seq1 = pF1KE6323.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KE6323/gi568815586r_45073416.tfa (gi568815586r:45073416_45274713), 201298 bp

>pF1KE6323 1320
>gi568815586r:45073416_45274713 (Chr12)

(complement)

1-1310  (100001-101305)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGGGTGCTGTACAAGTGGACCAACTATCTGAGCGGTTGGCAGCC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100001 ATGGAGTGGGTGCTGTACAAGTGGACCAACTATCTGAGCAGTTGGCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGATGGTTCCTTCTCTGTGGGGGAATATTGTCCTATTATGATTCTCCTG
        | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGATGGTTCTTTCTCTGTAGGGGAATATTGTCCTATTATGATTCTCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATGCCTGGAAAGGTTGCAAAGGGAGCATACAAATGGCAGTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGATGCCTGGAAAGGTTGCAAAGGGAGCATACAAATGGCAGTCTGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTCAAGTTCATTCTGTAGATAATACACGCATGGACCTGATAATCCCTGG
        ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
 100151 ATTGAAGTTCATTCTGTAGATAATACATGCATGGACCTGATAATCCCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAACAGTATTTCTACCTGAAGGCCAGAAGTGTGGCTGAAAGACAGCGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| 
 100201 GGAACAGTATTTCTACCTGAAGGCCAGAAGTGTGCCTGAAAGATAGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCTGGTGGCCCTGGGATCAGCCAAGGCTTGCCTGACTGACAGTAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCTGGTGGCCCTGGGATCAGCCAAGGCTTGCCTGACTGACAGTAGGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGAAGGAGAAAGAGTTTGCTGAAAACACTGAAAACTTGAAAACCAAAAT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGAAGGATAAAGAGTTTGCTGAAAACACTGAAAACTTGAAAACCAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCAGAACTAAGACTCTACTGTGACCTCCTTGTTCAGCAAGTAGATAAAA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTCAGAACTAAGACTCTGCTGTGACCTCCTTGTTCAGCAAGTAGATAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAAAAGAAGTGACCACAACTGGTGTGTCCAATTCTGAGGAGGGAATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAAAAGAAGTGACCACAACTGGTGTGTCCAATTCTGAGGAGGGAATTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGGGAACTTTGCTGAAATCAACCTGTAATACTTTTCTGAAGACCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGGGAACTTTGCTGAAATCAACCTGTAATACTTTTCTGAAGACCTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAATGCATGCAGATCGCAAATGCAGCCTTCACCTCTGAGCTGCTCTACC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGAATGCATGCAGATTGCAAATGCAGCCTTCACCTCTGAGCTGCTCTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCACTCCACCAGGATCACCTCAGCTGGCCATGCTCAAGTCCAGCAAGATG
         |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACACTCCACCAGGATCACCACAGCTGGCCATGCTCAAGTCCAGCAAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAACATCCTATTATACCAATTCATAATTCATTGGAAAGGCAAATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100601 AAACATCCTATTATACCAATTCATAATTCATTGGAAAGGCAAACGGAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGCACTTGTGAAAATGGATCTTTAAATATGGAAATAAATGGTGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGCACTTGTGAAAATGGATCTTTAAATATGGAAATAAATGGTGAGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAATCCTAATGAAAAATAAGAATTCCTTATATTTGAAATCTGCAGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAATCCTAATGAAAAATAAGAATTCCTTATATTTGAAATCTGCAGAGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GACTGCAGCATATCAAGTGAGGAAAATACAGATGATAATATAACAGTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100751 GACTGCAGCATATCAAGTGAGGAAAATACAGATGATAATATAACCGTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGGTGAAATAAGGAAGGAAGATGGAATGGAAAACCTGAAAAATCATGACA
        ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGGTGAAATAATGAAGGAAGATAGAATGGAAAACCTGAAAAATCATGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATAACTTGACTCAGTCTGGATCAGACTCAAGTTGCTCTCCGGAATGCCTC
        |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100851 ATAACTTGTCTCAGTCTGGATCAGACTCAAGTTGCTCTCCAGAATGCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGGGAGGAAGGCAAAGAAGTTATCCCAACTTTCTTTAGTACCATGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGGGAGGAAGGCAAAGAAGTTATCCCAACTTTCTTTAGTACCATGAACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AAGCTTTAGTGACATTGAACTTCTGGAAGACAGTGGCATTCCCACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AAGCTTTAGTGACATTGAACTTCTGGAAGACAGTGGCATTCCCACAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CATTCTTGGCATCATGTTATGCTGTGGTTCCAGTATTAGACAAACTTGGC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CATTCTTGGCATCATGTTGTGCTGTGGTTCCAGTATTAGACAAACTTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCTACAGTGTTTGCTCCTGTTAAGATGGATCTTGTTGGAAATATTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 101051 CCTACAGTGTTTGCTCCTGTTAAGATGGATCTTGTTGAAAATATTAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGTAAATCAGAAGTATATAACCAACAAAGAAGAGTTTACCACTCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGTAAATCAGAAGTATATAACCAACAAAGAAGAGTTTACCACTCTCCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGATAGTGCTGCACGAAGTGGAGGCGGATGTAGCCCAGGTTAGGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGATAGTGCTGCACGAAGTGGAGGCGGATGTAGCCCAGGTTAGGAACTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCGACTGAAGCCCTCTTGTGGCTGAAGAGAGGTCTCAAATTTTTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCGACTGAAGCCCTCTTGTGGCTGAAGAGAGGTCTCAAATTTTTGAAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 ATTTTTGACAGAAGTGAAAAATGGGGAGAAGGATATCCAGACAGCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||--
 101251 ATTTTTGACAGAAGTGAAAAATGGGGAAAAGGATATCCAGACAGCCCT  

   1300     .    :
   1301 GAAATCCAAC
        |-|||--|||
 101299 G AAT  AAC