seq1 = pF1KE6372.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE6372/gi568815575f_120262169.tfa (gi568815575f:120262169_120479631), 217463 bp

>pF1KE6372 1071
>gi568815575f:120262169_120479631 (ChrX)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-328  (104357-104621)   100% ->
329-457  (108547-108675)   100% ->
458-562  (108938-109042)   100% ->
563-759  (113204-113400)   100% ->
760-816  (114212-114268)   100% ->
817-912  (116510-116605)   100% ->
913-1071  (117305-117463)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAGGCAACTCCGGTCCAGAAGGGCTCCATCCTTTCCTTACAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAGGCAACTCCGGTCCAGAAGGGCTCCATCCTTTCCTTACAGTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGCTACAGACTC         GATGATCCGGATGAAGCGAACCAGAACT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGCTACAGACTCGTG...CAGGATGATCCGGATGAAGCGAACCAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTAGCAGATGAAGAGGAGGAAGCAGAAGAAGAGGCTCGGGTGACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104385 ACTTAGCAGATGAAGAGGAGGAAGCAGAAGAAGAGGCTCGGGTGACGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCCCAAATCGGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGAAAGAAGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104435 GTGCCCAAATCGGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGAAAGAAGAGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGGAGGAAAAGGAGGAGGAAGAGGGTCAAGGTCAGCCAACAGGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104485 AGAGGAGGAAAAGGAGGAGGAAGAGGGTCAAGGTCAGCCAACAGGCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGGTGGCAGAAATTGCAGATCATGAGTGAATACCTGTGGGATCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104535 CCTGGTGGCAGAAATTGCAGATCATGAGTGAATACCTGTGGGATCCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGAAGGATGTTTCTGGCCCGAACAGGTCAGAGTTGGA         GCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104585 AGAAGGATGTTTCTGGCCCGAACAGGTCAGAGTTGGAGTA...CAGGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATCTTACTCATTTACTTCTTCTTCTATGCCTCCTTGGCTGCTGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108551 GATCTTACTCATTTACTTCTTCTTCTATGCCTCCTTGGCTGCTGTGATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCTCTGCATGTACACACTATTTCTGACCATCAGTCCCTATATACCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108601 CCCTCTGCATGTACACACTATTTCTGACCATCAGTCCCTATATACCAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCACGGAGCGGGTAAAGCCTCCTG         GAGTTATGATCAGACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108651 TTCACGGAGCGGGTAAAGCCTCCTGGTG...CAGGAGTTATGATCAGACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCGCCCATAGCCTTAACTTCAACTTCAACGTTTCTGAACCCGACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108954 CTTCGCCCATAGCCTTAACTTCAACTTCAACGTTTCTGAACCCGACACTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCAGCATTATGTGATTAGCCTAAATGGCTTTCTCCAGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109004 GGCAGCATTATGTGATTAGCCTAAATGGCTTTCTCCAGGGTA...TAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATAATGACAGTCTTCAAGAGGAAATGAATGTAGATTGTCCCCCGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113206 TATAATGACAGTCTTCAAGAGGAAATGAATGTAGATTGTCCCCCGGGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTACTTCATCCAAGATGGCAATGAGGATGAGGACAAGAAGGCCTGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113256 GTACTTCATCCAAGATGGCAATGAGGATGAGGACAAGAAGGCCTGCCAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTAAGCGCTCCTTCCTAAAGAACTGCTCTGGTCTGGAGGACCCAACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113306 TTAAGCGCTCCTTCCTAAAGAACTGCTCTGGTCTGGAGGACCCAACTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGATACTCTACTGGACAGCCCTGCATCCTTCTAAAGATGAACCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113356 GGATACTCTACTGGACAGCCCTGCATCCTTCTAAAGATGAACCGGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760     ATTGTAGGCTTTCGTCCTGAGCTTGGAGATCCTGTGAAGGTTTCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113406 .TAGATTGTAGGCTTTCGTCCTGAGCTTGGAGATCCTGTGAAGGTTTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCAAAGTTCAG         AGAGGTGATGAAAATGACATCCGATCCATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114258 GCAAAGTTCAGGTA...CAGAGAGGTGATGAAAATGACATCCGATCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTTACTACCCAGAGTCGGCTTCTTTTGACCTCCGCTACTACCCTTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116540 AGTTACTACCCAGAGTCGGCTTCTTTTGACCTCCGCTACTACCCTTACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGGCAAACTGACTCAC         GTTAACTACACATCCCCCTTGGTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116590 CGGCAAACTGACTCACGTA...CAGGTTAACTACACATCCCCCTTGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAATGCACTTTACAGACGTGGTGAAGAACCAAGCAGTGCCTGTGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117330 CAATGCACTTTACAGACGTGGTGAAGAACCAAGCAGTGCCTGTGCAGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAACTGAAGGGCAAAGGCGTCATAAATGATGTCATCAATGATCGTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117380 CAACTGAAGGGCAAAGGCGTCATAAATGATGTCATCAATGATCGTTTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :
   1038 GGGCAGGGTAATCTTTACCCTGAACATAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117430 GGGCAGGGTAATCTTTACCCTGAACATAGAAACT