seq1 = pF1KE6323.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KE6323/gi568815591f_29928763.tfa (gi568815591f:29928763_30162743), 233981 bp

>pF1KE6323 1320
>gi568815591f:29928763_30162743 (Chr7)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-157  (116323-116439)   100% ->
158-315  (117448-117607)   98% ->
316-438  (119072-119194)   100% ->
439-597  (120462-120620)   100% ->
598-638  (121672-121712)   100% ->
639-796  (123947-124104)   100% ->
797-953  (125947-126103)   100% ->
954-1039  (126495-126580)   100% ->
1040-1098  (132122-132180)   100% ->
1099-1229  (133135-133265)   100% ->
1230-1300  (133910-133980)   100% ->
1301-1320  (161391-161410)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGGGTGCTGTACAAGTGGACCAACTATCTGAGCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGAGGGGGTGCTGTACAAGTGGACCAACTATCTGAGCGGTG...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTGGCAGCCTCGATGGTTCCTTCTCTGTGGGGGAATATTGTCCTATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116324 TTGGCAGCCTCGATGGTTCCTTCTCTGTGGGGGAATATTGTCCTATTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTCTCCTGAAGATGCCTGGAAAGGTTGCAAAGGGAGCATACAAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116374 ATTCTCCTGAAGATGCCTGGAAAGGTTGCAAAGGGAGCATACAAATGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCTGTGAAATTCAAG         TTCATTCTGTAGATAATACACGCAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116424 GTCTGTGAAATTCAAGGTG...CAGTTCATTCTGTAGATAATACACGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGACCTGATAATCCCTGGGGAACAGTATTTCTACCTGAAGGCCAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117473 GGACCTGATAATCCCTGGGGAACAGTATTTCTACCTGAAGGCCAGAAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCTGAAAGACAGCGGTGGCTGGTGGCCCTGGGATCAGCCAAGGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117523 TGGCTGAAAGACAGCGGTGGCTGGTGGCCCTGGGATCAGCCAAGGCTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGACTGACAGTAGGACCCAGAAGGAGAAAG  AG         TTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||--| >>>...>>>||||||
 117573 CTGACTGACAGTAGGACCCAGAAGGAGAAAGGCAAGTA...GAGTTTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322 GAAAACACTGAAAACTTGAAAACCAAAATGTCAGAACTAAGACTCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119078 GAAAACACTGAAAACTTGAAAACCAAAATGTCAGAACTAAGACTCTACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    372 TGACCTCCTTGTTCAGCAAGTAGATAAAACAAAAGAAGTGACCACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119128 TGACCTCCTTGTTCAGCAAGTAGATAAAACAAAAGAAGTGACCACAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422 GTGTGTCCAATTCTGAG         GAGGGAATTGATGTGGGAACTTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119178 GTGTGTCCAATTCTGAGGTA...TAGGAGGGAATTGATGTGGGAACTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463 CTGAAATCAACCTGTAATACTTTTCTGAAGACCTTGGAAGAATGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120486 CTGAAATCAACCTGTAATACTTTTCTGAAGACCTTGGAAGAATGCATGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 GATCGCAAATGCAGCCTTCACCTCTGAGCTGCTCTACCGCACTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120536 GATCGCAAATGCAGCCTTCACCTCTGAGCTGCTCTACCGCACTCCACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563 GATCACCTCAGCTGGCCATGCTCAAGTCCAGCAAG         ATGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120586 GATCACCTCAGCTGGCCATGCTCAAGTCCAGCAAGGTA...AAGATGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604 CATCCTATTATACCAATTCATAATTCATTGGAAAG         GCAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121678 CATCCTATTATACCAATTCATAATTCATTGGAAAGGTA...CAGGCAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645 GGAGTTGAGCACTTGTGAAAATGGATCTTTAAATATGGAAATAAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123953 GGAGTTGAGCACTTGTGAAAATGGATCTTTAAATATGGAAATAAATGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695 AGGAAGAAATCCTAATGAAAAATAAGAATTCCTTATATTTGAAATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124003 AGGAAGAAATCCTAATGAAAAATAAGAATTCCTTATATTTGAAATCTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745 GAGATAGACTGCAGCATATCAAGTGAGGAAAATACAGATGATAATATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124053 GAGATAGACTGCAGCATATCAAGTGAGGAAAATACAGATGATAATATAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795 AG         TCCAAGGTGAAATAAGGAAGGAAGATGGAATGGAAAACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124103 AGGTA...CAGTCCAAGGTGAAATAAGGAAGGAAGATGGAATGGAAAACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836 TGAAAAATCATGACAATAACTTGACTCAGTCTGGATCAGACTCAAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125986 TGAAAAATCATGACAATAACTTGACTCAGTCTGGATCAGACTCAAGTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886 TCTCCGGAATGCCTCTGGGAGGAAGGCAAAGAAGTTATCCCAACTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126036 TCTCCGGAATGCCTCTGGGAGGAAGGCAAAGAAGTTATCCCAACTTTCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    936 TAGTACCATGAACACAAG         CTTTAGTGACATTGAACTTCTGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 126086 TAGTACCATGAACACAAGGTA...TAGCTTTAGTGACATTGAACTTCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    977 AAGACAGTGGCATTCCCACAGAAGCATTCTTGGCATCATGTTATGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126518 AAGACAGTGGCATTCCCACAGAAGCATTCTTGGCATCATGTTATGCTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027 GTTCCAGTATTAG         ACAAACTTGGCCCTACAGTGTTTGCTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 126568 GTTCCAGTATTAGGTA...TAGACAAACTTGGCCCTACAGTGTTTGCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068 TGTTAAGATGGATCTTGTTGGAAATATTAAG         AAAGTAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 132150 TGTTAAGATGGATCTTGTTGGAAATATTAAGGTG...CAGAAAGTAAATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1109 AGAAGTATATAACCAACAAAGAAGAGTTTACCACTCTCCAGAAGATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133145 AGAAGTATATAACCAACAAAGAAGAGTTTACCACTCTCCAGAAGATAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1159 CTGCACGAAGTGGAGGCGGATGTAGCCCAGGTTAGGAACTCAGCGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133195 CTGCACGAAGTGGAGGCGGATGTAGCCCAGGTTAGGAACTCAGCGACTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1209 AGCCCTCTTGTGGCTGAAGAG         AGGTCTCAAATTTTTGAAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 133245 AGCCCTCTTGTGGCTGAAGAGGTG...TAGAGGTCTCAAATTTTTGAAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 GATTTTTGACAGAAGTGAAAAATGGGGAGAAGGATATCCAGACAGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133930 GATTTTTGACAGAAGTGAAAAATGGGGAGAAGGATATCCAGACAGCCCTA

   1400     .    :    .    :    .    :
   1300 A         GAAATCCAACAGAAAACACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||
 133980 AGTA...TAGGAAATCCAACAGAAAACACT