seq1 = pF1KE6364.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE6364/gi568815590f_61199828.tfa (gi568815590f:61199828_61599539), 399712 bp

>pF1KE6364 1062
>gi568815590f:61199828_61599539 (Chr8)

1-455  (100001-100455)   100% ->
456-630  (176778-176952)   100% ->
631-741  (254314-254424)   100% ->
742-977  (258480-258715)   100% ->
978-1062  (299628-299712)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACCAGTCTCTCTTCTTCCAAAATATCAGAAGTTAAACACTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGACCAGTCTCTCTTCTTCCAAAATATCAGAAGTTAAACACTTGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGAGATTTGGCCAAGATGACCCATTTACAGGCTGGACTCAGTCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGAGATTTGGCCAAGATGACCCATTTACAGGCTGGACTCAGTCCAGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTATAGAGAAAGCTCGCCTGGAACTGAATGAAAACCCCGATGTTTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTATAGAGAAAGCTCGCCTGGAACTGAATGAAAACCCCGATGTTTTACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGATATTCAGCAAGTCAGGGACATGATCATCACCAGGCCTGACATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGATATTCAGCAAGTCAGGGACATGATCATCACCAGGCCTGACATTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATTTTTACGTACAGATGATGCCTTCATCCTGAGATTTCTCCGAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATTTTTACGTACAGATGATGCCTTCATCCTGAGATTTCTCCGAGCCAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTTTCACCAAGCGGATGCCTTTAGACTCCTGGCTCAGTATTTCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTTTCACCAAGCGGATGCCTTTAGACTCCTGGCTCAGTATTTCCAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCCAGCTAAACCTGGACATGTTCAAAAACTTCAAGGCAGATGATCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCCAGCTAAACCTGGACATGTTCAAAAACTTCAAGGCAGATGATCCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATTAAGAGGGCTCTGATCGATGGGTTCCCCGGGGTGCTGGAAAACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATTAAGAGGGCTCTGATCGATGGGTTCCCCGGGGTGCTGGAAAACCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCATTACGGCAGGAAGATTCTTTTGCTGTTTGCAGCCAATTGGGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCATTACGGCAGGAAGATTCTTTTGCTGTTTGCAGCCAATTGGGATCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGTAG         GAACTCCTTCACAGACATCCTTCGTGCCATCCTGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTAGGTA...CAGGAACTCCTTCACAGACATCCTTCGTGCCATCCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCATTGGAAGTCCTAATCGAAGATCCGGAGCTTCAGATAAATGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176814 GTCATTGGAAGTCCTAATCGAAGATCCGGAGCTTCAGATAAATGGCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTTTAATTATAGACTGGAGTAATTTTTCCTTCAAACAAGCCTCCAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176864 TTTTAATTATAGACTGGAGTAATTTTTCCTTCAAACAAGCCTCCAAACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACACCTTCAATCCTTAAACTGGCCATTGAAGGGTTGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 176914 ACACCTTCAATCCTTAAACTGGCCATTGAAGGGTTGCAGGTA...CAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGCTTTCCTGCCCGCTTTGGAGGAGTCCACTTTGTCAACCAGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254316 CAGCTTTCCTGCCCGCTTTGGAGGAGTCCACTTTGTCAACCAGCCCTGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACATTCATGCCCTCTACACACTCATCAAGCCATTTCTTAAAGACAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254366 ACATTCATGCCCTCTACACACTCATCAAGCCATTTCTTAAAGACAAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGGAAACGG         ATTTTCCTGCATGGAAACAATTTAAACAGCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 254416 AGGAAACGGGTA...CAGATTTTCCTGCATGGAAACAATTTAAACAGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCACCAGCTAATACACCCTGAATTTTTGCCCTCTGAATTTGGAGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258512 TCACCAGCTAATACACCCTGAATTTTTGCCCTCTGAATTTGGAGGAACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTCCTCCTTATGACATGGGAACTTGGGCCCGGACGTTACTCGGTCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258562 TTCCTCCTTATGACATGGGAACTTGGGCCCGGACGTTACTCGGTCCCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TACAGCGATGAAAATGACTATACTCACACATCCTATAATGCAATGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258612 TACAGCGATGAAAATGACTATACTCACACATCCTATAATGCAATGCACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GAAGCATACGTCCTCGAATCTGGAGAGAGAATGCTCACCCAAGCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258662 GAAGCATACGTCCTCGAATCTGGAGAGAGAATGCTCACCCAAGCTGATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAAG         ATCTCAGTCTGTGGTAGAAGCTGGGACCCTGAAACAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258712 AAAGGTA...TAGATCTCAGTCTGTGGTAGAAGCTGGGACCCTGAAACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1015 GAGGAGAAGGGAGAGAATGAGAACACCCAGCCACTCCTGGCTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299665 GAGGAGAAGGGAGAGAATGAGAACACCCAGCCACTCCTGGCTCTGGAC