seq1 = pF1KE6322.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE6322/gi568815581r_49601461.tfa (gi568815581r:49601461_49807833), 206373 bp

>pF1KE6322 966
>gi568815581r:49601461_49807833 (Chr17)

(complement)

1-104  (100001-100104)   100% ->
105-208  (100766-100869)   100% ->
209-339  (101500-101630)   99% ->
340-370  (101938-101968)   100% ->
371-528  (102553-102710)   100% ->
529-655  (103608-103734)   100% ->
656-762  (104540-104646)   100% ->
763-916  (104823-104976)   100% ->
917-966  (106324-106373)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCTAGCAGCTCCCTGGTGCCCGACCGGCTGCGCCTGCCGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCTAGCAGCTCCCTGGTGCCCGACCGGCTGCGCCTGCCGCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTGGGTGTCTTTGTCTGCTATTTTTACTATGGGATCCTGCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCTGGGTGTCTTTGTCTGCTATTTTTACTATGGGATCCTGCAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAT         AACAAGAGGAAAGTATGGGGAAGGAGCCAAGCAGGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGATGTG...TAGAACAAGAGGAAAGTATGGGGAAGGAGCCAAGCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGTTCACCTTTGCCTTAACTTTGGTCTTCATTCAATGTGTGATCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100803 ACGTTCACCTTTGCCTTAACTTTGGTCTTCATTCAATGTGTGATCAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGTTTGCCAAGATCT         TGATCCAGTTTTTTGACACTGCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100853 TGTGTTTGCCAAGATCTGTG...CAGTGATCCAGTTTTTTGACACTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGTGGATCATACCCGGAGCTGGCTCTATGCTGCCTGTTCTATCTCCTAT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101524 GGGTGGATCGTACCCGGAGCTGGCTCTATGCTGCCTGTTCTATCTCCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGGTGCCATGGTCTCCAGCAATTCAGCACTACAGTTTGTCAACTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101574 CTGGGTGCCATGGTCTCCAGCAATTCAGCACTACAGTTTGTCAACTACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACTCAG         GTCCTTGGTAAATCCTGCAAGCCAATCCCAG   
        |||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101624 AACTCAGGTG...CAGGTCCTTGGTAAATCCTGCAAGCCAATCCCAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    371       TCATGCTCCTTGGGGTGACCCTCTTGAAGAAGAAGTACCCGTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101972 ...TAGTCATGCTCCTTGGGGTGACCCTCTTGAAGAAGAAGTACCCGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCAAGTACCTGTGTGTGCTGTTAATTGTGGCTGGAGTGGCCCTTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102597 GCCAAGTACCTGTGTGTGCTGTTAATTGTGGCTGGAGTGGCCCTTTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTACAAACCCAAGAAAGTTGTTGGGATAGAAGAACACACAGTCGGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102647 GTACAAACCCAAGAAAGTTGTTGGGATAGAAGAACACACAGTCGGCTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGAGCTACTCTTG         CTATTATCGCTGACCCTGGATGGACTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102697 GAGAGCTACTCTTGGTA...CAGCTATTATCGCTGACCCTGGATGGACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTGGTGTTTCCCAGGACCACATGCGGGCTCATTACCAAACAGGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103635 ACTGGTGTTTCCCAGGACCACATGCGGGCTCATTACCAAACAGGCTCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCACATGATGCTGAACATCAACCTTTGGTCGACATTGCTGCTGGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103685 CCACATGATGCTGAACATCAACCTTTGGTCGACATTGCTGCTGGGAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656          GAATCCTGTTCACTGGGGAGCTCTGGGAGTTCTTGAGCTTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103735 GTG...CAGGAATCCTGTTCACTGGGGAGCTCTGGGAGTTCTTGAGCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTGAAAGGTACCCTGCCATCATCTATAACATCCTGCTCTTTGGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104581 GCTGAAAGGTACCCTGCCATCATCTATAACATCCTGCTCTTTGGGCTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGTGCCCTGGGTCAG         AGCTTCATCTTTATGACGGTTGTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104631 CAGTGCCCTGGGTCAGGTG...TAGAGCTTCATCTTTATGACGGTTGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTTTGGTCCCCTGACCTGCTCCATCATCACTACAACTCGAAAGTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104848 ATTTTGGTCCCCTGACCTGCTCCATCATCACTACAACTCGAAAGTTCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACAATTTTGGCCTCTGTGATCCTCTTCGCCAATCCCATCAGCCCCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104898 ACAATTTTGGCCTCTGTGATCCTCTTCGCCAATCCCATCAGCCCCATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTGGGTGGGCACTGTGCTTGTGTTCCTGG         GTCTTGGTCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104948 GTGGGTGGGCACTGTGCTTGTGTTCCTGGGTA...TAGGTCTTGGTCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    929 ATGCCAAGTTTGGGAAAGGAGCTAAGAAGACATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106336 ATGCCAAGTTTGGGAAAGGAGCTAAGAAGACATCCCAC