seq1 = pF1KE6335.tfa, 1215 bp
seq2 = pF1KE6335/gi568815589r_135833403.tfa (gi568815589r:135833403_136061162), 227760 bp

>pF1KE6335 1215
>gi568815589r:135833403_136061162 (Chr9)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-259  (105748-105868)   100% ->
260-333  (107410-107483)   100% ->
334-441  (113258-113365)   100% ->
442-544  (114792-114894)   99% ->
545-653  (115166-115274)   100% ->
654-876  (115913-116135)   100% ->
877-963  (121404-121490)   100% ->
964-1102  (122803-122941)   100% ->
1103-1215  (127648-127760)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCGTGCAGGAGGAGAAGATCTTCGCGGGCAAGGTGCTGCGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCGTGCAGGAGGAGAAGATCTTCGCGGGCAAGGTGCTGCGGCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTGCGCGTCCGACGGCGCCGAGTGGCTGGAGGAGGCCACCGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTGCGCGTCCGACGGCGCCGAGTGGCTGGAGGAGGCCACCGAGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCGGTGGAGAAGCTCAAGGAGCGCTGCCTCAAGCAC         TGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 CCTCGGTGGAGAAGCTCAAGGAGCGCTGCCTCAAGCACGTA...CAGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCATGGGAGCTTAGAAGATCCCAAAAGTATAACCCATCATAAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105751 GCTCATGGGAGCTTAGAAGATCCCAAAAGTATAACCCATCATAAATTAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACGCTGCCTCAGAGAGGGTGCTGAGTGATGCCAGGACCATCCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105801 CCACGCTGCCTCAGAGAGGGTGCTGAGTGATGCCAGGACCATCCTGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAACATCCAGGACCAAG         ATGTCCTATTATTGATAAAAAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105851 AGAACATCCAGGACCAAGGTA...TAGATGTCCTATTATTGATAAAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGTGCTCCATCACCACTTCCCAAGATGGCTGATGTCTCAGCAGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107433 CGTGCTCCATCACCACTTCCCAAGATGGCTGATGTCTCAGCAGAAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 G         AAAAAACAAGACCAGAAAGCTCCAGATAAAGAGGCCATAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107483 GGTA...TAGAAAAAACAAGACCAGAAAGCTCCAGATAAAGAGGCCATAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCGGGCCACCGCCAACCTGCCCTCCTACAACATGGACCGGGCCGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113298 TGCGGGCCACCGCCAACCTGCCCTCCTACAACATGGACCGGGCCGCGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGACCAACATGAGAGAC         TTCCAGACAGAACTCCGGAAGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113348 CAGACCAACATGAGAGACGTG...CAGTTCCAGACAGAACTCCGGAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACTGGTGTCTCTCATCGAGGTGGCGCAGAAGCTGTTAGCGCTGAACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114815 ACTGGTGTCTCTCATCGAGGTGGCGCAGAAGCTGTTAGCGCTGAACCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCGGTGGAATTGTTTAAGAAGGCGAATG         CAATGCTGGAC
        |||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114865 ATGCAGTGGAATTGTTTAAGAAGGCGAATGGTA...CAGCAATGCTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGACGAGGATGAGCGTGTGGACGAGGCTGCCCTGCGGCAGCTCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115177 GAGGACGAGGATGAGCGTGTGGACGAGGCTGCCCTGCGGCAGCTCACGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATGGGCTTTCCGGAGAACAGAGCCACCAAGGCCCTTCAGCTGAACCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115227 GATGGGCTTTCCGGAGAACAGAGCCACCAAGGCCCTTCAGCTGAACCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    654        CATGTCGGTGCCTCAGGCCATGGAGTGGCTAATTGAACACGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115277 G...CAGCATGTCGGTGCCTCAGGCCATGGAGTGGCTAATTGAACACGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGACCCGACCATAGACACGCCTCTTCCTGGCCAAGCTCCCCCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115956 GAAGACCCGACCATAGACACGCCTCTTCCTGGCCAAGCTCCCCCAGAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGAGGGGGCCACAGCAGCTGCCTCCGAGGCTGCCGCGGGAGCCAGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116006 CGAGGGGGCCACAGCAGCTGCCTCCGAGGCTGCCGCGGGAGCCAGCGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCGATGAGGAGGCCAGAGATGAGCTGACGGAAATCTTCAAGAAGATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116056 CCGATGAGGAGGCCAGAGATGAGCTGACGGAAATCTTCAAGAAGATCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGGAAAAGGGAGTTTCGGGCTGATGCTCGG         GCCGTCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116106 AGGAAAAGGGAGTTTCGGGCTGATGCTCGGGTA...TAGGCCGTCATTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTGATGGAGATGGGGTTCGACGAGAAAGAGGTGATAGATGCCCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121415 CCTGATGGAGATGGGGTTCGACGAGAAAGAGGTGATAGATGCCCTCAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAACAACAACCAGCAGAATGCCGCG         TGCGAGTGGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 121465 TGAACAACAACCAGCAGAATGCCGCGGTG...CAGTGCGAGTGGCTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGGACCGGAAGCCCTCTCCGGAGGAGCTGGACAAGGGCATCGACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122818 GGGGACCGGAAGCCCTCTCCGGAGGAGCTGGACAAGGGCATCGACCCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGTCCTCTCTTTCAGGCCATCCTGGATAACCCGGTGGTGCAGCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122868 CAGTCCTCTCTTTCAGGCCATCCTGGATAACCCGGTGGTGCAGCTGGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGACCAACCCGAAAACATTGCTAG         CATTTGAAGACATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122918 TGACCAACCCGAAAACATTGCTAGGTA...CAGCATTTGAAGACATGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGAACCCACTGAACAGCACCCAGTGGATGAATGATCCAGAAACGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127665 GAGAACCCACTGAACAGCACCCAGTGGATGAATGATCCAGAAACGGGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1170 TGTCATGCTGCAGATCTCTAGAATCTTCCAGACACTAAATCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127715 TGTCATGCTGCAGATCTCTAGAATCTTCCAGACACTAAATCGCACG