seq1 = pF1KE6333.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE6333/gi568815581r_75173454.tfa (gi568815581r:75173454_75386764), 213311 bp

>pF1KE6333 960
>gi568815581r:75173454_75386764 (Chr17)

(complement)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-288  (100306-100461)   100% ->
289-459  (103172-103342)   99% ->
460-643  (108430-108613)   100% ->
644-774  (109282-109412)   100% ->
775-960  (113126-113311)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGGCTATGACCCCAAACCAGATGGCAGGAATAACACCAAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGGCTATGACCCCAAACCAGATGGCAGGAATAACACCAAGTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGCAGTGGCTGGGTCTGTGTCTGGACTTGTTACTCGGGCGCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGCAGTGGCTGGGTCTGTGTCTGGACTTGTTACTCGGGCGCTGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCCCTTCGACGTCATCAAGATCCGTTTCCAG         CTTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 GTCCCTTCGACGTCATCAAGATCCGTTTCCAGGTA...TAGCTTCAGCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCGCCTGTCTCGCAGTGACCCCAGCGCAAAGTACCATGGCATCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100315 GAGCGCCTGTCTCGCAGTGACCCCAGCGCAAAGTACCATGGCATCCTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCTCTAGGCAGATTCTGCAGGAGGAGGGTCCGACAGCTTTCTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100365 GGCCTCTAGGCAGATTCTGCAGGAGGAGGGTCCGACAGCTTTCTGGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACACGTCCCAGCTCAGATTCTCTCCATAGGCTATGGAGCTGTCCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100415 GACACGTCCCAGCTCAGATTCTCTCCATAGGCTATGGAGCTGTCCAAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       TTCTTGTCATTTGAAATGCTGACGGAGCTGGTCCACAGAGGCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100465 ...CAGTTCTTGTCATTTGAAATGCTGACGGAGCTGGTCCACAGAGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTGTACGACGCCCGGGAATTCTCAGTGCACTTTGTATGTGGTGGCCTGG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103216 CGTGTATGACGCCCGGGAATTCTCAGTGCACTTTGTATGTGGTGGCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCCTGTATGGCCACCCTCACTGTGCACCCCGTGGATGTTCTGCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103266 CTGCCTGTATGGCCACCCTCACTGTGCACCCCGTGGATGTTCTGCGCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCTTTGCAGCTCAGGGTGAGCCCAAG         GTCTATAATACGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103316 CGCTTTGCAGCTCAGGGTGAGCCCAAGGTG...CAGGTCTATAATACGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCGCCACGCCGTGGGGACCATGTATAGGAGCGAAGGCCCCCAGGTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108444 GCGCCACGCCGTGGGGACCATGTATAGGAGCGAAGGCCCCCAGGTTTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAAAGGCTTGGCTCCCACCTTGATCGCCATCTTCCCCTACGCCGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108494 ACAAAGGCTTGGCTCCCACCTTGATCGCCATCTTCCCCTACGCCGGGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGTTCTCTTGCTACAGCTCCTTGAAGCACCTGTACAAGTGGGCCATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108544 CAGTTCTCTTGCTACAGCTCCTTGAAGCACCTGTACAAGTGGGCCATACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCCGAAGGAAAGAAAAATG         AGAACCTCCAAAACCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108594 AGCCGAAGGAAAGAAAAATGGTG...CAGAGAACCTCCAAAACCTGCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGGCAGTGGAGCTGGTGTCATCAGCAAGACCCTGACATATCCGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109303 GTGGCAGTGGAGCTGGTGTCATCAGCAAGACCCTGACATATCCGCTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCTTCAAGAAGCGGCTACAGGTTGGAGGGTTTGAGCATGCCAGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109353 CTCTTCAAGAAGCGGCTACAGGTTGGAGGGTTTGAGCATGCCAGAGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTTGGCCAG         GTACGGAGATACAAGGGCCTCATGGACTGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109403 CTTTGGCCAGGTG...CAGGTACGGAGATACAAGGGCCTCATGGACTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAAGCAGGTGCTACAAAAGGAAGGCGCCCTGGGCTTCTTCAAGGGCCTG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113157 CCAAGCAGGTGCTGCAAAAGGAAGGCGCCCTGGGCTTCTTCAAGGGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCCCCCAGCTTGCTGAAGGCTGCCCTCTCCACAGGCTTCATGTTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113207 TCCCCCAGCTTGCTGAAGGCTGCCCTCTCCACAGGCTTCATGTTCTTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTATGAATTCTTCTGTAATGTCTTCCACTGCATGAACAGGACAGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113257 GTATGAATTCTTCTGTAATGTCTTCCACTGCATGAACAGGACAGCCAGCC

   1000     .
    956 AGCGC
        |||||
 113307 AGCGC