seq1 = pF1KE6374.tfa, 1317 bp
seq2 = pF1KE6374/gi568815589f_18374233.tfa (gi568815589f:18374233_18780543), 406311 bp

>pF1KE6374 1317
>gi568815589f:18374233_18780543 (Chr9)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-191  (130597-130724)   99% ->
192-237  (159015-159060)   100% ->
238-474  (199798-200034)   100% ->
475-601  (248011-248137)   100% ->
602-676  (261711-261785)   100% ->
677-834  (265022-265179)   100% ->
835-946  (283407-283518)   100% ->
947-1085  (287703-287841)   100% ->
1086-1317  (306080-306311)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATGCTGCCGTCGGGCAACTCCTGGCACACTGCTCCTCTTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATGCTGCCGTCGGGCAACTCCTGGCACACTGCTCCTCTTTCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCTGCTCCTG         AGTTCCAGGACCGCACGCTCCGAGGAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCTGCTCCTGGTA...CAGAGTTCCAGGACCGCACGCTCCGAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCGGGACGGCCTATGGGATGCCTGGGGCCCATGGAGTGAATGCTCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130625 ACCGGGACGGCCTATGGGATGCCTGGGGCCCATGGAGTGAATGCTCACGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCTGCGGGGGAGGGGCCTCCTACTCTCTGAGGCGCTGCCTGAGCAGCAA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130675 ACCTGCGGGGGTGGGGCCTCCTACTCTCTGAGGCGCTGCCTGAGCAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GAGCTGTGAAGGAAGAAATATCCGATACAGAACATGCAGTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130725 GTA...TAGGAGCTGTGAAGGAAGAAATATCCGATACAGAACATGCAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTG         GACTGCCCACCAGAAGCAGGTGATTTCCGAGCTCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159056 ATGTGGTA...CAGGACTGCCCACCAGAAGCAGGTGATTTCCGAGCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAATGCTCAGCTCATAATGATGTCAAGCACCATGGCCAGTTTTATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199834 CAATGCTCAGCTCATAATGATGTCAAGCACCATGGCCAGTTTTATGAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTTCCTGTGTCTAATGACCCTGACAACCCATGTTCACTCAAGTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199884 GCTTCCTGTGTCTAATGACCCTGACAACCCATGTTCACTCAAGTGCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAAAGGAACAACCCTGGTTGTTGAACTAGCACCTAAGGTCTTAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199934 CCAAAGGAACAACCCTGGTTGTTGAACTAGCACCTAAGGTCTTAGATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACGCGTTGCTATACAGAATCTTTGGATATGTGCATCAGTGGTTTATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199984 ACGCGTTGCTATACAGAATCTTTGGATATGTGCATCAGTGGTTTATGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 A         ATTGTTGGCTGCGATCACCAGCTGGGAAGCACCGTCAAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200034 AGTA...TAGATTGTTGGCTGCGATCACCAGCTGGGAAGCACCGTCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGATAACTGTGGGGTCTGCAACGGAGATGGGTCCACCTGCCGGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248051 AAGATAACTGTGGGGTCTGCAACGGAGATGGGTCCACCTGCCGGCTGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGAGGGCAGTATAAATCCCAGCTCTCCGCAACCAAAT         CGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 248101 CGAGGGCAGTATAAATCCCAGCTCTCCGCAACCAAATGTA...TAGCGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATACTGTGGTTGCAATTCCCTATGGAAGTAGACATATTCGCCTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261715 TGATACTGTGGTTGCAATTCCCTATGGAAGTAGACATATTCGCCTTGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAAAAGGTCCTGATCACTTAT         ATCTGGAAACCAAAACCCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 261765 TAAAAGGTCCTGATCACTTATGTA...TAGATCTGGAAACCAAAACCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGGGACTAAAGGTGAAAACAGTCTCAGCTCCACAGGAACTTTCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265042 CAGGGGACTAAAGGTGAAAACAGTCTCAGCTCCACAGGAACTTTCCTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGACAATTCTAGTGTGGACTTCCAGAAATTTCCAGACAAAGAGATACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265092 GGACAATTCTAGTGTGGACTTCCAGAAATTTCCAGACAAAGAGATACTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAATGGCTGGACCACTCACAGCAGATTTCATTGTCAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 265142 GAATGGCTGGACCACTCACAGCAGATTTCATTGTCAAGGTG...CAGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGTAACTCGGGCTCCGCTGACAGTACAGTCCAGTTCATCTTCTATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283410 CGTAACTCGGGCTCCGCTGACAGTACAGTCCAGTTCATCTTCTATCAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCATCCACCGATGGAGGGAGACGGATTTCTTTCCTTGCTCAGCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283460 CATCATCCACCGATGGAGGGAGACGGATTTCTTTCCTTGCTCAGCAACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGGAGGAG         GTTATCAGCTGACATCGGCTGAGTGCTACGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 283510 GTGGAGGAGGTA...CAGGTTATCAGCTGACATCGGCTGAGTGCTACGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGAGGAGCAACCGTGTGGTTGCTGACCAATACTGTCACTATTACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287735 CTGAGGAGCAACCGTGTGGTTGCTGACCAATACTGTCACTATTACCCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAACATCAAACCCAAACCCAAGCTTCAGGAGTGCAACTTGGATCCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287785 GAACATCAAACCCAAACCCAAGCTTCAGGAGTGCAACTTGGATCCTTGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAGCCAG         GTGGGAGGCCACCCCATGGACCGCGTGCTCCTCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287835 CAGCCAGGTC...TAGGTGGGAGGCCACCCCATGGACCGCGTGCTCCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCGTGTGGGGGGGGCATCCAGAGCCGGGCAGTTTCCTGTGTGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306114 TCGTGTGGGGGGGGCATCCAGAGCCGGGCAGTTTCCTGTGTGGAGGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATCCAGGGGCATGTCACTTCAGTGGAAGAGTGGAAATGCATGTACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306164 CATCCAGGGGCATGTCACTTCAGTGGAAGAGTGGAAATGCATGTACACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTAAGATGCCCATCGCGCAGCCCTGCAACATTTTTGACTGCCCTAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306214 CTAAGATGCCCATCGCGCAGCCCTGCAACATTTTTGACTGCCCTAAATGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1270 CTGGCACAGGAGTGGTCTCCGGTAACTGTGCCTTCTTTCTTTGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306264 CTGGCACAGGAGTGGTCTCCGGTAACTGTGCCTTCTTTCTTTGTTCAT