seq1 = pF1KE6354.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KE6354/gi568815595r_46612249.tfa (gi568815595r:46612249_46817824), 205576 bp

>pF1KE6354 1155
>gi568815595r:46612249_46817824 (Chr3)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-307  (100188-100388)   100% ->
308-470  (102128-102290)   100% ->
471-754  (103324-103607)   100% ->
755-921  (104758-104924)   100% ->
922-1155  (105343-105576)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCGCTGGTGCCAGACCGTCGCGCGCGGGCAGCGCCCCCGGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCGCTGGTGCCAGACCGTCGCGCGCGGGCAGCGCCCCCGGACGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCCCTCCCGCGCCGGTGCCCTGCTGCTGCTGCTTCTGTTGCTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCCCTCCCGCGCCGGTGCCCTGCTGCTGCTGCTTCTGTTGCTGAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCAG         GTTGCTGGGGCGCAGGGGAAGCCCCGGGGGCGCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCAGGTG...CAGGTTGCTGGGGCGCAGGGGAAGCCCCGGGGGCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCACTGCTGATCCCGCCGACCAGAGCGTCCAGTGTGTCCCCAAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100223 TCCACTGCTGATCCCGCCGACCAGAGCGTCCAGTGTGTCCCCAAGGCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTCCTTCCAGCCGGCCTCGCCTTCTCTGGCAGACCCCGACCACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100273 CTGTCCTTCCAGCCGGCCTCGCCTTCTCTGGCAGACCCCGACCACCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACTGCCCTCGACCACCATGGAGACCCAATTCCCAGTTTCTGAAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100323 CACTGCCCTCGACCACCATGGAGACCCAATTCCCAGTTTCTGAAGGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCGACCCATACCGCT         CCTGTGGCTTTTCCTACGAGCAGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100373 GTCGACCCATACCGCTGTG...CAGCCTGTGGCTTTTCCTACGAGCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCACCCTCAGGGACCCAGAAGCCGTGGCTCGGCGGTGGCCCTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102153 CCCCACCCTCAGGGACCCAGAAGCCGTGGCTCGGCGGTGGCCCTGGATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAGCGTGCGGGCCAATGGCACACACATCTGTGCCGGCACCATCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102203 TCAGCGTGCGGGCCAATGGCACACACATCTGTGCCGGCACCATCATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCCCAGTGGGTGCTGACTGTGGCCCACTGCCTGATCTG         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102253 TCCCAGTGGGTGCTGACTGTGGCCCACTGCCTGATCTGGTG...TAGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGTTATCTACTCAGTGAGGGTGGGGAGTCCGTGGATTGACCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103327 TGATGTTATCTACTCAGTGAGGGTGGGGAGTCCGTGGATTGACCAGATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGCAGACCGCCTCCGATGTCCCGGTGCTCCAGGTCATCATGCATAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103377 CGCAGACCGCCTCCGATGTCCCGGTGCTCCAGGTCATCATGCATAGCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACCGGGCCCAGCGGTTCTGGTCCTGGGTGGGCCAGGCCAACGACATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103427 TACCGGGCCCAGCGGTTCTGGTCCTGGGTGGGCCAGGCCAACGACATCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTCCTCAAGCTCAAGCAGGAACTCAAGTACAGCAATTACGTGCGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103477 CCTCCTCAAGCTCAAGCAGGAACTCAAGTACAGCAATTACGTGCGGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCTGCCTGCCTGGCACGGACTATGTGTTGAAGGACCATTCCCGCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103527 TCTGCCTGCCTGGCACGGACTATGTGTTGAAGGACCATTCCCGCTGCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGACGGGCTGGGGACTTTCCAAGGCTGACG         GCATGTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103577 GTGACGGGCTGGGGACTTTCCAAGGCTGACGGTG...CAGGCATGTGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCAGTTCCGGACCATTCAGGAGAAGGAAGTCATCATCCTGAACAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104768 TCAGTTCCGGACCATTCAGGAGAAGGAAGTCATCATCCTGAACAACAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTGTGACAATTTCTACCACAACTTCACCAAAATCCCCACTCTGGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104818 AGTGTGACAATTTCTACCACAACTTCACCAAAATCCCCACTCTGGTTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCATCAAGTCCCAGATGATGTGTGCGGAGGACACCCACAGGGAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104868 ATCATCAAGTCCCAGATGATGTGTGCGGAGGACACCCACAGGGAGAAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTGCTAT         GAGCTAACTGGAGAGCCCTTGGTCTGCTCCATGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104918 CTGCTATGTG...CAGGAGCTAACTGGAGAGCCCTTGGTCTGCTCCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGGCACGTGGTACCTGGTGGGATTGGTGAGCTGGGGTGCAGGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105377 AGGGCACGTGGTACCTGGTGGGATTGGTGAGCTGGGGTGCAGGCTGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AAGAGCGAGGCCCCACCCATCTACCTACAGGTCTCCTCCTACCAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105427 AAGAGCGAGGCCCCACCCATCTACCTACAGGTCTCCTCCTACCAACACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GATCTGGGACTGCCTCAACGGGCAGGCCCTGGCCCTGCCAGCCCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105477 GATCTGGGACTGCCTCAACGGGCAGGCCCTGGCCCTGCCAGCCCCATCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGACCCTGCTCCTGGCACTCCCACTGCCCCTCAGCCTCCTTGCTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105527 GGACCCTGCTCCTGGCACTCCCACTGCCCCTCAGCCTCCTTGCTGCCCTC