seq1 = pF1KE6331.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE6331/gi568815575r_65922266.tfa (gi568815575r:65922266_66139998), 217733 bp

>pF1KE6331 1197
>gi568815575r:65922266_66139998 (ChrX)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-412  (106169-106525)   100% ->
413-694  (107250-107531)   100% ->
695-757  (111887-111949)   100% ->
758-835  (112473-112550)   100% ->
836-940  (114870-114974)   100% ->
941-962  (117137-117158)   100% ->
963-1197  (117499-117733)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGATCTTACTGGGCCTGCTACTCCTGGGGCACCTAACAGTGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGATCTTACTGGGCCTGCTACTCCTGGGGCACCTAACAGTGGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTATG         GCCGTCCCATCCTGGAAGTGCCAGAGAGTGTAACAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTATGGTA...CAGGCCGTCCCATCCTGGAAGTGCCAGAGAGTGTAACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACCTTGGAAAGGGGATGTGAATCTTCCCTGCACCTATGACCCCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106205 GACCTTGGAAAGGGGATGTGAATCTTCCCTGCACCTATGACCCCCTGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTACACCCAAGTCTTGGTGAAGTGGCTGGTACAACGTGGCTCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106255 GGCTACACCCAAGTCTTGGTGAAGTGGCTGGTACAACGTGGCTCAGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCACCATCTTTCTACGTGACTCTTCTGGAGACCATATCCAGCAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106305 TGTCACCATCTTTCTACGTGACTCTTCTGGAGACCATATCCAGCAGGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTACCAGGGCCGCCTGCATGTGAGCCACAAGGTTCCAGGAGATGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106355 AGTACCAGGGCCGCCTGCATGTGAGCCACAAGGTTCCAGGAGATGTATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCCAATTGAGCACCCTGGAGATGGATGACCGGAGCCACTACACGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106405 CTCCAATTGAGCACCCTGGAGATGGATGACCGGAGCCACTACACGTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTCACCTGGCAGACTCCTGATGGCAACCAAGTCGTGAGAGATAAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106455 AGTCACCTGGCAGACTCCTGATGGCAACCAAGTCGTGAGAGATAAGATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGAGCTCCGTGTCCAGAAAC         TCTCTGTCTCCAAGCCCACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106505 CTGAGCTCCGTGTCCAGAAACGTG...CAGTCTCTGTCTCCAAGCCCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGACAACTGGCAGCGGTTATGGCTTCACGGTGCCCCAGGGAATGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107270 GTGACAACTGGCAGCGGTTATGGCTTCACGGTGCCCCAGGGAATGAGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAGCCTTCAATGCCAGGCTCGGGGTTCTCCTCCCATCAGTTATATTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107320 TAGCCTTCAATGCCAGGCTCGGGGTTCTCCTCCCATCAGTTATATTTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATAAGCAACAGACTAATAACCAGGAACCCATCAAAGTAGCAACCCTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107370 ATAAGCAACAGACTAATAACCAGGAACCCATCAAAGTAGCAACCCTAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACCTTACTCTTCAAGCCTGCGGTGATAGCCGACTCAGGCTCCTATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107420 ACCTTACTCTTCAAGCCTGCGGTGATAGCCGACTCAGGCTCCTATTTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACTGCCAAGGGCCAGGTTGGCTCTGAGCAGCACAGCGACATTGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107470 CACTGCCAAGGGCCAGGTTGGCTCTGAGCAGCACAGCGACATTGTGAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTGTGGTCAAAG         ACTCCTCAAAGCTACTCAAGACCAAGACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107520 TTGTGGTCAAAGGTG...CAGACTCCTCAAAGCTACTCAAGACCAAGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGGCACCTACAACCATGACATACCCCTTGAAAG         CAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111916 GAGGCACCTACAACCATGACATACCCCTTGAAAGGTG...TAGCAACATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACAGTGAAGCAGTCCTGGGACTGGACCACTGACATGGATGGCTACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112480 TACAGTGAAGCAGTCCTGGGACTGGACCACTGACATGGATGGCTACCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAGAGACCAGTGCTGGGCCAG         GAAAGAGCCTGCCTGTCTTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112530 GAGAGACCAGTGCTGGGCCAGGTA...TAGGAAAGAGCCTGCCTGTCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCATCATCCTCATCATCTCCTTGTGCTGTATGGTGGTTTTTACCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114890 GCCATCATCCTCATCATCTCCTTGTGCTGTATGGTGGTTTTTACCATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTATATCATGCTCTGTCGGAAGACATCCCAACAAG         AGCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114940 CTATATCATGCTCTGTCGGAAGACATCCCAACAAGGTT...TAGAGCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTACGAAGCAGCCAG         GGCACATGCCAGAGAGGCCAACGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117143 TCTACGAAGCAGCCAGGTA...TAGGGCACATGCCAGAGAGGCCAACGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCTGGAGAAACCATGAGGGTGGCCATCTTCGCAAGTGGCTGCTCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117524 TCTGGAGAAACCATGAGGGTGGCCATCTTCGCAAGTGGCTGCTCCAGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAGCCAACTTCCCAGAATCTGGGCAACAACTACTCTGATGAGCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117574 TGAGCCAACTTCCCAGAATCTGGGCAACAACTACTCTGATGAGCCCTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TAGGACAGGAGTACCAGATCATCGCCCAGATCAATGGCAACTACGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117624 TAGGACAGGAGTACCAGATCATCGCCCAGATCAATGGCAACTACGCCCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTGCTGGACACAGTTCCTCTGGATTATGAGTTTCTGGCCACTGAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117674 CTGCTGGACACAGTTCCTCTGGATTATGAGTTTCTGGCCACTGAGGGCAA

   1250     .    :
   1188 AAGTGTCTGT
        ||||||||||
 117724 AAGTGTCTGT