seq1 = pF1KE6367.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE6367/gi568815581f_68150188.tfa (gi568815581f:68150188_68356966), 206779 bp

>pF1KE6367 1080
>gi568815581f:68150188_68356966 (Chr17)

1-283  (100001-100283)   99% ->
284-457  (100607-100780)   100% ->
458-586  (100863-100991)   100% ->
587-750  (104217-104380)   100% ->
751-927  (105513-105689)   100% ->
928-1080  (106627-106779)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAATAATACGGCACTCCGAACAGACACTAAAAACAGCTCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAATAATACGGCACTCCGAACAGACACTAAAAACAGCTCTCATCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGAACCCAGTGCTTGTATCACAGTATGAGAAATTAGATGCTGGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100051 AAAGAACCCAGTGCTTGTATCACAGTATGAGAAATTAAATGCTGGGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACGTTTAATGAATGAAGCCTTCCAGCCAGCCAGTGATCTCTTTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACGTTTAATGAATGAAGCCTTCCAGCCAGCCAGTGATCTCTTTGGACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTACCTTGCATTCTCCATCAGATTGGATCACCTCCCACCCTGAGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTACCTTGCATTCTCCATCAGATTGGATCACCTCCCACCCTGAGGCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAAGACTTTGAACAGTTCTTCAGTGATCCTTACAGAAAGACACCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAAGACTTTGAACAGTTCTTCAGTGATCCTTACAGAAAGACACCCTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAAACAAACGCAGCATTTATATACAGTCCATTG         GCTCTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100251 CAAACAAACGCAGCATTTATATACAGTCCATTGGTA...TAGGCTCTCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAAACACCAGAATTATCAGTGAAGAATATATTAAATGGCTCACGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100615 GGAAACACCAGAATTATCAGTGAAGAATATATTAAATGGCTCACGGGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGTAAAGCATATTTCTATGGCTTGAGAGTAAAACTCCTAGAACCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100665 CTGTAAAGCATATTTCTATGGCTTGAGAGTAAAACTCCTAGAACCAGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGTTTCTGTAACAAGATGTTCCTTTAGAGTCAATGAGAACACACACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100715 CTGTTTCTGTAACAAGATGTTCCTTTAGAGTCAATGAGAACACACACAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTACAAATTCATGCAG         GGGACATCCTGAAGTTCTTGAAAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100765 CTACAAATTCATGCAGGTG...TAGGGGACATCCTGAAGTTCTTGAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAAGAAACCTGAAGATGCCTTCTGTGTTGTGGGAATAACAATGATTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100888 GAAGAAACCTGAAGATGCCTTCTGTGTTGTGGGAATAACAATGATTGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTTACCCAAGAGACTCGTGGAATTTTGTCTTTGGACAGGCCTCTTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100938 TTTACCCAAGAGACTCGTGGAATTTTGTCTTTGGACAGGCCTCTTTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATG         GTGTGGGGATATTCAGCTTTGCCAGGTATGGCAGTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100988 GATGGTA...TAGGTGTGGGGATATTCAGCTTTGCCAGGTATGGCAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTTTATAGCATGCACTATAAAGGCAAAGTGAAGAAGCTCAAGAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104254 TTTTTATAGCATGCACTATAAAGGCAAAGTGAAGAAGCTCAAGAAAACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTTCAAGTGACTATTCAATTTTCGACAACTATTATATTCCAGAAATAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104304 CTTCAAGTGACTATTCAATTTTCGACAACTATTATATTCCAGAAATAACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGTGTTTTACTACTTCGATCCTGTAAG         ACTTTAACCCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104354 AGTGTTTTACTACTTCGATCCTGTAAGGTA...CAGACTTTAACCCATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATCGGACACATATTTGGACTGCGACACTGCCAGTGGCTTGCATGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105527 GATCGGACACATATTTGGACTGCGACACTGCCAGTGGCTTGCATGCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGCAAGGCTCCAACCACTTGGAAGAAGCTGACCGGCGCCCTCTAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105577 TGCAAGGCTCCAACCACTTGGAAGAAGCTGACCGGCGCCCTCTAAACCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGCCCTATCTGTTTGCACAAGTTGCAGTGTGCTGTTGGCTTCAGCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105627 TGCCCTATCTGTTTGCACAAGTTGCAGTGTGCTGTTGGCTTCAGCATTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGAAAGATACAAA         GCACTGGTGAGGTGGATTGATGATGAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105677 AGAAAGATACAAAGTA...CAGGCACTGGTGAGGTGGATTGATGATGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTTCTGACACACCTGGAGCAACTCCAGAACACAGTCACGAGGATAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106655 CTTCTGACACACCTGGAGCAACTCCAGAACACAGTCACGAGGATAATGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AATTTACCGAAACCCGTGGAAGCCTTTAAGGAATGGAAAGAGTGGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106705 AATTTACCGAAACCCGTGGAAGCCTTTAAGGAATGGAAAGAGTGGATAAT

   1100     .    :    .    :    .
   1056 AAAATGCCTGGCTGTTCTCCAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||
 106755 AAAATGCCTGGCTGTTCTCCAAAAA