seq1 = pF1KE6363.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KE6363/gi568815595f_112463404.tfa (gi568815595f:112463404_112682733), 219330 bp

>pF1KE6363 1272
>gi568815595f:112463404_112682733 (Chr3)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-229  (105768-105866)   100% ->
230-360  (107137-107267)   100% ->
361-428  (110486-110553)   100% ->
429-1209  (117143-117923)   100% ->
1210-1272  (119268-119330)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAAACAGTGCTGTAGTCATCCTGTAATATGCTCCTTGTCAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAAACAGTGCTGTAGTCATCCTGTAATATGCTCCTTGTCAACAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTATACATTCCTGCTAGGTGCCATATTCATTGCTTTAAGCTCAAGTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTATACATTCCTGCTAGGTGCCATATTCATTGCTTTAAGCTCAAGTCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTACTAGTGAAGTATTCTGCCAATGAAG         AAAACAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TCTTACTAGTGAAGTATTCTGCCAATGAAGGTA...CAGAAAACAAGTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATTATCTTCCAACTACTGTGAATGTGTGCTCAGAACTGGTGAAGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105779 GATTATCTTCCAACTACTGTGAATGTGTGCTCAGAACTGGTGAAGCTAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTCTGTGTGCTTGTGTCATTCTGTGTTATAAAGAAAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105829 TTTCTGTGTGCTTGTGTCATTCTGTGTTATAAAGAAAGGTA...AAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCAAAGTAGAAATTTGAAATATGCTTCCTGGAAGGAATTCTCTGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107140 ATCAAAGTAGAAATTTGAAATATGCTTCCTGGAAGGAATTCTCTGATTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGAAGTGGTCCATTCCTGCCTTTCTTTATTTCCTGGATAACTTGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107190 ATGAAGTGGTCCATTCCTGCCTTTCTTTATTTCCTGGATAACTTGATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCTATGTCCTGTCCTATCTTCAACCA         GCCATGGCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107240 CTTCTATGTCCTGTCCTATCTTCAACCAGTA...TAGGCCATGGCTGTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTTCTCAAATTTTAGCATTATAACAACAGCTCTTCTATTCAGGATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110499 TCTTCTCAAATTTTAGCATTATAACAACAGCTCTTCTATTCAGGATAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGAA         GAGGCGTCTAAACTGGATCCAGTGGGCTTCCCTCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110549 CTGAAGTA...CAGGAGGCGTCTAAACTGGATCCAGTGGGCTTCCCTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACTTTATTTTTGTCTATTGTGGCCTTGACTGCCGGGACTAAAACTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117179 GACTTTATTTTTGTCTATTGTGGCCTTGACTGCCGGGACTAAAACTTTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCACAACTTGGCAGGACGTGGATTTCATCACGATGCCTTTTTCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117229 AGCACAACTTGGCAGGACGTGGATTTCATCACGATGCCTTTTTCAGCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCAATTCCTGCCTTCTTTTCAGAAGTGAGTGTCCCAGAAAAGACAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117279 TCCAATTCCTGCCTTCTTTTCAGAAGTGAGTGTCCCAGAAAAGACAATTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TACAGCAAAGGAATGGACTTTTCCTGAAGCTAAATGGAACACCACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117329 TACAGCAAAGGAATGGACTTTTCCTGAAGCTAAATGGAACACCACAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGTTTTCAGTCACATCCGTCTTGGCATGGGCCATGTTCTTATTATAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117379 GAGTTTTCAGTCACATCCGTCTTGGCATGGGCCATGTTCTTATTATAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGTGTTTTATTTCTTCAATGGCTAATATCTATAATGAAAAGATACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117429 CAGTGTTTTATTTCTTCAATGGCTAATATCTATAATGAAAAGATACTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAAGGGAACCAGCTCACTGAAAGCATCTTCATACAGAACAGCAAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117479 GGAAGGGAACCAGCTCACTGAAAGCATCTTCATACAGAACAGCAAACTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATTTCTTTGGCATTCTGTTTAATGGGCTGACTCTGGGCCTTCAGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117529 ATTTCTTTGGCATTCTGTTTAATGGGCTGACTCTGGGCCTTCAGAGGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACCGTGATCAGATTAAGAACTGTGGATTTTTTTATGGCCACAGTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117579 AACCGTGATCAGATTAAGAACTGTGGATTTTTTTATGGCCACAGTGCATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTCAGTAGCCCTTATTTTTGTAACTGCATTCCAGGGCCTTTCAGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117629 TTCAGTAGCCCTTATTTTTGTAACTGCATTCCAGGGCCTTTCAGTGGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCATTCTGAAGTTCCTGGATAACATGTTCCATGTCTTGATGGCCCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117679 TCATTCTGAAGTTCCTGGATAACATGTTCCATGTCTTGATGGCCCAGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACCACTGTCATTATCACAACAGTGTCTGTCCTGGTCTTTGACTTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117729 ACCACTGTCATTATCACAACAGTGTCTGTCCTGGTCTTTGACTTCAGGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTCCCTGGAATTTTTCTTGGAAGCCCCATCAGTCCTTCTCTCTATATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117779 CTCCCTGGAATTTTTCTTGGAAGCCCCATCAGTCCTTCTCTCTATATTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TTTATAATGCCAGCAAGCCTCAAGTTCCGGAATACGCACCTAGGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117829 TTTATAATGCCAGCAAGCCTCAAGTTCCGGAATACGCACCTAGGCAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AGGATCCGAGATCTAAGTGGCAATCTTTGGGAGCGTTCCAGTGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117879 AGGATCCGAGATCTAAGTGGCAATCTTTGGGAGCGTTCCAGTGGGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210     GATGGAGAAGAACTAGAAAGACTTACCAAACCCAAGAGTGATGAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117929 .TAGGATGGAGAAGAACTAGAAAGACTTACCAAACCCAAGAGTGATGAGT

   1300     .    :    .
   1256 CCGATGAAGATACTTTC
        | |||||||||||||||
 119314 CAGATGAAGATACTTTC