seq1 = pF1KE6348.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KE6348/gi568815597r_19167306.tfa (gi568815597r:19167306_19282733), 115428 bp

>pF1KE6348 993
>gi568815597r:19167306_19282733 (Chr1)

(complement)

1-214  (8660-8873)   97% ->
215-402  (11799-11986)   91% ->
403-507  (12179-12283)   98% ->
508-604  (13055-13151)   95% ->
605-704  (13363-13462)   93% ->
705-834  (14033-14162)   96% ->
835-993  (15273-15431)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCGGCAGCTGTCGCGGGCCCGGCCAGCCACGGTGCTGGGCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   8660 ATGTCCCGGCAGCTGTCGCGGGCCCGGCCAGCCACGGTGCTGGGCGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGATGGGGCGCCGCATGGACGCGCCCACCAGCGCCGCAGTCACGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   8710 GGAGATGGGGCGCCGCATGGACGCGCCCACCAGCGCCGCAGTCACGCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTCCTGGAGCGCGGCCACACCGAGATAGACACGGCCTTCGTGTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
   8760 CCTTCCTGGAGCGCGGCCACACCGAGATAGACACGGCCTTCCTGTACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGGCCAGTCCGAGACCATCCTTGGCGGCCTGGGGCTCCGGCTGGGCGG
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |
   8810 GACGGCCAGTCCGAGACCATCCTTGGCGGCCTGGGGCTCCGAATGGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCGACTGCAGAG         TGAAAATTGATACCAAGGCCATTCCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>||||||||| ||||||||||| |||| 
   8860 CAGCGACTGCAGAGGTA...CAGTGAAAATTGCTACCAAGGCCAATCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTTGGGAACTCCCTGAAGCCTGACAGTCTCCGGTTCCAGCTGGAGACG
         | |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||
  11826 GGATTGGGAACTCCCTGAAGCCTGACAGTGTCCGATCCCAGCTGGAGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCACTGAAGCGGCTGCAGTGTCCCCGAGTGGACCTCTTCTACCTGCATAT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||  
  11876 TCACTGAAGCGGCTGCAGTGTCCCTGAGTGGACCTCTTCTATCTACATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCAGACCACAGCACCCCGGTGGAAGAGACACTGCGTGCCTGCCACCAGC
         || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11926 ACCTGACCACAGCGCCCCGGTGGAAGAGACACTGCGTGCCTGCCACCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCACCAGGAG         GGCAAGTTCGTGGAGCTTGGCCTCTCCAAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  11976 TGCACCAGGAGGTG...CAGGGCAAGTTCGTGGAGCTTGGCCTCTCCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATGCAGCCTGGGAAGTGGCCGAGATCTGTACCCTCTGCAAGAGCAACGG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12209 TATGCCGCCTGGGAAGTGGCCGAGATCTGTACCCTCTGCAAGAGCAACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGGATCCTGCCCACTGTCTACCAG         GGCATGTACAATGCCA
        |||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>||||||||||  ||||
  12259 CTGGATCCTGCCCACTGTGTACCAGGTG...CAGGGCATGTACAGCGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCACCCGGCAGGTGGAAACGGAGCTCTTCCCCTGCCTCAGGCACTTTGGA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13071 CCACCCGGCAGGTGGAAACGGAGCTCTTCCCCTGCCTCAGGCACTTTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGAGGTTCTATGCCTTCAACCCTCTGGCTG         GGGGCCTGCT
        |||||||||||||||| ||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  13121 CTGAGGTTCTATGCCTACAACCCTCTGGCTGGTA...CAGGGGGCCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACCGGCAAGTACAAGTATGAGGACAAGGATGGGAAACAGCCCGTGGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  13373 GACCGGCAAGTACAAGTATGAGGACAAGGACGGGAAACAGCCCGTGGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTTCTTTGGGAAT ACCTGGGCAGAGATGTACAGGAATCG         
        |||||||||||| |-| -||||||||||| |||||||||| >>>...>>>
  13423 GCTTCTTTGGGACTCAG TGGGCAGAGATCTACAGGAATCAGTT...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 CTACTGGAAGGAGCACCACTTTGAGGGCATTGCCCTGGTGGAGAAGGCCC
        || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  14033 CTTCTGGAAGGAGCACCACTTCGAGGGCATTGCCCTGGTGGAGAAGGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 TGCAGGCCGCGTATGGCGCCAGCGCCCCCAGCATGACCTCGGCCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
  14083 TGCAGGCCGCGTATGGCGCCAGCGCTCCCAGCATGACCTCGGCCGCCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 CGGTGGATGTACCACCACTCACAGCTGCAG         GGTGCCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  14133 CGGTGGATGTACCACCACTCACAGCTGCAGGTA...CAGGGTGCCCACGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 GGACGCGGTCATCCTGGGCATGTCCAGCCTGGAGCAGCTGGAGCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15284 GGACGCGGTCATCCTGGGCATGTCCAGCCTGGAGCAGCTGGAGCAGAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TGGCAGCGGCAGAGGAAGGGCCCCTGGAGCCGGCTGTCGTGGACGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15334 TGGCAGCGGCAGAGGAAGGGCCCCTGGAGCCGGCTGTCGTGGACGCCTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    946 AATCAAGCCTGGCATTTGGTTGCTCACGAATGTCCCAACTACTTCCGC
        |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |
  15384 AATCAAGCCTGGCATTTGTTTGCCCACGAATGTCCCAACTACTTCATC