seq1 = pF1KE6340.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KE6340/gi568815586r_90951349.tfa (gi568815586r:90951349_91156281), 204933 bp

>pF1KE6340 1056
>gi568815586r:90951349_91156281 (Chr12)

(complement)

1-886  (100001-100886)   99% ->
887-1056  (104764-104933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGCACAATCTGTTTCATCATGTGGGTGTTATTCATAACAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGCACAATCTGTTTCATCATGTGGGTGTTATTCATAACAGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGTGGTCTAGAAGTGTAAGGCAGGTCTATGAAGTACATGATTCAGATG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGTGGTCTAGAAGTGTGAGGCAGGTCTATGAAGTACATGATTCAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTGGACTATTCATGACTTCGAGTGTCCCATGGAATGTTTCTGCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTGGACTATTCATGACTTCGAGTGTCCCATGGAATGTTTCTGCCCACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTTTTCCTACTGCTTTATATTGTGAAAATAGAGGTCTCAAAGAAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTTTTCCTACTGCTTTATATTGTGAAAATAGAGGTCTCAAAGAAATTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTATTCCTTCAAGAATTTGGTATCTTTATCTTCAAAACAACCTGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTATTCCTTCAAGAATTTGGTATCTTTATCTTCAAAACAACCTGATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAACCATTCCTGAAAAGCCATTTGAGAATGCCACCCAGCTAAGATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAACCATTCCTGAAAAGCCATTTGAGAATGCCACCCAGCTAAGATGGATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATCTAAACAAGAACAAAATAACCAACTACGGAATTGAAAAAGGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATCTAAACAAGAACAAAATAACCAACTACGGAATTGAAAAAGGAGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAGCCAGCTGAAGAAGTTGCTCTTCTTATTTCTGGAAGATAATGAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAGCCAGCTGAAGAAGTTGCTCTTCTTATTTCTGGAAGATAATGAGCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGAGGTACCTTCTCCATTGCCAAGAAGTTTAGAACAATTACAATTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGAGGTACCTTCTCCATTGCCAAGAAGTTTAGAACAATTACAATTAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGAAATAAGGTGTCCAGAATTCCTCAAGGGACCTTTAGCAATCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGAAATAAGGTGTCCAGAATTCCTCAAGGGACCTTTAGCAATCTGGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGACCCTTCTTGACCTACAGAACAACAAATTAGTGGACAATGCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGACCCTTCTTGACCTACAGAACAACAAATTAGTGGACAATGCCTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAAGAGACACTTTTAAAGGACTCAAGAATCTCATGCAGCTAAACATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAAGAGACACTTTTAAAGGACTCAAGAATCTCATGCAGCTAAACATGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAGAATGCCCTGAGGAATATGCCTCCAAGATTACCAGCCAATACAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAGAATGCCCTGAGGAATATGCCTCCAAGATTACCAGCCAATACAATGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTTGTTTTTAGACAACAATTCCATTGAAGGAATACCAGAAAATTATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTTGTTTTTAGACAACAATTCCATTGAAGGAATACCAGAAAATTATTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGTGATTCCTAAAGTGGCCTTTTTGAGACTAAATCACAACAAACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGTGATTCCTAAAGTGGCCTTTTTGAGACTAAATCACAACAAACTGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GATGAGGGTCTCCCATCAAGAGGATTTGATGTATCATCAATTCTAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GATGAGGGTCTCCCATCAAGAGGATTTGATGTATCATCAATTCTAGATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCAACTGTCGCACAATCAACTCACAAAGGTTCCCCGAATCAGTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCAACTGTCGCACAATCAACTCACAAAGGTTCCCCGAATCAGTGCTCATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCAGCACCTTCACCTTGATCATAACAAAATTAAAA         GTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100851 TGCAGCACCTTCACCTTGATCATAACAAAATTAAAAGTA...TAGGTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AATGTCTCTGTAATATGTCCCAGCCCATCCATGCTGCCTGCAGAACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104769 AATGTCTCTGTAATATGTCCCAGCCCATCCATGCTGCCTGCAGAACGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TTCCTTCAGTTATGGACCTCATCTTCGCTACCTCCGTCTGGATGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104819 TTCCTTCAGTTATGGACCTCATCTTCGCTACCTCCGTCTGGATGGAAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AAATCAAACCACCAATTCCAATGGCTTTAATGACCTGCTTCAGACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104869 AAATCAAACCACCAATTCCAATGGCTTTAATGACCTGCTTCAGACTTCTG

   1050     .    :    .
   1042 CAGGCTGTCATTATT
        |||||||||||||||
 104919 CAGGCTGTCATTATT