seq1 = pF1KE6351.tfa, 1131 bp
seq2 = pF1KE6351/gi568815578f_31414552.tfa (gi568815578f:31414552_31669216), 254665 bp

>pF1KE6351 1131
>gi568815578f:31414552_31669216 (Chr20)

1-183  (100001-100183)   100% ->
184-282  (112933-113031)   100% ->
283-365  (123628-123710)   100% ->
366-454  (130396-130484)   100% ->
455-540  (134478-134563)   100% ->
541-666  (134656-134781)   100% ->
667-724  (135513-135570)   98% ->
725-808  (140195-140278)   100% ->
809-845  (145060-145096)   100% ->
846-948  (147083-147185)   100% ->
949-1034  (151659-151744)   100% ->
1035-1131  (154569-154665)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCGGCCCTCAGCGATCCGCATAACGGCAGTGCCGAGGCAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTCGGCCCTCAGCGATCCGCATAACGGCAGTGCCGAGGCAGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCACCAACAGCACTACGCGGCCGCCTTCCACGCCCGAGGGCATCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCACCAACAGCACTACGCGGCCGCCTTCCACGCCCGAGGGCATCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCTACGGCAGCCTCCTGCTCATGGCGCTGCTGCCCATCTTCTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCTACGGCAGCCTCCTGCTCATGGCGCTGCTGCCCATCTTCTTCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCTGCGCTCCGTACGCTGCGCCCGCGGCAAG         AATGCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100151 GCCCTGCGCTCCGTACGCTGCGCCCGCGGCAAGGTA...TAGAATGCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACATGCCTGAAACAATCACCAGCCGGGATGCCGCCCGCTTCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112941 AGACATGCCTGAAACAATCACCAGCCGGGATGCCGCCCGCTTCCCCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCGCCAGCTGCACACTCTTGGGGCTCTACCTCTTTTTCAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112991 TCGCCAGCTGCACACTCTTGGGGCTCTACCTCTTTTTCAAAGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATATTCTCCCAGGAGTACATCAACCTCCTGCTGTCCATGTATTTCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123628 ATATTCTCCCAGGAGTACATCAACCTCCTGCTGTCCATGTATTTCTTCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGGGAATCCTGGCCCTGTCCCACACCATCAG         CCCCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123678 GCTGGGAATCCTGGCCCTGTCCCACACCATCAGGTC...CAGCCCCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAATAAGTTTTTTCCAGCCAGCTTTCCAAATCGACAGTACCAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130404 TGAATAAGTTTTTTCCAGCCAGCTTTCCAAATCGACAGTACCAGCTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCACACAGGGTTCTGGGGAAAACAAGGAAG         AGATCATCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 130454 TTCACACAGGGTTCTGGGGAAAACAAGGAAGGTC...CAGAGATCATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTATGAATTTGACACCAAGGACCTGGTGTGCCTGGGCCTGAGCAGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134488 TTATGAATTTGACACCAAGGACCTGGTGTGCCTGGGCCTGAGCAGCATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGGCGTCTGGTACCTGCTGAGGAAG         CACTGGATTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 134538 TTGGCGTCTGGTACCTGCTGAGGAAGGTG...CAGCACTGGATTGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACCTTTTTGGCCTGGCCTTCTCCCTTAATGGAGTAGAGCTCCTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134671 AACCTTTTTGGCCTGGCCTTCTCCCTTAATGGAGTAGAGCTCCTGCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAACAATGTCAGCACTGGCTGCATCCTGCTGGGCGGACTCTTCATCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134721 CAACAATGTCAGCACTGGCTGCATCCTGCTGGGCGGACTCTTCATCTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGTCTTCTGG         GTATTTGGCACCAATGTGATGGTGACAGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 134771 ATGTCTTCTGGGTG...TAGGTATTTGGCACCAATGTGATGGTGACAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCAAGTTCTTCGAGGCACCAATAAAAT         TGGTGTTTCCCCA
        ||||||| ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 135543 GCCAAGTCCTTCGAGGCACCAATAAAATGTA...CAGTGGTGTTTCCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGATCTGCTGGAGAAAGGCCTCGAAGCAAACAACTTTGCCATGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140208 GGATCTGCTGGAGAAAGGCCTCGAAGCAAACAACTTTGCCATGCTGGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGGAGATGTCGTCATTCCAG         GGATCTTCATTGCCTTGCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 140258 TTGGAGATGTCGTCATTCCAGGTG...CAGGGATCTTCATTGCCTTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGCGCTTTGACATCAG         CTTGAAGAAGAATACCCACACCTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 145080 CTGCGCTTTGACATCAGGTG...CAGCTTGAAGAAGAATACCCACACCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTTCTACACCAGCTTTGCAGCCTACATCTTCGGCCTGGGCCTTACCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147107 CTTCTACACCAGCTTTGCAGCCTACATCTTCGGCCTGGGCCTTACCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCATCATGCACATCTTCAAGCATGCTCAG         CCTGCCCTCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 147157 TCATCATGCACATCTTCAAGCATGCTCAGGTG...TAGCCTGCCCTCCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TACCTGGTCCCCGCCTGCATCGGTTTTCCTGTCCTGGTGGCGCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151671 TACCTGGTCCCCGCCTGCATCGGTTTTCCTGTCCTGGTGGCGCTGGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGGAGAAGTGACAGAGATGTTCAG         TTATGAGGAGTCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 151721 GGGAGAAGTGACAGAGATGTTCAGGTA...CAGTTATGAGGAGTCAAATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CTAAGGATCCAGCGGCAGTGACAGAATCCAAAGAGGGAACAGAGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154586 CTAAGGATCCAGCGGCAGTGACAGAATCCAAAGAGGGAACAGAGGCATCA

   1200     .    :    .    :    .    :
   1102 GCATCGAAGGGGCTGGAGAAGAAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 154636 GCATCGAAGGGGCTGGAGAAGAAAGAGAAA