seq1 = pF1KE6332.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE6332/gi568815587r_66246052.tfa (gi568815587r:66246052_66447545), 201494 bp

>pF1KE6332 1245
>gi568815587r:66246052_66447545 (Chr11)

(complement)

1-1056  (100001-101056)   99% ->
1057-1245  (101306-101494)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGATGTCCTACGCCATCCGGTGCGCCTTCTACCAGCTGCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGATGTCCTACGCCATCCGGTGCGCCTTCTACCAGCTGCTGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCTCATGCTGGTGGCGATGCTGCAGCTGCTCTACCTGTCGCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCTCATGCTGGTGGCGATGCTGCAGCTGCTCTACCTGTCGCTGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGACTGCACGGGCAGGAGGAGCAAGACCAATATTTTGAGTTCTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGACTGCACGGGCAGGAGGAGCAAGACCAATATTTTGAGTTCTTTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGTCCCCACGGTCCGTGGACCAGGTCAAGGCGCAGCTCCGCACCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGTCCCCACGGTCCGTGGACCAGGTCAAGGCGCAGCTCCGCACCGCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTCTGGAGGCGTCCTGGACGCTAGCGGCGATTACCGCGTCTACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTCTGGAGGCGTCCTGGACGCTAGCGGCGATTACCGCGTCTACAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTGCTGAAGACCACCATGGACCCCAACGATGTGATCCTGGCCACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCTGCTGAAGACCACCATGGACCCCAACGATGTGATCCTGGCCACGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAGCGTGGACAACCTGCTGCACCTGTCGGGTCTGCTGGAGCGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCAGCGTGGACAACCTGCTGCACCTGTCGGGTCTGCTGGAGCGCTGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCCCGCTGTCCGTGTCGGTGTTCGCGGCCACCAAGGAGGAGGCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCCCGCTGTCCGTGTCGGTGTTCGCGGCCACCAAGGAGGAGGCGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCACGGTGCTGGCCTACGCGCTGAGCAGCCACTGCCCCGACATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCACGGTGCTGGCCTACGCGCTGAGCAGCCACTGCCCCGACATGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAGGGTCGCCATGCACCTCGTGTGCCCCTCGCGTTACGAGGCAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAGGGTCGCCATGCACCTCGTGTGCCCCTCGCGTTACGAGGCAGCCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCCGACCCCCGGGAGCCGGGGGAGTTTGCCCTGCTGCGGTCCTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCCGACCCCCGGGAGCCGGGGGAGTTTGCCCTGCTGCGGTCCTGCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGTCTTTGACAAGCTAGCCAGGGTGGCCCAGCCCGGGATTAATTATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGTCTTTGACAAGCTAGCCAGGGTGGCCCAGCCCGGGATTAATTATGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGGGCACCAATGTCTCCTACCCCAATAACCTGCTGAGGAATCTGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGGGCACCAATGTCTCCTACCCCAATAACCTGCTGAGGAATCTGGCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGAGGGGGCCAACTATGCCCTGGTGATCGATGTGGACATGGTGCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGAGGGGGCCAACTATGCCCTGGTGATCGATGTGGACATGGTGCCCAGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGGGCTGTGGAGAGGCCTGCGGGAAATGCTGGATCAGAGCAACCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGGGCTGTGGAGAGGCCTGCGGGAAATGCTGGATCAGAGCAACCAGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGAGGCACCGCGCTGGTGGTGCCTGCCTTCGAAATCCGAAGAGCCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGAGGCACCGCGCTGGTGGTGCCTGCCTTCGAAATCCGAAGAGCCCGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATGCCCATGAACAAAAACGAGCTGGTGCAGCTCTACCAGGTTGGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATGCCCATGAACAAAAACGAGCTGGTGCAGCTCTACCAGGTTGGCGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCGGCCCTTCTATTATGGGTTGTGCACCCCCTGCCAGGCACCCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCGGCCCTTCTATTATGGGTTGTGCACCCCCTGCCAGGCACCCACCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TATTCCCGCTGGGTCAACCTGCCGGAAGAGAGCTTGCTGCGGCCCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TATTCCCGCTGGGTCAACCTGCCGGAAGAGAGCTTGCTGCGGCCCGCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGTGGTACCTTGGCAGGACCCCTGGGAGCCATTCTACGTGGCAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGTGGTACCTTGGCAGGACCCCTGGGAGCCATTCTACGTGGCAGGAGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGTGCCAACCTTCGACGAGCGCTTTCGGCAGTACGGCTTCAACCGAATC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGTGCCCACCTTCGACGAGCGCTTTCGGCAGTACGGCTTCAACCGAATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGCCAG         GCCTGCGAGCTGCATGTGGCGGGGTTTGATTTTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGCCAGGTG...CAGGCCTGCGAGCTGCATGTGGCGGGGTTTGATTTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGTCCTGAACGAAGGTTTCTTGGTTCATAAGGGCTTCAAAGAAGCGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101341 GGTCCTGAACGAAGGTTTCTTGGTTCATAAGGGCTTCAAAGAAGCGTTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGTTCCATCCCCAAAAGGAGGCTGAAAATCAGCACAATAAGATCCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101391 AGTTCCATCCCCAAAAGGAGGCTGAAAATCAGCACAATAAGATCCTATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CGCCAGTTCAAACAGGAGTTGAAGGCCAAGTACCCCAACTCTCCCCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101441 CGCCAGTTCAAACAGGAGTTGAAGGCCAAGTACCCCAACTCTCCCCGACG

   1250 
   1242 CTGC
        ||||
 101491 CTGC