seq1 = pF1KE6344.tfa, 1065 bp
seq2 = pF1KE6344/gi568815596r_239861121.tfa (gi568815596r:239861121_240125301), 264181 bp

>pF1KE6344 1065
>gi568815596r:239861121_240125301 (Chr2)

(complement)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-244  (102962-103130)   99% ->
245-460  (103890-104105)   100% ->
461-547  (106663-106749)   100% ->
548-669  (110442-110563)   100% ->
670-749  (113606-113685)   100% ->
750-804  (117932-117986)   98% ->
805-890  (120007-120092)   100% ->
891-999  (135120-135228)   100% ->
1000-1065  (164116-164181)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTGCGGCTCCTGAAGCTGGCAGCGACGTCCGCGTCCGCCCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTGCGGCTCCTGAAGCTGGCAGCGACGTCCGCGTCCGCCCGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGGCGGCGGGCGCCCAGCGCGTG         AGAGGAATTCATAGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 CGTGGCGGCGGGCGCCCAGCGCGTGGTG...CAGAGAGGAATTCATAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGTGCAGTGCAAGCTGCGCTATGGAATGTGGCATTTCCTACTTGGGGAT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102978 GTGTGCAGTGCAAACTGCGCTATGGAATGTGGCATTTCCTACTTGGGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGCAAGCAAAAGACTGACAGAACGCAGCAGAGTGATAACTGTAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103028 AAAGCAAGCAAAAGACTGACAGAACGCAGCAGAGTGATAACTGTAGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATATATGTACTGGAAAAGGCAAACTTGCAAAAGAAATAGCAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103078 CAATATATGTACTGGAAAAGGCAAACTTGCAAAAGAAATAGCAGAGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAG         GCTTCAAGCACTTTCCTGAAGCGGGGATTCATTATCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103128 TAGGTA...CAGGCTTCAAGCACTTTCCTGAAGCGGGGATTCATTATCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAGTACCACAGGAGATGGGAAGCCCCTCGCCACCGACTATAATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103928 GACAGTACCACAGGAGATGGGAAGCCCCTCGCCACCGACTATAATGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGTAGTTTGGAGAAATTTTACGATGATCCGAGAAGCAATGATGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103978 CTGTAGTTTGGAGAAATTTTACGATGATCCGAGAAGCAATGATGGCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTTACCGCCTGCAGTCCTGGTTGTACAGCAGTCGCCTGCTGCAGTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104028 GTTACCGCCTGCAGTCCTGGTTGTACAGCAGTCGCCTGCTGCAGTACTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGCCTTGGAGCACTTGCTGACCACAG         GACAAGGTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104078 GATGCCTTGGAGCACTTGCTGACCACAGGTG...CAGGACAAGGTGTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTGGAGCGCTCCATCTTCAGTGACTTTGTGTTCCTGGAGGCGATGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106676 GTTGGAGCGCTCCATCTTCAGTGACTTTGTGTTCCTGGAGGCGATGTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCAGGGATTCATCCGAAAGCAGT         GTGTGGACCACTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106726 ACCAGGGATTCATCCGAAAGCAGTGTG...CAGGTGTGGACCACTACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGTGAAGAGCGTCACCATCTGCGATTACCTGCCCCCCCACCTGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110459 GAGGTGAAGAGCGTCACCATCTGCGATTACCTGCCCCCCCACCTGGTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTACATCGATGTGCCCGTTCCAGAGGTCCAGAGGCGGATTCAGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110509 TTACATCGATGTGCCCGTTCCAGAGGTCCAGAGGCGGATTCAGAAGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGAT         CCACATGAAATGAAGATCACCTCTGCCTATCTACAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110559 GAGATGTA...TAGCCACATGAAATGAAGATCACCTCTGCCTATCTACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACATTGAGAATGCCTATAAGAAAACCTTTCTCCCTGAGATGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113642 GACATTGAGAATGCCTATAAGAAAACCTTTCTCCCTGAGATGAGGTG...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750    TGAAAAATGTGAGGTTTTACAGTATTCTGCAAGGGAAGCTCAAGATT
        >>>||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 117929 CAGTGAAAAATGTGAGGTTTTACAATATTCTGCAAGGGAAGCTCAAGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAAAAAAG         GTGGTAGAGGACATTGAATACCTGAAGTTCGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117979 CAAAAAAGGTA...TAGGTGGTAGAGGACATTGAATACCTGAAGTTCGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAAGGGCCGTGGCTCAAGCAGGACAATCGCACTTTATACCACCTGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120040 AAAGGGCCGTGGCTCAAGCAGGACAATCGCACTTTATACCACCTGCGATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACT         GGTTCAGGATAAGTTTGAGGTGCTGAATTACACAAGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120090 ACTGTA...TAGGGTTCAGGATAAGTTTGAGGTGCTGAATTACACAAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTCCTATCTTTCTCCCGGAAGTCACCATTGGAGCTCATCAGACTGACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135158 TTCCTATCTTTCTCCCGGAAGTCACCATTGGAGCTCATCAGACTGACCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTCTTACATCAGTTCAGAGAG         CTGCCGGGCCGCAAGTACAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 135208 GTCTTACATCAGTTCAGAGAGGTA...CAGCTGCCGGGCCGCAAGTACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1020 CCCTGGGTACAACACCGAGGTGGGAGACAAGTGGATCTGGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164136 CCCTGGGTACAACACCGAGGTGGGAGACAAGTGGATCTGGCTGAAG