seq1 = pF1KE6373.tfa, 1011 bp
seq2 = pF1KE6373/gi568815589r_96221245.tfa (gi568815589r:96221245_96483573), 262329 bp

>pF1KE6373 1011
>gi568815589r:96221245_96483573 (Chr9)

(complement)

1-158  (99940-100097)   100% ->
159-192  (115269-115302)   100% ->
193-279  (119024-119110)   100% ->
280-347  (123353-123420)   100% ->
348-419  (131465-131536)   100% ->
420-488  (132403-132471)   100% ->
489-591  (138173-138275)   100% ->
592-684  (139578-139670)   100% ->
685-752  (146790-146857)   100% ->
753-831  (159405-159483)   100% ->
832-914  (161494-161576)   100% ->
915-1011  (162233-162329)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGCCGGCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGGCGCTGGCGGGGAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99940 ATGACGGCCGGCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGGCGCTGGCGGGGAGCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGCGCGGCTGCCCTCGCGGGTGGCCCGGCTGCTGTCGGCGCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 CGCGGCGCGGCTGCCCTCGCGGGTGGCCCGGCTGCTGTCGGCGCTCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGGGACCTGCTCCTTCCTCATCGTGCTTGTCAACAAGGCGCTGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100040 ACGGGACCTGCTCCTTCCTCATCGTGCTTGTCAACAAGGCGCTGCTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTACGG         TTTCCCGTCACCAATTTTCCTTGGAATTGGACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100090 ACCTACGGGTG...TAGTTTCCCGTCACCAATTTTCCTTGGAATTGGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         ATGGCAGCCACCATAATGATACTATATGTGTCCAAGCTAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115302 GGTG...CAGATGGCAGCCACCATAATGATACTATATGTGTCCAAGCTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAAAATCATTCACTTCCCTGATTTTGATAAGAAAATTCCTGTAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119064 ACAAAATCATTCACTTCCCTGATTTTGATAAGAAAATTCCTGTAAAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       CTGTTTCCTCTGCCTCTCCTCTACGTTGGAAACCACATAAGTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119114 ...AAGCTGTTTCCTCTGCCTCTCCTCTACGTTGGAAACCACATAAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTATCAAGCACAAGTAAATTAAG         CCTACCGATGTTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123397 ATTATCAAGCACAAGTAAATTAAGGTA...CAGCCTACCGATGTTCACCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTCAGGAAATTCACCATTCCACTTACCTTACTTCTGGAAACCATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131482 TGCTCAGGAAATTCACCATTCCACTTACCTTACTTCTGGAAACCATCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTGG         GAAGCAGTATTCACTCAACATCATCCTCAGTGTCTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131532 CTTGGGTG...CAGGAAGCAGTATTCACTCAACATCATCCTCAGTGTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCCATTATTCTCGGGGCTTTCATAGCAGCTGG         GTCTGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 132439 TGCCATTATTCTCGGGGCTTTCATAGCAGCTGGGTA...CAGGTCTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTGCTTTTAACTTAGAAGGCTATATTTTTGTATTCCTGAATGATATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138181 TTGCTTTTAACTTAGAAGGCTATATTTTTGTATTCCTGAATGATATCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACAGCAGCAAATGGAGTTTATACCAAACAGAAAATGGACCCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 138231 ACAGCAGCAAATGGAGTTTATACCAAACAGAAAATGGACCCAAAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592     GAGCTAGGGAAATACGGAGTACTTTTCTACAATGCCTGCTTCATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138281 .CAGGAGCTAGGGAAATACGGAGTACTTTTCTACAATGCCTGCTTCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTATCCCAACTCTTATTATTAGTGTCTCCACTGGAGACCTGCAACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 139624 TTATCCCAACTCTTATTATTAGTGTCTCCACTGGAGACCTGCAACAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685       GCTACTGAATTCAACCAATGGAAGAATGTTGTGTTTATCCTACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139674 ...TAGGCTACTGAATTCAACCAATGGAAGAATGTTGTGTTTATCCTACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTTTCTTCTTTCCTGTTTTTTGGG         GTTTCTGCTGATGTACT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 146834 GTTTCTTCTTTCCTGTTTTTTGGGGTA...CAGGTTTCTGCTGATGTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCACGGTTCTGTGCAGCTATTACAATTCAGCCCTGACGACAGCAGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159422 CCACGGTTCTGTGCAGCTATTACAATTCAGCCCTGACGACAGCAGTGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGAGCCATCAAG         AATGTATCCGTTGCCTACATTGGGATATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 159472 GGAGCCATCAAGGTG...CAGAATGTATCCGTTGCCTACATTGGGATATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AATCGGTGGAGACTACATTTTCTCTTTGTTAAACTTTGTAGGGTTAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161523 AATCGGTGGAGACTACATTTTCTCTTTGTTAAACTTTGTAGGGTTAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TTTG         CATGGCAGGGGGCTTGAGATATTCCTTTTTAACACTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161573 TTTGGTG...CAGCATGGCAGGGGGCTTGAGATATTCCTTTTTAACACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 AGCAGCCAGTTAAAACCTAAACCTGTGGGTGAAGAAAACATCTGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162270 AGCAGCCAGTTAAAACCTAAACCTGTGGGTGAAGAAAACATCTGTTTGGA

   1100     .    :
   1002 TTTGAAGAGC
        ||||||||||
 162320 TTTGAAGAGC