seq1 = pF1KE6368.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE6368/gi568815596f_37244732.tfa (gi568815596f:37244732_37472824), 228093 bp

>pF1KE6368 1083
>gi568815596f:37244732_37472824 (Chr2)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-267  (108058-108204)   100% ->
268-546  (114849-115127)   100% ->
547-723  (122501-122677)   100% ->
724-823  (124954-125053)   100% ->
824-940  (127625-127741)   100% ->
941-1083  (127951-128093)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGCGGAAGACACCGGCGCGTCGTGGGCACCCTCCACCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGCGGAAGACACCGGCGCGTCGTGGGCACCCTCCACCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGTGGCCGCCCTGCCCTGGGCATCCAGGGGGGTCAGTCCGAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGTGGCCGCCCTGCCCTGGGCATCCAGGGGGGTCAGTCCGAGTGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCCTGGCCAGAGGAGAAG         AATTACCACCAGCCAGCCATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 CAGCCTGGCCAGAGGAGAAGGTG...CAGAATTACCACCAGCCAGCCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGAATTCATCGGCTCTTCGGCAAATTGCAGAAGGCACCAGTATCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108079 TTGAATTCATCGGCTCTTCGGCAAATTGCAGAAGGCACCAGTATCTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATGTGGCAAAATGACTTACAGCCATTGCTGATAGAGCGATACCCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108129 AATGTGGCAAAATGACTTACAGCCATTGCTGATAGAGCGATACCCGGGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCCTGGAAGCTATGCTGCTCGTCAG         CACATCATGCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108179 CCCCTGGAAGCTATGCTGCTCGTCAGGTG...CAGCACATCATGCAGCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCAGAGGCTTCAGGCTGACTGGGTCTTGGAAATAGACACCTTCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114864 ATTCAGAGGCTTCAGGCTGACTGGGTCTTGGAAATAGACACCTTCTTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGACACCCTATGGGTACCGGTCTTTCTCAAATATCATCAGCACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114914 TCAGACACCCTATGGGTACCGGTCTTTCTCAAATATCATCAGCACCCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCCCACTGCTAAACGACATTTGGTCCTCGCCTGCCACTATGACTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114964 ATCCCACTGCTAAACGACATTTGGTCCTCGCCTGCCACTATGACTCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATTTTTCCCACTGGAACAACAGAGTGTTTGTAGGAGCCACTGATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115014 TATTTTTCCCACTGGAACAACAGAGTGTTTGTAGGAGCCACTGATTCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGTGCCATGTGCAATGATGTTGGAACTTGCTCGTGCCTTAGACAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115064 CGTGCCATGTGCAATGATGTTGGAACTTGCTCGTGCCTTAGACAAGAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTTTCCTTAAAG         ACTGTTTCAGACTCCAAGCCAGATTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 115114 TCCTTTCCTTAAAGGTA...CAGACTGTTTCAGACTCCAAGCCAGATTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCACTCCAGCTGATCTTCTTTGATGGTGAAGAGGCTTTTCTTCACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122528 TCACTCCAGCTGATCTTCTTTGATGGTGAAGAGGCTTTTCTTCACTGGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCCTCAAGATTCTCTCTATGGGTCTCGACACTTAGCTGCAAAGATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122578 TCCTCAAGATTCTCTCTATGGGTCTCGACACTTAGCTGCAAAGATGGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGACCCCGCACCCACCTGGAGCGAGAGGCACCAGCCAACTGCATGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122628 CGACCCCGCACCCACCTGGAGCGAGAGGCACCAGCCAACTGCATGGCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724          GATTTATTGGTCTTATTGGATTTGATTGGAGCTCCAAACCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122678 GTT...CAGGATTTATTGGTCTTATTGGATTTGATTGGAGCTCCAAACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AACGTTTCCCAATTTTTTTCCAAACTCAGCCAGGTGGTTCGAAAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124995 AACGTTTCCCAATTTTTTTCCAAACTCAGCCAGGTGGTTCGAAAGACTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGCAATTG         AACATGAACTTCATGAATTGGGTTTGCTCAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 125045 AAGCAATTGGTA...CAGAACATGAACTTCATGAATTGGGTTTGCTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATCACTCTTTGGAGGGGCGGTATTTCCAGAATTACAGTTATGGAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127657 GATCACTCTTTGGAGGGGCGGTATTTCCAGAATTACAGTTATGGAGGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GATTCAGGATGACCATATTCCATTTTTAAGAAGAG         GTGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127707 GATTCAGGATGACCATATTCCATTTTTAAGAAGAGGTA...TAGGTGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGTTCTGCATCTGATACCGTCTCCTTTCCCTGAAGTCTGGCACACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127957 CAGTTCTGCATCTGATACCGTCTCCTTTCCCTGAAGTCTGGCACACCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATGACAATGAAGAAAATTTGGATGAATCAACCATTGACAATCTAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128007 GATGACAATGAAGAAAATTTGGATGAATCAACCATTGACAATCTAAACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1047 AATCCTACAAGTCTTTGTGTTGGAATATCTTCATTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128057 AATCCTACAAGTCTTTGTGTTGGAATATCTTCATTTG