seq1 = pF1KE6346.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KE6346/gi568815592r_44154709.tfa (gi568815592r:44154709_44356881), 202173 bp

>pF1KE6346 1296
>gi568815592r:44154709_44356881 (Chr6)

(complement)

9-205  (100001-100197)   100% ->
206-360  (100386-100540)   99% ->
361-1296  (101238-102173)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 CAGATGGTGGGCAGTGGTGGTGCTGGCTGCGTTCCCCTCCCTAGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGATGGTGGGCAGTGGTGGTGCTGGCTGCGTTCCCCTCCCTAGGGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 GTGGGGAGACTCCCGAAGCCCCTCCGGAGTCATGGACCCAGCTATGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGGGGAGACTCCCGAAGCCCCTCCGGAGTCATGGACCCAGCTATGGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 TTCCGATTTGTGGTGAATGCTGCTGGCTATGCCAGCTTTATGGTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCCGATTTGTGGTGAATGCTGCTGGCTATGCCAGCTTTATGGTACCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    159 CTACCTCCTGGTGCAGTACTTCAGGCGGAAGAACTACCTGGAGACCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100151 CTACCTCCTGGTGCAGTACTTCAGGCGGAAGAACTACCTGGAGACCGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    206       GTAGGGGCCTCTGCTTTCCCCTGGTGAAAGCTTGTGTGTTTGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ...CAGGTAGGGGCCTCTGCTTTCCCCTGGTGAAAGCTTGTGTGTTTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 AATGAGCCCAAGGCCTCTGATGAGGTTCCCCTGGCGCCCCGAACAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100430 AATGAGCCCAAGGCCTCTGATGAGGTTCCCCTGGCGCCCCGAACAGAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 GGCAGAGACCACCCCGATGTGGCAGGCCCTGAAACTGCTCTTCTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100480 GGCAGAGACCACCCCGATGTGGCAGGCCCTGAAGCTGCTCTTCTGTGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 CAGGGCTCCAG         GTGTCTTATCTGACTTGGGGTGTGCTGCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100530 CAGGGCTCCAGGTG...CAGGTGTCTTATCTGACTTGGGGTGTGCTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 GAAAGAGTGATGACCCGCAGCTATGGGGCCACAGCCACATCACCGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101268 GAAAGAGTGATGACCCGCAGCTATGGGGCCACAGCCACATCACCGGGTGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 GCGCTTTACGGACTCGCAGTTCCTGGTGCTAATGAACCGAGTGCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101318 GCGCTTTACGGACTCGCAGTTCCTGGTGCTAATGAACCGAGTGCTGGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 TGATTGTGGCTGGCCTCTCCTGTGTTCTCTGCAAGCAGCCCCGGCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101368 TGATTGTGGCTGGCCTCTCCTGTGTTCTCTGCAAGCAGCCCCGGCATGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541 GCACCCATGTACCGGTACTCCTTTGCCAGCCTGTCCAATGTGCTTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101418 GCACCCATGTACCGGTACTCCTTTGCCAGCCTGTCCAATGTGCTTAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591 CTGGTGCCAATACGAAGCTCTTAAGTTCGTCAGCTTCCCCACCCAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101468 CTGGTGCCAATACGAAGCTCTTAAGTTCGTCAGCTTCCCCACCCAGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 TGGCCAAGGCCTCTAAGGTGATCCCTGTCATGCTGATGGGAAAGCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101518 TGGCCAAGGCCTCTAAGGTGATCCCTGTCATGCTGATGGGAAAGCTTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 TCTCGGCGCAGCTACGAACACTGGGAGTACCTGACAGCCACCCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101568 TCTCGGCGCAGCTACGAACACTGGGAGTACCTGACAGCCACCCTCATCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 CATTGGGGTCAGCATGTTTCTGCTATCCAGCGGACCAGAGCCCCGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101618 CATTGGGGTCAGCATGTTTCTGCTATCCAGCGGACCAGAGCCCCGCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791 CCCCAGCCACCACACTCTCAGGCCTCATCTTACTGGCAGGTTATATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101668 CCCCAGCCACCACACTCTCAGGCCTCATCTTACTGGCAGGTTATATTGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 TTTGACAGCTTCACCTCAAACTGGCAGGATGCCCTGTTTGCCTATAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101718 TTTGACAGCTTCACCTCAAACTGGCAGGATGCCCTGTTTGCCTATAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891 GTCATCGGTGCAGATGATGTTTGGGGTCAATTTCTTCTCCTGCCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101768 GTCATCGGTGCAGATGATGTTTGGGGTCAATTTCTTCTCCTGCCTCTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 CAGTGGGCTCACTGCTAGAACAGGGGGCCCTACTGGAGGGAACCCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101818 CAGTGGGCTCACTGCTAGAACAGGGGGCCCTACTGGAGGGAACCCGCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991 ATGGGGCGACACAGTGAGTTTGCTGCCCATGCCCTGCTACTCTCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101868 ATGGGGCGACACAGTGAGTTTGCTGCCCATGCCCTGCTACTCTCCATCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1041 CTCCGCATGTGGCCAGCTCTTCATCTTTTACACCATTGGGCAGTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101918 CTCCGCATGTGGCCAGCTCTTCATCTTTTACACCATTGGGCAGTTTGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 CTGCCGTCTTCACCATCATCATGACCCTCCGCCAGGCCTTTGCCATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101968 CTGCCGTCTTCACCATCATCATGACCCTCCGCCAGGCCTTTGCCATCCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 CTTTCCTGCCTTCTCTATGGCCACACTGTCACTGTGGTGGGAGGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102018 CTTTCCTGCCTTCTCTATGGCCACACTGTCACTGTGGTGGGAGGGCTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 GGTGGCTGTGGTCTTTGCTGCCCTCCTGCTCAGAGTCTACGCGCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102068 GGTGGCTGTGGTCTTTGCTGCCCTCCTGCTCAGAGTCTACGCGCGGGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 GTCTAAAGCAACGGGGAAAGAAGGCTGTGCCTGTTGAGTCTCCTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102118 GTCTAAAGCAACGGGGAAAGAAGGCTGTGCCTGTTGAGTCTCCTGTGCAG

   1300     .
   1291 AAGGTT
        ||||||
 102168 AAGGTT