seq1 = pF1KE6382.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KE6382/gi568815592f_122897778.tfa (gi568815592f:122897778_123163758), 265981 bp

>pF1KE6382 981
>gi568815592f:122897778_123163758 (Chr6)

1-389  (100001-100389)   100% ->
390-564  (113208-113382)   100% ->
565-675  (150845-150955)   100% ->
676-896  (158029-158249)   100% ->
897-981  (165897-165981)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCATTTGCAAGCCGGTCTCTCCCCTGAGACCCTGGAGAAAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTCATTTGCAAGCCGGTCTCTCCCCTGAGACCCTGGAGAAAGCTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGAGCTCAATGAAAACCCAGACACGCTGCACCAGGACATCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGAGCTCAATGAAAACCCAGACACGCTGCACCAGGACATCCAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGGGATATGGTCATCACCAGGCCGGACATTGGCTTTCTGCGCACGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGGGATATGGTCATCACCAGGCCGGACATTGGCTTTCTGCGCACGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGCCTTCATCTTACGCTTCTTGCGGGCTAGGAAGTTTCATCACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGCCTTCATCTTACGCTTCTTGCGGGCTAGGAAGTTTCATCACTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTTCCGCCTCCTGGCGCAGTACTTTGAGTACCGGCAGCAGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTTCCGCCTCCTGGCGCAGTACTTTGAGTACCGGCAGCAGAACCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATGTTCAAAAGCTTTAAGGCCACCGACCCTGGCATCAAGCAGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATGTTCAAAAGCTTTAAGGCCACCGACCCTGGCATCAAGCAGGCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGATGGCTTCCCTGGGGGCCTGGCCAATCTGGACCACTATGGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGGATGGCTTCCCTGGGGGCCTGGCCAATCTGGACCACTATGGCAGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATTCTAGTCCTTTTTGCTGCCAATTGGGATCAGAGCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100351 GATTCTAGTCCTTTTTGCTGCCAATTGGGATCAGAGCAGGTA...TAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACACACTGGTGGATATTTTGCGTGCCATCTTACTTTCTTTAGAAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113210 ACACACTGGTGGATATTTTGCGTGCCATCTTACTTTCTTTAGAAGCCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTGAAGATCCTGAGCTTCAAGTGAATGGGTTTGTTTTGATCATAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113260 ATTGAAGATCCTGAGCTTCAAGTGAATGGGTTTGTTTTGATCATAGACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAGTAACTTCACTTTCAAGCAAGCCTCTAAACTCACACCAAGTATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113310 GAGTAACTTCACTTTCAAGCAAGCCTCTAAACTCACACCAAGTATGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GATTAGCTATTGAAGGCCTGCAG         GATAGTTTCCCAGCGCGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 113360 GATTAGCTATTGAAGGCCTGCAGGTA...TAGGATAGTTTCCCAGCGCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTGGAGGAATTCATTTTGTCAATCAACCATGGTATATCCATGCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150863 TTTGGAGGAATTCATTTTGTCAATCAACCATGGTATATCCATGCCCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACCGTGATCCGGCCTTTCCTGAAGGAGAAAACTCGGAAAAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 150913 CACCGTGATCCGGCCTTTCCTGAAGGAGAAAACTCGGAAAAGGGTA...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    676   ATATTTTTGCATGGTAACAACCTGAACAGTCTACACCAACTAATTCAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158027 AGATATTTTTGCATGGTAACAACCTGAACAGTCTACACCAACTAATTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCTGAGATCCTGCCCTCTGAGTTTGGAGGAATGCTGCCTCCTTATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158077 CCTGAGATCCTGCCCTCTGAGTTTGGAGGAATGCTGCCTCCTTATGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGGGACATGGGCAAGAACACTGCTAGACCATGAATATGACGATGACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158127 GGGGACATGGGCAAGAACACTGCTAGACCATGAATATGACGATGACAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGTACAATGTAGACTCCTACAGCATGCCTGTGAAGGAAGTAGAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158177 AGTACAATGTAGACTCCTACAGCATGCCTGTGAAGGAAGTAGAGAAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTCTCCCCAAAGTCCATGAAGAG         ATCTCAATCAGTAGTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 158227 CTCTCCCCAAAGTCCATGAAGAGGTA...CAGATCTCAATCAGTAGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCCTACAGTACTAAAACGCATGGATAAAAATGAGGAAGAAAACATGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165915 TCCTACAGTACTAAAACGCATGGATAAAAATGAGGAAGAAAACATGCAAC

   1000     .    :    .
    965 CATTGCTTTCTCTGGAC
        |||||||||||||||||
 165965 CATTGCTTTCTCTGGAC