seq1 = pF1KE6353.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KE6353/gi568815596r_27155327.tfa (gi568815596r:27155327_27362906), 207580 bp

>pF1KE6353 1164
>gi568815596r:27155327_27362906 (Chr2)

(complement)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-277  (103973-104154)   100% ->
278-424  (104600-104746)   100% ->
425-578  (104849-105002)   100% ->
579-777  (105555-105753)   100% ->
778-883  (106014-106119)   100% ->
884-1018  (106387-106521)   100% ->
1019-1164  (107447-107592)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCTCTCCAGCCGCTGGGGGCTTGGAGACCACTCGCCTGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCTCTCCAGCCGCTGGGGGCTTGGAGACCACTCGCCTGGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCCGGGACCGCGGTGGCGCCGGAGGCAGCCTGCGTTTGAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 CCCCCGGGACCGCGGTGGCGCCGGAGGCAGCCTGCGTTTGAAGAGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     TCTCTTCACAGAGCCCTCAGAGCCCCTCCCTGAGGAGTCCAAACCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGTCTCTTCACAGAGCCCTCAGAGCCCCTCCCTGAGGAGTCCAAACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAGATGCCCTTCCACCACTGCCACAGGGACCCCCTTCCGCCGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104019 GTGGAGATGCCCTTCCACCACTGCCACAGGGACCCCCTTCCGCCGCCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTTACCCCTGAGAGGCTGCATGCACGGAGGCAGCTATATGCTGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104069 CCTTACCCCTGAGAGGCTGCATGCACGGAGGCAGCTATATGCTGCCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGTTTGCTTTGTCTTCATGGCTGGGGAGGTGGTCG         GCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104119 CCGTTTGCTTTGTCTTCATGGCTGGGGAGGTGGTCGGTA...CAGGCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATCTGGCACACAGCCTGGCCATCATGACCGATGCAGCCCACTTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104605 TATCTGGCACACAGCCTGGCCATCATGACCGATGCAGCCCACTTGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGATGTGGGCAGCATGATGGGCAGCCTCTTCTCCCTCTGGCTCTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104655 GGATGTGGGCAGCATGATGGGCAGCCTCTTCTCCCTCTGGCTCTCCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCCAGCCACCCGCACCATGACCTTTGGCTGGCACCGTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104705 GTCCAGCCACCCGCACCATGACCTTTGGCTGGCACCGTTCAGGTA...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  AGACTCTGGGGGCTTTGGCCTCTGTGGTCTCCCTCTGGATGGTCACTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104848 GAGACTCTGGGGGCTTTGGCCTCTGTGGTCTCCCTCTGGATGGTCACTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCCTCCTGTACCTGGCCTTCGTCCGCCTGCTGCACAGCGACTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104898 CATCCTCCTGTACCTGGCCTTCGTCCGCCTGCTGCACAGCGACTACCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCGAGGGGGGTGCCATGCTGCTGACCGCCAGCATCGCAGTCTGTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104948 TCGAGGGGGGTGCCATGCTGCTGACCGCCAGCATCGCAGTCTGTGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGTT         AATGGCCTTTGTGCTGCACCAGGCTGGGCCCCCCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104998 CTGTTGTA...CAGAATGGCCTTTGTGCTGCACCAGGCTGGGCCCCCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCCACGGGTCTAGGGGAGCAGAGTATGCACCGCTGGAGGAGGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105591 CAGCCACGGGTCTAGGGGAGCAGAGTATGCACCGCTGGAGGAGGGGCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGAGCCCCTGCCCCTGGGGAACACCAGCGTCCGGGCGGCATTTGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105641 AAGAGCCCCTGCCCCTGGGGAACACCAGCGTCCGGGCGGCATTTGTGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGCTGGGGGACCTCCTGCAGAGCTTTGGGGTACTGGCTGCCTCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105691 GTGCTGGGGGACCTCCTGCAGAGCTTTGGGGTACTGGCTGCCTCCATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATCTACTTCAAG         CCTCAATACAAGGCAGCCGACCCCATCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105741 CATCTACTTCAAGGTA...CAGCCTCAATACAAGGCAGCCGACCCCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCACCTTCCTCTTCTCCATCTGTGCCCTTGGATCCACCGCTCCCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 GCACCTTCCTCTTCTCCATCTGTGCCCTTGGATCCACCGCTCCCACCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGAGACGTTCTTCGAATCCTCATGGAAG         GTACCCCCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106092 CGAGACGTTCTTCGAATCCTCATGGAAGGTG...CAGGTACCCCCCGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTGGGGTTCGAACCTGTGCGGGATACGCTGTTGTCGGTGCCAGGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106400 TGTGGGGTTCGAACCTGTGCGGGATACGCTGTTGTCGGTGCCAGGAGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGGCAACCCATGAGCTGCACCTGTGGGCCCTTACGCTCACTTACCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106450 GGGCAACCCATGAGCTGCACCTGTGGGCCCTTACGCTCACTTACCATGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCCTCTGCACACCTGGCCATCG         ACTCCACCGCTGACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106500 GCCTCTGCACACCTGGCCATCGGTG...CAGACTCCACCGCTGACCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCCGTCCTGGCTGAAGCCTCATCCCGGCTCTACTCCCGGTTTGGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107466 AGCCGTCCTGGCTGAAGCCTCATCCCGGCTCTACTCCCGGTTTGGATTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAGCTGCACCCTGCAGGTCGAGCAGTATCAGCCGGAGATGGCCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107516 CCAGCTGCACCCTGCAGGTCGAGCAGTATCAGCCGGAGATGGCCCAGTGC

   1200     .    :    .    :    .
   1138 CTGCGCTGCCAGGAACCCCCCCAAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||
 107566 CTGCGCTGCCAGGAACCCCCCCAAGCC