seq1 = pF1KE6379.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KE6379/gi568815588f_69032897.tfa (gi568815588f:69032897_69271266), 238370 bp

>pF1KE6379 981
>gi568815588f:69032897_69271266 (Chr10)

1-153  (100000-100151)   99% ->
154-229  (122916-122991)   100% ->
230-386  (124111-124267)   100% ->
387-551  (125151-125315)   100% ->
552-658  (129510-129616)   100% ->
659-727  (133146-133214)   100% ->
728-870  (135593-135735)   100% ->
871-981  (138260-138370)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTTTCTTGGAGGCTTTTTTGGTCCAATTTGTGAGATCGATATTGT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GAGTTTTCTTGGAGGCTTTTTTGGTCCAATTTGTGAGATCGATATTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTAATGATGGGGAAACCAGGAAAATGGCAGAAATGAAAACTGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TCTTAATGATGGGGAAACCAGGAAAATGGCAGAAATGAAAACTGAAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAAGTAGAAAAACACTATCTCTTCTATGACGGAGAATCCGTTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GCAAAGTAGAAAAACACTATCTCTTCTATGACGGAGAATCCGTTTCAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAG         GTAAACCTAGCCTTTAAGCAACCTGGAAAGAGGCTAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 AAGGTA...CAGGTAAACCTAGCCTTTAAGCAACCTGGAAAGAGGCTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACACCAAGGAATTAGAATTGAATTTGTAGGTCAAATTG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122954 ACACCAAGGAATTAGAATTGAATTTGTAGGTCAAATTGGTG...CAGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTTCAATGACAAGAGTAATACTCATGAATTTGTAAACCTAGTGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124114 TTTTCAATGACAAGAGTAATACTCATGAATTTGTAAACCTAGTGAAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAGCCTTACCTGGAGAACTGACTCAGAGCAGAAGTTATGATTTTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124164 CTAGCCTTACCTGGAGAACTGACTCAGAGCAGAAGTTATGATTTTGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATGCAAGTTGAAAAGCCATATGAATCTTACATCGGTGCCAATGTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124214 TATGCAAGTTGAAAAGCCATATGAATCTTACATCGGTGCCAATGTCCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAG         GTATTTTCTTAAAGTGACAATAGTGAGAAGACTGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124264 TGAGGTA...TAGGTATTTTCTTAAAGTGACAATAGTGAGAAGACTGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATTTGGTAAAAGAGTATGATCTTATTGTTCACCAGCTTGCCACCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125188 GATTTGGTAAAAGAGTATGATCTTATTGTTCACCAGCTTGCCACCTATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGTTAACAACTCTATTAAGATGGAAGTGGGCATTGAAGATTGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125238 TGATGTTAACAACTCTATTAAGATGGAAGTGGGCATTGAAGATTGTCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATATAGAATTTGAATATAATAAATCAAA         GTATCATTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125288 ATATAGAATTTGAATATAATAAATCAAAGTA...TAGGTATCATTTAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATGTGATTGTTGGAAAAATTTACTTCTTATTAGTAAGAATAAAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129523 GATGTGATTGTTGGAAAAATTTACTTCTTATTAGTAAGAATAAAAATACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACATATGGAGTTACAGCTGATCAAAAAAGAGATCACAGGAATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 129573 ACATATGGAGTTACAGCTGATCAAAAAAGAGATCACAGGAATTGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    GACCCAGTACCACAACAGAAACAGAAACAATCGCCAAATATGAAATA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133143 TAGGACCCAGTACCACAACAGAAACAGAAACAATCGCCAAATATGAAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGGATGGTGCACCAGTAAAAG         GTGAATCAATTCCAATAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 133193 ATGGATGGTGCACCAGTAAAAGGTA...CAGGTGAATCAATTCCAATAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTATTTTTAGCAGGATATGACCCAACTCCAACAATGAGAGATGTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135612 GCTATTTTTAGCAGGATATGACCCAACTCCAACAATGAGAGATGTGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAAAATTTTCAGTAAGGTACTTTTTGAATTTAGTGCTTGTTGATGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135662 AAAAATTTTCAGTAAGGTACTTTTTGAATTTAGTGCTTGTTGATGAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACCGGAGGTACTTCAAACAGCAG         GAGATAATTTTATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 135712 GACCGGAGGTACTTCAAACAGCAGGTA...TAGGAGATAATTTTATGGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAAGCTCCTGAAAAACTGAGGAAACAGAGAACAAACTTTCACCAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138277 AAAAGCTCCTGAAAAACTGAGGAAACAGAGAACAAACTTTCACCAGCGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGAATCTCCAGAATCACAGGCATCTGCCGAACAGCCTGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138327 TTGAATCTCCAGAATCACAGGCATCTGCCGAACAGCCTGAAATG