seq1 = pF1KE6320.tfa, 1203 bp
seq2 = pF1KE6320/gi568815595f_33014156.tfa (gi568815595f:33014156_33242445), 228290 bp

>pF1KE6320 1203
>gi568815595f:33014156_33242445 (Chr3)

1-471  (99923-100393)   99% ->
472-621  (106189-106338)   100% ->
622-793  (110253-110424)   100% ->
794-922  (115784-115912)   100% ->
923-1068  (118400-118545)   98% ->
1069-1152  (120027-120110)   100% ->
1153-1203  (128240-128290)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGGGGCGCCGGGGGGCCGCGGCGCTGCTAGCGCTGCTGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99923 ATGGAGCCGGGGCGCCGGGGGGCCGCGGCGCTGCTAGCGCTGCTGTGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTGCGCGCTGCGCGCCGGGCGCGCCCAATACGAACGCTACAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99973 GGCCTGCGCGCTGCGCGCCGGGCGCGCCCAATACGAACGCTACAGCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCTTCCCACGGGACGAGCTGATGCCGCTCGAGTCGGCCTACCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 GCAGCTTCCCACGGGACGAGCTGATGCCGCTCGAGTCGGCCTACCGGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCTGGACAAGTACAGCGGCGAGCACTGGGCCGAGAGCGTGGGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 GCGCTGGACAAGTACAGCGGCGAGCACTGGGCCGAGAGCGTGGGCTACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGATCAGCCTGCGGCTGCACCGCTTGCTGCGCGACAGCGAGGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100123 GGAGATCAGCCTGCGGCTGCACCGCTTGCTGCGCGACAGCGAGGCCTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCACCGCAACTGCAGCGCCGCGCCGCAGCCCGAGCCCGCCGCCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100173 GCCACCGCAACTGCAGCGCCGCGCCGCAGCCCGAGCCCGCCGCCGGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAGCTATCCCGAGCTGCGCCTCTTCGGGGGCCTGCTGCGCCGCGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100223 GCCAGCTATCCCGAGCTGCGCCTCTTCGGGGGCCTGCTGCGCCGCGCGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGCCTCAAGCGCTGCAAGCAGGGCCTGCCAGCCTTCCGCCAGTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100273 CTGCCTCAAGCGCTGCAAGCAGGGCCTGCCAGCCTTCCGCCAGTCCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAGCCGCGATGTGCTGGCGGACTTCCAGCGCCGCGAGCCCTACAAGTTC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100323 CCAGCCGCGAGGTGCTGGCGGACTTCCAGCGCCGCGAGCCCTACAAGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCAGTTCGCTTACTTCAAG         GCAAATAATCTCCCCAAAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100373 CTGCAGTTCGCTTACTTCAAGGCA...TAGGCAAATAATCTCCCCAAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCGCCGCTGCTCACACCTTTCTACTGAAGCATCCTGATGACGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106209 CATCGCCGCTGCTCACACCTTTCTACTGAAGCATCCTGATGACGAAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAAGAGGAACATGGCATATTATAAGAGCCTGCCTGGTGCCGAGGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106259 TGAAGAGGAACATGGCATATTATAAGAGCCTGCCTGGTGCCGAGGACTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTAAAGACCTGGAAACCAAGTCATATGAA         AGCCTGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106309 ATTAAAGACCTGGAAACCAAGTCATATGAAGTA...CAGAGCCTGTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCGAGCAGTGCGGGCATACAACGGTGAGAACTGGAGAACATCCATCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110264 CCGAGCAGTGCGGGCATACAACGGTGAGAACTGGAGAACATCCATCACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACATGGAGCTGGCCCTTCCCGACTTCTTCAAAGCCTTTTACGAGTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110314 ACATGGAGCTGGCCCTTCCCGACTTCTTCAAAGCCTTTTACGAGTGTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCAGCCTGCGAGGGTTCCAGGGAGATCAAGGACTTCAAGGATTTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110364 GCAGCCTGCGAGGGTTCCAGGGAGATCAAGGACTTCAAGGATTTCTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTCCATAGCAG         ATCATTATGTAGAAGTTCTGGAATGCAAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110414 TTCCATAGCAGGTT...CAGATCATTATGTAGAAGTTCTGGAATGCAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TACAGTGTGAAGAGAACCTCACCCCAGTTATAGGAGGCTATCCGGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115814 TACAGTGTGAAGAGAACCTCACCCCAGTTATAGGAGGCTATCCGGTTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAATTTGTGGCTACCATGTATCATTACTTGCAGTTTGCCTATTATAAGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115864 AAATTTGTGGCTACCATGTATCATTACTTGCAGTTTGCCTATTATAAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923         TGAACGACCTGAAGAATGCAGCCCCCTGTGCAGTCAGCTATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115914 TA...TAGTGAACGACCTGAAGAATGCAGCCCCCTGTGCAGTCAGCTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGCTCTTTGATCAGAATGACAAGGTCATGCAGCAGAACCTGGTGTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118442 TGCTCTTTGATCAGAATGACAAGGTCATGCAGCAGAACCTGGTGTATTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CAGTACCACAGGGACACGTGGGGCCTCTCAGATGAGCACTTCCAGCCCAG
        ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
 118492 CAGTACCACAGGGACACTTGGGGCCTCTCGGATGAGCACTTCCAGCCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ACCT         GAAGCAGTTCAGTTCTTTAATGTGACCACACTCCAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118542 ACCTGTA...CAGGAAGCAGTTCAGTTCTTTAATGTGACCACACTCCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGGAGCTGTATGACTTTGCTAAGGAAAATATAATGGATGATGATGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 120064 AGGAGCTGTATGACTTTGCTAAGGAAAATATAATGGATGATGATGAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153       GGAGAAGTTGTGGAATATGTGGATGACCTCTTGGAACTGGAGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120114 ...CAGGGAGAAGTTGTGGAATATGTGGATGACCTCTTGGAACTGGAGGA

   1250     .
   1197 GACCAGC
        |||||||
 128284 GACCAGC