seq1 = pF1KE6361.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KE6361/gi568815586f_50742965.tfa (gi568815586f:50742965_50987510), 244546 bp

>pF1KE6361 1044
>gi568815586f:50742965_50987510 (Chr12)

1-187  (100001-100190)   97% ->
188-383  (100878-101073)   100% ->
384-652  (115821-116089)   100% ->
653-795  (142282-142424)   100% ->
796-1044  (144298-144546)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCTGGGGCTCCTGAGCGTGGCGCTGTTGTTTGTGGGGAGCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCTGGGGCTCCTGAGCGTGGCGCTGTTGTTTGTGGGGAGCTCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTATACTCAGACCACTACTCGCCCTCTGGAAGGCACAGGCTCGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTATACTCAGACCACTACTCGCCCTCTGGAAGGCACAGGCTCGGCCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCGGAACCGGCGGCTAGTTCCCAGCAGGCTGAGGCCGTCCGCAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCGGAACCGGCGGCTAGTTCCCAGCAGGCTGAGGCCGTCCGCAAGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCGGCGGCGGAGGGAGGGAGGGGCGCATGCA AAGG           A
        |||||||||||||||||||||||||||||||||-| ||-->>>...>>>|
 100151 CTCCGGCGGCGGAGGGAGGGAGGGGCGCATGCAGAGGGCAGTA...TAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189 TTGTGGAACAGCACCGCTTAAGGATGTGTTGCAAGGGTCTCGGATTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100879 TTGTGGAACAGCACCGCTTAAGGATGTGTTGCAAGGGTCTCGGATTATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239 GGGGCACCGAAGCACAAGCTGGCGCATGGCCGTGGGTGGTGAGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100929 GGGGCACCGAAGCACAAGCTGGCGCATGGCCGTGGGTGGTGAGCCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 ATTAAATATGGCCGTGTTCTTGTTCATGTATGTGGGGGAACCCTAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100979 ATTAAATATGGCCGTGTTCTTGTTCATGTATGTGGGGGAACCCTAGTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 AGAGAGGTGGGTCCTCACAGCTGCCCACTGCACTAAAGACGCTAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101029 AGAGAGGTGGGTCCTCACAGCTGCCCACTGCACTAAAGACGCTAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384     CGATCCTTTAATGTGGACAGCTGTGATTGGAACTAATAATATACAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101079 .CAGCGATCCTTTAATGTGGACAGCTGTGATTGGAACTAATAATATACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 GGACGCTATCCTCATACCAAGAAGATAAAAATTAAAGCAATCATTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115867 GGACGCTATCCTCATACCAAGAAGATAAAAATTAAAGCAATCATTATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 TCCAAACTTCATTTTGGAATCTTATGTAAATGATATTGCACTTTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115917 TCCAAACTTCATTTTGGAATCTTATGTAAATGATATTGCACTTTTTCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 TAAAAAAAGCAGTGAGGTATAATGACTATATTCAGCCTATTTGCCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115967 TAAAAAAAGCAGTGAGGTATAATGACTATATTCAGCCTATTTGCCTACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 TTTGATGTTTTCCAAATCCTGGACGGAAACACAAAGTGTTTTATAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116017 TTTGATGTTTTCCAAATCCTGGACGGAAACACAAAGTGTTTTATAAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 CTGGGGAAGAACAAAAGAAGAAG         GTAACGCTACAAATATTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116067 CTGGGGAAGAACAAAAGAAGAAGGTA...CAGGTAACGCTACAAATATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    671 TACAAGATGCAGAAGTGCATTATATTTCTCGAGAGATGTGTAATTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142300 TACAAGATGCAGAAGTGCATTATATTTCTCGAGAGATGTGTAATTCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721 AGGAGTTATGGGGGAATAATTCCTAACACTTCATTTTGTGCAGGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142350 AGGAGTTATGGGGGAATAATTCCTAACACTTCATTTTGTGCAGGTGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    771 AGATGGAGCTTTTGATACTTGCAGG         GGTGACAGTGGGGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 142400 AGATGGAGCTTTTGATACTTGCAGGGTA...CAGGGTGACAGTGGGGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812 CATTAATGTGCTACTTACCAGAATATAAAAGATTTTTTGTAATGGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144314 CATTAATGTGCTACTTACCAGAATATAAAAGATTTTTTGTAATGGGAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862 ACCAGTTACGGACATGGCTGTGGTCGAAGAGGTTTTCCTGGTGTCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144364 ACCAGTTACGGACATGGCTGTGGTCGAAGAGGTTTTCCTGGTGTCTATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 TGGGCCATCCTTCTACCAAAAGTGGCTGACAGAGCATTTCTTCCATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144414 TGGGCCATCCTTCTACCAAAAGTGGCTGACAGAGCATTTCTTCCATGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962 GCACTCAAGGCATACTTACTATAAATATTTTACGTGGCCAGATCCTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144464 GCACTCAAGGCATACTTACTATAAATATTTTACGTGGCCAGATCCTCATA

   1050     .    :    .    :    .    :
   1012 GCTTTATGTTTTGTCATCTTACTAGCAACAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 144514 GCTTTATGTTTTGTCATCTTACTAGCAACAACA