seq1 = pF1KE6349.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KE6349/gi568815597f_111127730.tfa (gi568815597f:111127730_111342361), 214632 bp

>pF1KE6349 1170
>gi568815597f:111127730_111342361 (Chr1)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-70  (102123-102152)   100% ->
71-272  (103013-103214)   100% ->
273-329  (103509-103565)   100% ->
330-480  (107178-107328)   100% ->
481-605  (107910-108034)   99% ->
606-735  (108295-108424)   100% ->
736-918  (111021-111203)   100% ->
919-1035  (113598-113714)   100% ->
1036-1170  (114498-114632)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGCAACCACCATGGACCAGAAGTCTCTCTGGGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGGAGCAACCACCATGGACCAGAAGTCTCTCTGGGCAGGTG...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTAGTGGTCTTGCTGCTTCTCCAGGGAG         GATCTGCCTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102124 TGTAGTGGTCTTGCTGCTTCTCCAGGGAGGTA...CAGGATCTGCCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACTGGTTTGCTACTTTACCAACTGGTCCCAGGACCGGCAGGAACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103025 AACTGGTTTGCTACTTTACCAACTGGTCCCAGGACCGGCAGGAACCAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAATTCACCCCTGAGAATATTGACCCCTTCCTATGCTCTCATCTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103075 AAATTCACCCCTGAGAATATTGACCCCTTCCTATGCTCTCATCTCATCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCATTCGCCAGCATCGAAAACAACAAGGTTATCATCAAGGACAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103125 TTCATTCGCCAGCATCGAAAACAACAAGGTTATCATCAAGGACAAGAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGTGATGCTCTACCAGACCATCAACAGTCTCAAAACCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103175 AAGTGATGCTCTACCAGACCATCAACAGTCTCAAAACCAAGTG...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATCCCAAACTGAAAATTCTCTTGTCCATTGGAGGGTACCTGTTTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103510 AATCCCAAACTGAAAATTCTCTTGTCCATTGGAGGGTACCTGTTTGGTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAAGG         GTTCCACCCTATGGTGGATTCTTCTACATCACGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103560 CAAAGGGTA...CAGGTTCCACCCTATGGTGGATTCTTCTACATCACGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGAATTCATTAACTCCATAATCCTGTTTCTGAGGAACCATAACTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107213 TGGAATTCATTAACTCCATAATCCTGTTTCTGAGGAACCATAACTTTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGACTGGATGTAAGCTGGATCTACCCAGATCAGAAAGAAAACACTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107263 GGACTGGATGTAAGCTGGATCTACCCAGATCAGAAAGAAAACACTCATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACTGTGCTGATTCAT         GAGTTAGCAGAAGCCTTTCAGAAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107313 CACTGTGCTGATTCATGTA...TAGGAGTTAGCAGAAGCCTTTCAGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACTTCACAAAATCCACCAAGGAAAGGCTTCTCTTGACTGTGGGCGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 107935 ACTTCACAAAATCCACCAAGGAAAGGCTTCTCTTGACTGCGGGCGTATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAGGGAGGCAAATGATTGATAACAGCTATCAAGTTGAGAAACTGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 GCAGGGAGGCAAATGATTGATAACAGCTATCAAGTTGAGAAACTGGCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606          AGATCTGGATTTCATCAACCTCCTGTCCTTTGACTTCCATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108035 GTG...TAGAGATCTGGATTTCATCAACCTCCTGTCCTTTGACTTCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGTCTTGGGAAAAGCCCCTTATCACTGGCCACAACAGCCCTCTGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108336 GGTCTTGGGAAAAGCCCCTTATCACTGGCCACAACAGCCCTCTGAGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGGTGGCAGGACAGAGGGCCAAGCTCCTACTACAATGTG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108386 GGGTGGCAGGACAGAGGGCCAAGCTCCTACTACAATGTGGTG...TAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATATGCTGTGGGGTACTGGATACATAAGGGAATGCCATCAGAGAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111023 ATATGCTGTGGGGTACTGGATACATAAGGGAATGCCATCAGAGAAGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCATGGGCATCCCCACATATGGGCACTCCTTCACACTGGCCTCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111073 TCATGGGCATCCCCACATATGGGCACTCCTTCACACTGGCCTCTGCAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCACCGTGGGGGCCCCTGCCTCTGGCCCTGGAGCTGCTGGACCCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111123 ACCACCGTGGGGGCCCCTGCCTCTGGCCCTGGAGCTGCTGGACCCATCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAGTCTTCAGGCTTCCTGGCCTATTATGAG         ATCTGCCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111173 AGAGTCTTCAGGCTTCCTGGCCTATTATGAGGTA...CAGATCTGCCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCTGAAAGGAGCCAAGATCACGCGGCTCCAGGATCAGCAGGTTCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113608 TCCTGAAAGGAGCCAAGATCACGCGGCTCCAGGATCAGCAGGTTCCCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCAGTCAAGGGGAACCAGTGGGTGGGCTATGATGATGTGAAGAGTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113658 GCAGTCAAGGGGAACCAGTGGGTGGGCTATGATGATGTGAAGAGTATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GACCAAG         GTTCAGTTCTTAAAGAATTTAAACCTGGGAGGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113708 GACCAAGGTA...TAGGTTCAGTTCTTAAAGAATTTAAACCTGGGAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCATGATCTGGTCTATTGACATGGATGACTTCACTGGCAAATCCTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114532 CCATGATCTGGTCTATTGACATGGATGACTTCACTGGCAAATCCTGCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGGGCCCTTACCCTCTTGTCCAAGCAGTCAAGAGAAGCCTTGGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114582 CAGGGCCCTTACCCTCTTGTCCAAGCAGTCAAGAGAAGCCTTGGCTCCCT

   1250 
   1170 G
        |
 114632 G