seq1 = pF1KE6378.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KE6378/gi568815595f_123109218.tfa (gi568815595f:123109218_123371719), 262502 bp

>pF1KE6378 921
>gi568815595f:123109218_123371719 (Chr3)

1-182  (100001-100182)   100% ->
183-346  (114342-114505)   100% ->
347-541  (115886-116080)   100% ->
542-657  (136682-136797)   100% ->
658-723  (150307-150372)   100% ->
724-921  (162305-162502)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTATGATTTTATCTGCCTCAGTCATTCGTGTCAGAGATGGACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTATGATTTTATCTGCCTCAGTCATTCGTGTCAGAGATGGACTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTTTCTGCTTCTACTGATTATGAACAAAGCACAGGAATGCAGGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTTTCTGCTTCTACTGATTATGAACAAAGCACAGGAATGCAGGAGTGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAAGTATTTTAAAATGCTTTCGAGGAAACTTGCTCAACTTCCTGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAAGTATTTTAAAATGCTTTCGAGGAAACTTGCTCAACTTCCTGATAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTACACTGAAAACTGGACATTATAACATTAA         TTTTATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100151 TGTACACTGAAAACTGGACATTATAACATTAAGTA...TAGTTTTATTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCTCTGGGAGTGAGCTACATGATGTTGTGCACTGAAAATTACCCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114351 CTCTCTGGGAGTGAGCTACATGATGTTGTGCACTGAAAATTACCCAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCTCGCCTTCTCTTTCCTGGATGAGCTTCAGAAGGAGTTCATTACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114401 TTCTCGCCTTCTCTTTCCTGGATGAGCTTCAGAAGGAGTTCATTACTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATAACATGATGAAGACAAATACTGCTGTCAGACCATACTGTTTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114451 TATAACATGATGAAGACAAATACTGCTGTCAGACCATACTGTTTCATTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTTG         ATAACTTCATTCAGAGGACCAAGCAGCGATATAATA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114501 ATTTGGTA...TAGATAACTTCATTCAGAGGACCAAGCAGCGATATAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCCCAGGTCTCTTTCAACAAAGATAAATCTTTCTGACATGCAGACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115922 ATCCCAGGTCTCTTTCAACAAAGATAAATCTTTCTGACATGCAGACGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCAAGCTGAGGCCTCCTTATCAAATTTCCATGTGCGAACTGGGGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115972 ATCAAGCTGAGGCCTCCTTATCAAATTTCCATGTGCGAACTGGGGTCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAATGGAGTCACATCAGCATTTTCTGTTGACTGTAAAGGTGCTGGTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116022 CAATGGAGTCACATCAGCATTTTCTGTTGACTGTAAAGGTGCTGGTAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTTCTTCTG         CTCACCAGCGACTGGAACCAGCAACTCTGTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116072 TTTCTTCTGGTG...CAGCTCACCAGCGACTGGAACCAGCAACTCTGTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGATTGTAGGATTTATCCTTAGTCTTTTATGTGGAGCTCTGAATTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136714 GGGATTGTAGGATTTATCCTTAGTCTTTTATGTGGAGCTCTGAATTTAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCGAGGCTTTCATGCTATAGAAAGTCTCCTGCAG         AGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 136764 TCGAGGCTTTCATGCTATAGAAAGTCTCCTGCAGGTA...CAGAGTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGATGATTTTAATTACATCATTGCATTTTTCCTTGGAACAGCAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150314 GTGATGATTTTAATTACATCATTGCATTTTTCCTTGGAACAGCAGCCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTTACCAG         TGTTATTTACTTGTCTACTACACCGGCTGGCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 150364 CTTTACCAGGTA...CAGTGTTATTTACTTGTCTACTACACCGGCTGGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAATGTCAAATCTTTTTTGACTTTTGGCTTAATCTGTCTATGCAACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162337 GAATGTCAAATCTTTTTTGACTTTTGGCTTAATCTGTCTATGCAACATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATCTCTATGAACTGCGCAACCTCTGGCAGCTTTTCTTTCATGTGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162387 ATCTCTATGAACTGCGCAACCTCTGGCAGCTTTTCTTTCATGTGACTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGAGCATTTGTTACACTACAGATCTGGCTAAGGCAAGCCCAGGGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162437 GGAGCATTTGTTACACTACAGATCTGGCTAAGGCAAGCCCAGGGCAAGGC

    950     .    :    .
    906 TCCCGATTATGATGTC
        ||||||||||||||||
 162487 TCCCGATTATGATGTC