCAGTTACGTGGGTAAAGTTGCCACAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GATATGGACCATCACTTGGTGCA         TCTGGTGCCATCATGACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 144255 GATATGGACCATCACTTGGTGCAGTA...CAGTCTGGTGCCATCATGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTCCTCGCAGCTGTCTGCACTAAGATCCCAGAAGGGAGGCTTGCCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151040 GTCCTCGCAGCTGTCTGCACTAAGATCCCAGAAGGGAGGCTTGCCATTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTCCTTCCGATGTTCACGTTCACAGCAGGGAAT         GCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 151090 TTTCCTTCCGATGTTCACGTTCACAGCAGGGAATGTA...CAGGCCCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAGCCATTATCGCCATGGATACAGCAGGAATGATCCTGGGATGGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151265 AAGCCATTATCGCCATGGATACAGCAGGAATGATCCTGGGATGGAAATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTGATCATGCGGCACATCTTGGGGGAGCTCTTTTTGGAAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 151315 TTTGATCATGCGGCACATCTTGGGGGAGCTCTTTTTGGAATGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATGGTATGTTACTTACGGTCATGAACTGATTTGGAAGAACAGGGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155138 ATGGTATGTTACTTACGGTCATGAACTGATTTGGAAGAACAGGGAGCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TAGTGAAAATCTGGCATGAAATAAGGACTAATGGCCCAAAAAAAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 155188 TAGTGAAAATCTGGCATGAAATAAGGACTAATGGCCCCAAAAAAGGAGGT

   1050     .
    979 GGCTCTAAG
        |||||||||
 155238 GGCTCTAAG