seq1 = pF1KE6371.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE6371/gi568815594f_68361820.tfa (gi568815594f:68361820_68596801), 234982 bp

>pF1KE6371 1269
>gi568815594f:68361820_68596801 (Chr4)

11-136  (100001-100126)   100% ->
137-258  (104812-104933)   100% ->
259-326  (107060-107127)   100% ->
327-490  (109641-109804)   100% ->
491-529  (112904-112942)   100% ->
530-707  (114442-114619)   100% ->
708-967  (115550-115809)   100% ->
968-1110  (117030-117172)   100% ->
1111-1269  (134824-134982)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 GGCCAGATGTGGTGAGGGCTAGGAAAAGAGTTTGTTGGGAACCCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GGCCAGATGTGGTGAGGGCTAGGAAAAGAGTTTGTTGGGAACCCTGGGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 ATCGGCCTCGTCATCTTCATATCCCTGATTGTCCTGGCAGTGTGCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCGGCCTCGTCATCTTCATATCCCTGATTGTCCTGGCAGTGTGCATTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 ACTCACTGTTCATTATGTGAGATATA         ATCAAAAGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 ACTCACTGTTCATTATGTGAGATATAGTA...TAGATCAAAAGAAGACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 ACAATTACTATAGCACATTGTCATTTACAACTGACAAACTATATGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104827 ACAATTACTATAGCACATTGTCATTTACAACTGACAAACTATATGCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 TTTGGCAGAGAGGCTTCTAACAATTTTACAGAAATGAGCCAGAGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104877 TTTGGCAGAGAGGCTTCTAACAATTTTACAGAAATGAGCCAGAGACTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 ATCAATG         GTGAAAAATGCATTTTATAAATCTCCATTAAGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104927 ATCAATGGTA...CAGGTGAAAAATGCATTTTATAAATCTCCATTAAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 AAGAATTTGTCAAGTCTCAGGTTATCAAGTTCAG         TCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107094 AAGAATTTGTCAAGTCTCAGGTTATCAAGTTCAGGTA...CAGTCAACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334 AAGCATGGAGTGTTGGCTCATATGCTGTTGATTTGTAGATTTCACTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109648 AAGCATGGAGTGTTGGCTCATATGCTGTTGATTTGTAGATTTCACTCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 TGAGGATCCTGAAACTGTAGATAAAATTGTTCAACTTGTTTTACATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109698 TGAGGATCCTGAAACTGTAGATAAAATTGTTCAACTTGTTTTACATGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434 AGCTGCAAGATGCTGTAGGACCCCCTAAAGTAGATCCTCACTCAGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109748 AGCTGCAAGATGCTGTAGGACCCCCTAAAGTAGATCCTCACTCAGTTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484 ATTAAAA         AAATCAACAAGACAGAAACAGACAGCTATCTAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109798 ATTAAAAGTA...CAGAAATCAACAAGACAGAAACAGACAGCTATCTAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525 CCATT         GCTGCGGAACACGAAGAAGTAAAACTCTAGGTCAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112938 CCATTGTA...CAGGCTGCGGAACACGAAGAAGTAAAACTCTAGGTCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    566 GTCTCAGGATCGTTGGTGGGACAGAAGTAGAAGAGGGTGAATGGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114478 GTCTCAGGATCGTTGGTGGGACAGAAGTAGAAGAGGGTGAATGGCCCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616 CAGGCTAGCCTGCAGTGGGATGGGAGTCATCGCTGTGGAGCAACCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114528 CAGGCTAGCCTGCAGTGGGATGGGAGTCATCGCTGTGGAGCAACCTTAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    666 TAATGCCACATGGCTTGTGAGTGCTGCTCACTGTTTTACAAC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114578 TAATGCCACATGGCTTGTGAGTGCTGCTCACTGTTTTACAACGTA...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708  ATATAAGAACCCTGCCAGATGGACTGCTTCCTTTGGAGTAACAATAAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115549 GATATAAGAACCCTGCCAGATGGACTGCTTCCTTTGGAGTAACAATAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757 CCTTCGAAAATGAAACGGGGTCTCCGGAGAATAATTGTCCATGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115599 CCTTCGAAAATGAAACGGGGTCTCCGGAGAATAATTGTCCATGAAAAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807 CAAACACCCATCACATGACTATGATATTTCTCTTGCAGAGCTTTCTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115649 CAAACACCCATCACATGACTATGATATTTCTCTTGCAGAGCTTTCTAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857 CTGTTCCCTACACAAATGCAGTACATAGAGTTTGTCTCCCTGATGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115699 CTGTTCCCTACACAAATGCAGTACATAGAGTTTGTCTCCCTGATGCATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    907 TATGAGTTTCAACCAGGTGATGTGATGTTTGTGACAGGATTTGGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115749 TATGAGTTTCAACCAGGTGATGTGATGTTTGTGACAGGATTTGGAGCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    957 GAAAAATGATG         GTTACAGTCAAAATCATCTTCGACAAGCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115799 GAAAAATGATGGTG...TAGGTTACAGTCAAAATCATCTTCGACAAGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    998 AGGTGACTCTCATAGACGCTACAACTTGCAATGAACCTCAAGCTTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117060 AGGTGACTCTCATAGACGCTACAACTTGCAATGAACCTCAAGCTTACAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1048 GACGCCATAACTCCTAGAATGTTATGTGCTGGCTCCTTAGAAGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117110 GACGCCATAACTCCTAGAATGTTATGTGCTGGCTCCTTAGAAGGAAAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1098 AGATGCATGCCAG         GGTGACTCTGGAGGACCACTGGTTAGTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117160 AGATGCATGCCAGGTA...TAGGGTGACTCTGGAGGACCACTGGTTAGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1139 CAGATGCTAGAGATATCTGGTACCTTGCTGGAATAGTGAGCTGGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134852 CAGATGCTAGAGATATCTGGTACCTTGCTGGAATAGTGAGCTGGGGAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1189 GAATGTGCGAAACCCAACAAGCCTGGTGTTTATACTAGAGTTACGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134902 GAATGTGCGAAACCCAACAAGCCTGGTGTTTATACTAGAGTTACGGCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :
   1239 GCGGGACTGGATTACTTCAAAAACTGGTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 134952 GCGGGACTGGATTACTTCAAAAACTGGTATC